工程項目審計是“基本建設工程項目審計”的簡稱。①是對基本建設項目的合法性、合理性和效益性進行的審核、稽查，包括了內控制度、財務收支、經濟效益、經濟責任等內容，是一項綜合性的高層次審計。②由于施工企業工程項目存在著工期長、工點多、管理跨度大等特點，所以將工程項目審計一般分為前期審計、中期審計和終結審計三個階段。各施工階段的特點不同，其審計的內容也有所側重。
一、工程項目的前期審計
1、首先審查《工程承包合同》：是否簽訂了項目承包合同，合同雙方是否具有法人資格和相應的履約能力，內容是否合規完整；權、責、利劃分是否明確。如有分包工程，還應審查《工程分包合同》。
2、審查工程施工準備工作情況：施工組織設計是否先進，現場施工隊伍和機械設備的配置能否滿足需要，指揮部的設置、定員、人員素質能否符合管理要求，達到精干高效、結構合理。
3、工程預算編制審查：是否編制了工程項目成本預算、費用預算、資金預算，編制依據是否充分，內容是否完整，預算定額是否合理。
4、對內控制度建立的審查：是否建立工程預算管理、合同管理、工資管理、成本管理、設備材料管理、安全質量管理、財務管理、分包工程管理等一系列管理制度，各項制度是否完善、嚴密。
二、工程施工過程審計
1、工程成本管理審查：通過對人工費、材料費、機械使用費、其他直接費、間接費等構成成本五大要素的逐一審查，找出薄弱環節，提出對策和建議。
2、安全、質量、工期的審查：審查施工進度是否按計劃進行，是否存在只抓進度而放松工程安全和質量管理，有無違規操作而導致安全質量事故的發生，造成經濟損失。
3、內控制度的審查：審查各項內控制度是否貫徹實施，有無流于形式而造成管理失控，對分包工程是否進行有效管理，是否存在只包不管或以包代管現象，有無因管理不善而造成返工窩工等現象，影響工期和效益。
4、對工程結算、會計核算的審計：工程價款收入支出是否真實，工程結算是否符合規定，驗工計價是否及時，手續資料是否完備，有無拖欠工程款現象，成本核算是否符合會計制度。
三、工程項目終結審計
1、對完工后的各項資產進行清查、核實，防止資產流失。
2、審查是否完成工程承包合同規定的各項指標，有無違反國家財經紀律的行為。
3、工程是否按期交工，并辦理了竣工結算，財務決策是否符合規定。
4，工程期間有無發生安全質量事故，并分析原因責任。
5、是否按國家規定及時全部繳納了各種稅金，有無拖、漏、少繳行為。