已經確權的土地有糾紛的解決辦法如下：

1、協商處理。土地爭議產生后在自愿互諒的基礎上，依照法律的規定直接進行協商；

2、政府處理。當事人協商不成的由人民政府處理。兩個個人或者個人與單位之間的爭議，由鄉級人民政府處理。兩個單位之間的爭議由縣級人民政府處理。人民政府裁決申請后會對當事人先進行調解，調解不成的進行行政裁決。行政裁決須以人民政府的名義并出具處理決定書，該決定書加蓋人民政府處理土地所有權和使用權爭議的專用章；

3、提起訴訟。土地糾紛雙方對有關人民政府的處理決定不服的，可以自接到處理決定之日起30日內，向人民法院起訴。

征收土地應當依法及時足額支付土地補償費、安置補助費以及農村村民住宅、其他地上附著物和青苗等的補償費用，并安排被征地農民的社會保障費用。征收農用地的土地補償費、安置補助費標準由省、自治區、直轄市通過制定公布區片綜合地價確定。制定區片綜合地價應當綜合考慮土地原用途、土地資源條件、土地產值、土地區位、土地供求關系、人口以及經濟社會發展水平等因素，并至少每三年調整或者重新公布一次。

征收農用地以外的其他土地、地上附著物和青苗等的補償標準，由省、自治區、直轄市制定。對其中的農村村民住宅，應當按照先補償后搬遷、居住條件有改善的原則，尊重農村村民意愿，采取重新安排宅基地建房、提供安置房或者貨幣補償等方式給予公平、合理的補償，并對因征收造成的搬遷、臨時安置等費用予以補償，保障農村村民居住的權利和合法的住房財產權益。

當事人協商解決：所謂協商解決是指土地糾紛發生以后，由當事人在自愿、互諒的基礎上，按照有關法律規定，在不損害他人利益的前提下，直接進行磋商，自行解決糾紛的辦法。協商解決后，當事人雙方應當簽署協議。該協議由當事人自愿執行，沒有法律的約束力。如果當事人一方后悔，拒絕執行，另一方可以申請人民政府土地管理部門進行調處。

《中華人民共和國土地管理法》第十六條 單位之間的爭議，由縣級以上人民政府處理；個人之間、個人與單位之間的爭議，由鄉人民政府或縣級以上人民政府處理。當事人對有關人民政府處理不服的，可以自接到處理決定通知之日起三十日內，向人民法院起訴。在 土地所有權 和使用權爭議解決以前，任何一方不得改變土地現狀。

根據我國相關法律規定，對于土地確權后有糾紛的解決問題，是可以由雙方當事人進行協商的；對于協商不成的情形，是可以向人民政府申請處理的；對于當事人對有關人民政府的處理決定不服的，可以自接到處理決定通知之日起三十日內以作出處理決定的人民政府為被告提起行政訴訟。1、土地所有權和使用權爭議，由當事人協商解決；協商不成的，由人民政府處理。 2、單位之間的爭議，由縣級以上人民政府處理；個人之間、個人與單位之間的爭議，由鄉級人民政府或者縣級以上人民政府處理。 人民法院受理公民之間、法人之間、其他組織之間以及他們相互之間因財產關系和人身關系提起的民事訴訟，適用本法的規定。

法律依據：《中華人民共和國土地管理法》 第十四條 土地所有權和使用權爭議，由當事人協商解決；協商不成的，由人民政府處理。

單位之間的爭議，由縣級以上人民政府處理；個人之間、個人與單位之間的爭議，由鄉級人民政府或者縣級以上人民政府處理。

當事人對有關人民政府的處理決定不服的，可以自接到處理決定通知之日起三十日內，向人民法院起訴。

在土地所有權和使用權爭議解決前，任何一方不得改變土地利用現狀。