一是建設工程范圍的界定。如何界定建設工程范圍，如何判斷合同是否為建設工程施工合同，目前尚沒有統一、明確、具體的規定。二是中標合法性的審查。實踐中，部分建筑企業存在圍標、串標，通過簽訂"陰陽合同"低價中標、高價結算，甚至為承接項目實施欺詐、行賄等違反招標投標法等效力性強制性規定行為。三是中標后合同變更是否屬于實質性內容變更的判斷。通過招投標訂立的建設工程施工合同，應當根據招投標文件的內容確定合同的主要條款。但在實踐中，承包人中標后，有的不按中標通知書內容簽訂合同，有的簽訂中標合同后又與招標人另行簽訂建設工程施工合同，甚至在中標合同之外，與投標人就明顯高于市場價格購買承建房產、無償建設住房配套設施、讓利、向建設單位捐贈財物等另行簽訂合同，上述行為是否構成對中標合同實質性內容的變更，決定相關合同的效力。四是主體資質、轉包、違法分包或掛靠的審查。實踐中，不具備工程建設資質的法人、自然人通過掛靠具備相應資質的法人來承包、分包工程，被掛靠的建筑企業通過收取管理費、定額利潤等方式出借資質，不參與工程管理，不進行工程施工。也有部分案件是以內部承包、設立分公司為名，行掛靠、轉包或者違法分包之實，出名公司收取定額利潤、管理費。此外，還有部分建設工程施工合同糾紛案件同時存在違法分包、層層轉包或掛靠行為，實踐中也出現從事工程轉包、違法分包的中介服務人員。