個人承包的工程納稅方法如下：
1、增值稅：個人承包工程涉及到增值稅，需要按照增值稅法的規定進行納稅。納稅的方式包括按照實際利潤額的百分比征收增值稅或者按照簡易征收辦法征收增值稅。具體的納稅方式還需要根據企業的實際情況和稅務規定進行具體選擇；
2、所得稅：個人承包工程的工程所得需要按照個人所得稅法的規定進行納稅。個人承包工程的工程所得主要包括勞務報酬所得和個體工商戶經營所得兩種情況。根據不同的情況，納稅方式也會有所不同。
個稅退稅操作條件：
1、繳納的個人所得稅金額超過了應納稅額：如果個人所得稅繳納金額超過了應納稅額，就可以向稅務機關申請退稅，但是退稅金額不能超過個人所得稅實際繳納的金額；
2、申報扣除后，應納稅額發生變化：個人在申報個人所得稅時，可以扣除一些費用，如子女教育、住房租金、贍養老人等，如果這些費用發生了變化，導致應納稅額減少，就可以向稅務機關申請退稅；
3、具備退稅資格：具備個人所得稅退稅資格的人員包括自然人、個體工商戶、個人獨資企業等，需要在稅務機關規定的時間內進行申報并提供相應的證明材料。
綜上所述，具體的個稅退稅操作流程可能因不同地區和具體情況而有所不同，申請人需在申請前仔細了解當地的相關規定和流程，并按照要求提交申請材料，確保申請順利通過。
【法律依據】：
《中華人民共和國稅收征收管理法》第三條
稅收的開征、停征以及減稅、免稅、退稅、補稅，依照法律的規定執行；法律授權國務院規定的，依照國務院制定的行政法規的規定執行。
任何機關、單位和個人不得違反法律、行政法規的規定，擅自作出稅收開征、停征以及減稅、免稅、退稅、補稅和其他同稅收法律、行政法規相抵觸的決定。

個人承包工程時，工程承包人自行到稅務去開工程勞務費發票，繳納增值稅，稅率是3%。

一、具體稅種
1、增值稅，稅率3%，
2、城建稅，按實際繳納的(增值稅+消費稅)繳納。稅率按納稅人所在地分別規定為：市區7%，縣城和鎮5%，鄉村1%。大中型工礦企業所在地不在城市市區、縣城、建制鎮的，稅率為1%。
3、教育費附加，按實際繳納的(增值稅+消費稅)的3%繳納；
4、地方教育費附加，按實際繳納的(增值稅+消費稅)的2%繳納；
5、水利基金，按實際繳納的(增值稅+消費稅)的1%繳納；
7、印花稅，按租賃合同金額的萬分之三收取。
8、個人所得稅(稅率1%-2%，各地稍有差別)

二、稅收繳納的方式有哪幾種
稅款征收的方式主要有5種，有查帳征收、核定征收、代扣代繳和代收代繳征收、自核自繳、委托代征。具體如下：
1、查帳征收
查帳征收，是指納稅人在規定的期限內根據自己的財務報告表或經營成果，向稅務機關申報應稅收入或應稅所得及納稅額，并向稅務機報送有關帳冊和資料，經稅務機關審查核實后，填寫納稅繳款書，由納稅人到指定的銀行繳納稅款的一種征收方式。因此，這種征收方式比較適用于對企業法人的征稅。
2、核定征收
稅務機關對不能完整、準確提供納稅資料的納稅人，采用特定方法確定其應納稅收入或應納稅額，納稅人據以繳納稅款的一種征收方式。具體包括查定征收、查驗征收、定期定額征收三種
3、代扣代繳、代收代繳征收
前者是指支付納稅人收入的單位和個人從所支付的納稅人收入中扣繳其應納稅款并向稅務機關解繳的行為；后者是指與納稅人有經濟往來關系的單位和個人借助經濟往來關系向納稅人收取其應納稅款并向稅務機關解繳的行為。這兩種征收方式適用于稅源零星分散、不易控管的納稅人。
4、自核自繳
自核自繳也稱“三自納稅”，是指納稅人按照稅務機關的要求，在規定的繳款期限內，根據其財務會計情況，依照稅法規定，自行計算稅款，自行填寫納稅繳款書，自行向開戶銀行繳納稅款，稅務機關對納稅單位進行定期或不定期檢查的一種稅款征收方式。
5、委托代征
是指稅務機關為了解決稅務專管員人力不足的矛盾，根據國家法律、法規的授權，并根據加強稅款征收，保障國家稅收收入實際需要，依法委托給其他部門和單位代為執行稅款征收任務的一種稅款征收方式。
三、納稅有以下好處
1、增加國家財政收入。征收個人所得稅能夠保證穩定的財政收入；
2、調節收入分配，有助于實現社會公平。隨著經濟發展，社會貧富差距加大等問題將會逐步顯現，有可能成為影響社會穩定的負面因素。對個人所得征收累進稅，可減少社會分配不公的程度，緩和社會矛盾；
3、具有自動穩定器的功能。個人所得稅一般采用累進稅率，在經濟繁榮時期，稅收增加的速度超過個人所得增加的速度，可以自動遏制通貨膨脹趨勢；在經濟蕭條時期，稅收減少的速度比個人收入降低的速度快，可阻止通貨緊縮的趨勢；
4、個人所得稅作為直接稅，有助于培養和增強公民的納稅意識。

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【法律依據】：
《個人所得稅法實施條例》第八條，個人所得的形式，包括現金、實物、有價證券和其他形式的經濟利益；所得為實物的，應當按照取得的憑證上所注明的價格計算應納稅所得額，無憑證的實物或者憑證上所注明的價格明顯偏低的，參照市場價格核定應納稅所得額；所得為有價證券的，根據票面價格和市場價格核定應納稅所得額；所得為其他形式的經濟利益的，參照市場價格核定應納稅所得額。
《中華人民共和國稅收征收管理法》
第六十一條
扣繳義務人未按照規定設置、保管代扣代繳、代收代繳稅款帳簿或者保管代扣代繳、代收代繳稅款記帳憑證及有關資料的，由稅務機關責令限期改正，可以處二千元以下的罰款；情節嚴重的，處二千元以上五千元以下的罰款。
《中華人民共和國憲法》
第五十六條
中華人民共和國公民有依照法律納稅的義務。

個人承包勞務工程的，由于個人承包商一般是小規模納稅人，如果可以直接繳稅的，就攜帶身份證、承包合同等直接開繳稅的發票，繳納稅款；如果不具備繳稅資質的，可以申請代開，到稅務局填寫《代開發票申請表》。
自行到稅務局去開工程勞務費發票，繳納增值稅，稅率是百分之三。
具體稅種：
1、增值稅，稅率3%；
2、城建稅，按實際繳納的繳納；
稅率按納稅人所在地分別規定為；
市區7%，縣城和鎮5%，鄉村1%；
大中型工礦企業所在地不在城市市區、縣城、建制鎮的，稅率為1%；
3、教育費附加，按實際繳納的（營業稅+增值稅+消費稅）的3%繳納；
4、地方教育費附加，按實際繳納的（營業稅+增值稅+消費稅）的2%繳納；
5、水利基金，按實際繳納的（營業稅+增值稅+消費稅）的1%繳納；
7、印花稅，按租賃合同金額的萬分之三收取。
8、個人所得稅
法律依據：《中華人民共和國增值稅暫行條例》第四條
納稅人銷售貨物、勞務、服務、無形資產、不動產（以下統稱應稅銷售行為），應納稅額為當期銷項稅額抵扣當期進項稅額后的余額。應納稅額計算公式：
應納稅額=當期銷項稅額減當期進項稅額
當期銷項稅額小于當期進項稅額不足抵扣時，其不足部分可以結轉下期繼續抵扣。

法律主觀：

個人承包工程按以下方式繳納個人所得稅：1、如經營成果歸承包人個人所有的，或按承包合同規定，將一部分經營成果留歸承包人個人所有的，則按照對企事業單位的承包經營、承租經營所得繳納個人所得稅；2、如果是承包人以其他分配方式取得的，則按工資、薪金所得繳納個人所得稅。

法律客觀：

《中華人民共和國個人所得稅法》第二條下列各項個人所得，應當繳納個人所得稅：（一）工資、薪金所得；（二）勞務報酬所得；（三）稿酬所得；（四）特許權使用費所得；（五）經營所得；（六）利息、股息、紅利所得；（七）財產租賃所得；（八）財產轉讓所得；（九）偶然所得。居民個人取得前款第一項至第四項所得（以下稱綜合所得），按納稅年度合并計算個人所得稅；非居民個人取得前款第一項至第四項所得，按月或者按次分項計算個人所得稅。納稅人取得前款第五項至第九項所得，依照本法規定分別計算個人所得稅。