工程預付款的支付流程一般為分段結算，對于當年開工但當年不能竣工的項目，按照其工程形象進度劃分不同階段進行結算;竣工后一次結算，規模較小的項目，竣工后一次結算的方式;按月結算，即每個月結算一次;雙方約定的其他的結算方式。一、工程預付款支付流程(一)施工單位提交預付款《工程款支付申請表》給預算專員，施工單位項目經理要簽字確認;      (二)預算辦根據合同約定的預付比例審核預付款，簽署預付款《工程款支付申請表》然后交給財務部;      (三)財務部再次復核后，交給總經理和董事長審批，然后將審核審批通過的《工程款支付申請表》交給出納安排付款。

二、工程價款預付款計算的方式對于施工企業常年應備的備料款限額，可按下式計算:備料款限額=年度承包工程總值*主要材料所占比重/年度施工日歷天數*材料儲備天數。      預付備料款限額由下列主要因素決定:主要材料(包括外購構件)占工程造價的比重，材料儲備期;施工工期。一般建筑工程不應超過當年建筑工作量(包括水、電、暖)的30%，安裝工程按年安裝工作量的10%，材料占比重較多的安裝工程按年計劃產值的15%左右撥付。三、有關工程預付款的規定工程預付款撥付的時間和金額應按照發承包雙方的合同約定執行，合同中無約定的宜執行《建設工程價款結算辦法》(財建[2004]369號)的相關規定執行:      (一)包工包料工程的預付款按合同約定撥付，原則上預付比例不低于合同金額的10%，不高于合同金額的30%，對重大工程項目，按年度工程計劃逐年預付。計價執行《建設工程工程量清單計價規范》的工程，實體性消耗和非實體性消耗部分應在合同中分別約定預付款比例。      (二)在具備施工條件的前提下，發包人應在雙方簽訂合同后的一個月內或不遲于約定的開工日期前的7天內預付工程款，發包人不按約定預付，承包人應在預付時間到期后10天內發包人發出要求預付的通知，發包人收到通知后仍不按要求預付，承包人可在發出通知14天后停止施工，發包人應從約定應付之日起向承包人支付應付款的利息(利率按同期銀行貸款利率計)，并承擔違約責任。      (三)預付的工程款必須在合同中約定抵扣方式，并在工程進度款中進行抵扣。      (四)凡是沒有簽訂合同或不具備施工條件的工程，發包人不得預付工程款，不得以預付款為名轉移資金。      以上就是為你介紹的關于工程預付款支付流程的相關內容，由此可見，依據《建設工程施工合同》的相關規定，實行工程預付款的，雙方應當在專用條款內約定發包人向承包人預付工程款的時間和數額，開工后按約定的時間和比例逐次扣回。

施工單位提出付款申請，監理單位審核付款申請，項目部經理對施工單位的付款項目和金額進行核對，項目經理填寫付款意見，財務部審核申請表的內容及付款申請手續，編制會計憑證和報表，財務部經理對編制的報表、會計憑證、付款申請的真實性、有效性、完整性進行審核，總經理審批，辦理付款業務，財務部及時傳遞付款信息給項目部、監理單位和施工單位，施工單位反饋收款信息，最后將所有資料存檔。