會的。和一般的房屋不一樣，小產權房是特殊的房屋，如果在民事訴訟中，義務人不履行人民法院作出的生效判決的，權利人是可以向人民法院申請強制執行的。人民法院可以采取查封、拍賣的強制執行措施。
強制執行應滿足的條件
1、申請或移送執行的法律文書已經生效;
2、申請執行人是生效法律文書確定的權利人或其繼承人、權利承受人;
3、申請執行人在法定期限內提出申請;
4、申請執行的法律文書有給付內容，且執行標的和被執行人明確;
5、義務人在生效法律文書確定的期限內未履行義務;
6、屬于受申請執行的人民法院管轄。
當事人在法定期限內不申請行政復議或者提起行政訴訟，又不履行行政決定的，沒有行政強制執行權的行政機關可以自期限屆滿之日起三個月內，依照本章規定申請人民法院強制執行。
行政機關申請人民法院強制執行前，應當催告當事人履行義務。催告書送達十日后當事人仍未履行義務的，行政機關可以向所在地有管轄權的人民法院申請強制執行;執行對象是不動產的，向不動產所在地有管轄權的人民法院申請強制執行。
第五十五條 行政機關向人民法院申請強制執行，應當提供下列材料：
(一)強制執行申請書;
(二)行政決定書及作出決定的事實、理由和依據;
(三)當事人的意見及行政機關催告情況;
(四)申請強制執行標的情況;
(五)法律、行政法規規定的其他材料。
強制執行申請書應當由行政機關負責人簽名，加蓋行政機關的印章，并注明日期。
第五十六條 人民法院接到行政機關強制執行的申請，應當在五日內受理。行政機關對人民法院不予受理的裁定有異議的，可以在十五日內向上一級人民法院申請復議，上一級人民法院應當自收到復議申請之日起十五日內作出是否受理的裁定。
第五十七條 人民法院對行政機關強制執行的申請進行書面審查，對符合本法第五十五條規定，且行政決定具備法定執行效力的，除本法第五十八條規定的情形外，人民法院應當自受理之日起七日內作出執行裁定。
小產權房法院能強制執行嗎
對于小產權房，一般情況法院是不能強制執行的，因為小產權房并沒有辦理房屋產權，嚴格來講這類房產是不會受到法律保護的，因此當事人應當積極與債務人協商，要求其還款，或者以物抵款。 根據相關規定， 被執行人未按執行通知履行法律文書確定的義務，人民法院有權向有關單位查詢被執行人的存款、債券、股票、基金份額等財產情況。人民法院有權根據不同情形扣押、凍結、劃撥、變價被執行人的財產。人民法院查詢、扣押、凍結、劃撥、變價的財產不得超出被執行人應當履行義務的范圍。人民法院決定扣押、凍結、劃撥、變價財產，應當作出裁定，并發出協助執行通知書，有關單位必須辦理。

法律依據：

《中華人民共和國民事訴訟法》
第二百二十四條發生法律效力的民事判決、裁定，以及刑事判決、裁定中的財產部分，由第一審人民法院或者與第一審人民法院同級的被執行的財產所在地人民法院執行。
法律規定由人民法院執行的其他法律文書，由被執行人住所地或者被執行的財產所在地人民法院執行。
第二百二十五條當事人、利害關系人認為執行行為違反法律規定的，可以向負責執行的人民法院提出書面異議。當事人、利害關系人提出書面異議的，人民法院應當自收到書面異議之日起十五日內審查，理由成立的，裁定撤銷或者改正；理由不成立的，裁定駁回。當事人、利害關系人對裁定不服的，可以自裁定送達之日起十日內向上一級人民法院申請復議。
第二百二十六條人民法院自收到申請執行書之日起超過六個月未執行的，申請執行人可以向上一級人民法院申請執行。上一級人民法院經審查，可以責令原人民法院在一定期限內執行，也可以決定由本院執行或者指令其他人民法院執行。
第二百三十一條在執行中，被執行人向人民法院提供擔保，并經申請執行人同意的，人民法院可以決定暫緩執行及暫緩執行的期限。被執行人逾期仍不履行的，人民法院有權執行被執行人的擔保財產或者擔保人的財產。

小產權房也可以執行，可以進行“現狀處置”。處置時應在拍賣公告中披露房屋不具備登記條件的現狀及土地性質，買受人或承受人按照房屋現狀取得房屋，后續的產權登記事項及將來可能面臨的拆除、拆遷及補償不能等風險由買受人或承受人自行負責。變價不成的，債權人可以接受該房屋抵債。變價或抵債裁定中應載明上述內容和風險。小產權房屋是指經過合法審批在農村土地上開發建設的住宅房屋。如果從土地的性質對房屋進行劃分，可以分為，在農村土地上開發建設的房屋就是小產權房屋，在國有無償劃撥土地上開發建設的房屋就是經濟適用房，在國有出讓土地上開發建設的房屋就是商品房。

法律依據：
《最高人民法院關于轉發住房和城鄉建設部的通知》
二、執行程序中處置未辦理初始登記的房屋時，具備初始登記條件的，執行法院處置后可以依法向房屋登記機構發出《協助執行通知書》；暫時不具備初始登記條件的，執行法院處置后可以向房屋登記機構發出《協助執行通知書》，并載明待房屋買受人或承受人完善相關手續具備初始登記條件后，由房屋登記機構按照《協助執行通知書》予以登記；不具備初始登記條件的，原則上進行“現狀處置”，即處置前披露房屋不具備初始登記條件的現狀，買受人或承受人按照房屋的權利現狀取得房屋，后續的產權登記事項由買受人或承受人自行負責。
三、執行法院向房屋登記機構發出《協助執行通知書》，房屋登記機構認為不具備初始登記條件并作出書面說明的，執行法院應在30日內依照法律和有關規定，參照行政規章，對其說明理由進行審查。理由成立的，撤銷或變更《協助執行通知書》并書面通知房屋登記機構；理由不成立的，書面通知房屋登記機構限期按《協助執行通知書》辦理。