其實宅基地使用權糾紛問題，原則上屬于一般的民事糾紛，可以找以下部門依法處理：
一、村委會或鎮、鄉政府，或者縣政府土地管理部門調解處理;
二、可以找土地管理部門進行確權申請;
三、可以向法院提起訴訟;
四、其他部門。
下面是對不同案件的處理：
一、土地管理部門違法審批引起的宅基地糾紛案件
因土地管理部門審批宅基地，侵犯了相鄰關系人合法權益而引起的訴訟，人民法院應以行政案件立案審理。法院主要審查土地管理部門在作出審批宅基地手續這一具體行政行為過程中，是否有超越職權、濫用職權、違反法定程序的行為。因而，土地管理部門從實體處理到審批程序各個環節中，只要有違法的情形存在，人民法院就應撤銷宅基地使用執照或責令土地管理部門重新作出審批。
對于土地管理部門審批的宅基地屬他人承包地、自留地，侵犯第三人土地承包經營權引起的糾紛，人民法院受案后，主要審查申請人是否符合《土地管理法》第六十二條規定的條件，所審批的宅基地是否在法律規定范圍內，有無按《土地管理法》第四十四條規定辦理農用地轉用審批手續、有無考慮土地承包權三十年不變的規定等具體情況，作出撤銷或者維持審批文件的判決。
未經土地管理部門審批或者采取欺騙手段騙取建房手續用地建房，侵犯了集體或相鄰關系人利益引發的糾紛。
對于能夠確認村民建房未經審批或采取欺騙手段騙取建房手續的非法用地建房，并且侵犯了相鄰關系人合法權益，如影響鄰人房屋通風、采光、通行等情況的，人民法院既可以作出排除妨礙、限期拆除違法建筑物的民事判決，也可以中止訴訟，建議土地管理部門作出限期拆除違法建筑物、退出土地的處罰決定。人民法院在審理非法建筑物買賣、確權等涉及宅基地使用權糾紛案件時，應注意只能裁決建筑材料的所有權，不宜明確非法建筑物的所有權歸屬。
二、爭占宅基地以外的集體空閑地引發的糾紛案件
村民爭占除宅基地以外的集體空閑地的目的是為了多占地皮、擴大墻院、堆放雜物等。對這類糾紛，人民法院應當告知到當地人民政府申請解決，不服政府處理決定的則可向法院起訴的，法院應以行政案件受理。土地為村集體經濟組織所有的也可以直接向人民法院起訴，可要求占地者退出土地、排除妨礙，法院則應以民事案件受理，對當事人因爭占空閑土地引起的財產損害賠償案件，人民法院應根據具體案情處理。
三、建房戶私下調換宅基地引發的糾紛案件
村民根據各自利益的需要，私下調換宅基地引發糾紛的，人民法院在審理此類案件時不僅要指出雙方行為的違法性，同時可以建議土地管理部門依法吊銷建房手續，收回宅基地。如果一方或雙方已蓋好房屋，為避免造成不必要的損失，可以在征得土地管理部門同意后，責令雙方變更宅基地登記。
四、用地建房影響相鄰關系人利益引發的糾紛案件
不適當使用宅基地而影響相鄰關系的，如在同一規劃線上，后蓋的房屋宅基地基墊比先蓋的房屋宅基地高一些，造成雨水和生活用水向鄰人宅基地流淌，或后蓋的房屋和設施影響相鄰人房屋通風、采光、滴水、危及他人房屋安全，或在不適當地點建造廁所影響環境衛生、或擅自堵塞通道、截斷自然水流等情況引發的糾紛，人民法院應本著依法、合理的精神妥善予以處理，確實給鄰人造成損害的，應責令排除妨礙、消除危險、恢復原狀或賠償損失。
法律依據
《土地管理法》
第十六條　下級土地利用總體規劃應當依據上一級土地利用總體規劃編制。
地方各級人民政府編制的土地利用總體規劃中的建設用地總量不得超過上一級土地利用總體規劃確定的控制指標，耕地保有量不得低于上一級土地利用總體規劃確定的控制指標。
省、自治區、直轄市人民政府編制的土地利用總體規劃，應當確保本行政區域內耕地總量不減少。
第六十二條　農村村民一戶只能擁有一處宅基地，其宅基地的面積不得超過省、自治區、直轄市規定的標準。
人均土地少、不能保障一戶擁有一處宅基地的地區，縣級人民政府在充分尊重農村村民意愿的基礎上，可以采取措施，按照省、自治區、直轄市規定的標準保障農村村民實現戶有所居。
農村村民建住宅，應當符合鄉（鎮）土地利用總體規劃、村莊規劃，不得占用永久基本農田，并盡量使用原有的宅基地和村內空閑地。編制鄉（鎮）土地利用總體規劃、村莊規劃應當統籌并合理安排宅基地用地，改善農村村民居住環境和條件。
農村村民住宅用地，由鄉（鎮）人民政府審核批準；其中，涉及占用農用地的，依照本法第四十四條的規定辦理審批手續。
農村村民出賣、出租、贈與住宅后，再申請宅基地的，不予批準。
國家允許進城落戶的農村村民依法自愿有償退出宅基地，鼓勵農村集體經濟組織及其成員盤活利用閑置宅基地和閑置住宅。
國務院農業農村主管部門負責全國農村宅基地改革和管理有關工作。

在農村每家每戶都有屬于自己的宅基地，但是有的時候可能會因為宅基地的界限等產生糾紛，發生宅基地糾紛雙方應該盡量協商進行處理，村委會也應該組織調解，對于調解不好的可以進行起訴，那么，宅基地糾紛如何起訴?下面就跟著一起來詳細的了解一下吧。一、宅基地糾紛如何起訴      宅基地糾紛向法院起訴流程如下:      1、當事人起訴，并按對方當事人人數提交相應份數的副本。起訴書應寫明請求事項和起訴事實、理由，尾部須署名。      2、提交相關證明材料。      3、當事人向法院提交書證，填寫證據清單。經法院承辦人核對后，由承辦人在證據清單上簽字蓋章，一份交當事人，一份備案。      4、立案庭在當事人履行必須的手續和交齊有關證據材料之后，在七天內，對符合立案條件的，辦理立案手續。      5、當事人應在收到受理通知書之日起七天內預交案件受理費和其他訴訟費用，如確有困難，可在預交期內向本院提出減、緩、免交的書面申請，逾期不交或者書面申請緩、減、免交未獲批準而仍不預交的，本院將裁定按自動撤訴處理。      6、立案手續后，案件由法院排期開庭，當事人應服從法院的各項工作安排，并于結案后到財務室結算訴訟費用，多退少補。

      二、宅基地糾紛的解決辦法      根據我國《土地管理法》的規定，宅基地糾紛的解決辦法，主要有三種:      1、協商解決      根據《土地管理法》第十六條第一款規定，土地所有權和使用權爭議，由當事人協商解決。據此規定，公民之間發生的宅基地糾紛，應當先通過協商的方式加以解決。      2、行政解決      根據《土地管理法》第十六條第二款規定，個人之間，個人與單位之間爭議，由鄉級人民政府或者縣級以上人民政府處理。      該法還規定，侵犯土地的所有權或者使用權爭議，由縣級以上地方人民政府土地管理部門責令停止侵犯、賠償損失。      3、司法解決      根據《土地管理法》第十六條第三款規定，當事人對有關人民政府的處理決定不服的，可以在接到處理決定通知之日起30日內，向人民法院起訴。      這表明公民之間就土地的使用權和所有權發生的糾紛，只與按照《土地管理法》第十六條和第五十三條的規定，先經過有關行政機關的處理，對于處理決定不服，才可以向人民法院提起訴訟。否則，人民法院不予受理。      但對于侵犯土地的所有權或者使用權的，被侵權人可以不經行政機關的處理，而直接向人民法院起訴。      三、農村宅基地繼承可以嗎      1、我國《土地管理法》沒有明文規定，但是宅基地是農民集體財產，村民個人只有使用權，而且這一使用權具有很強的人身依附性，即村民資格。      2、農村宅基地使用權作為土地使用權的一部分，當然歸當地的農村經濟組織(村委會)所有。宅基地使用權作為一項特殊的物權，與農民個人的集體組織成員資格緊密相關，在我國《繼承法》有關遺產內容的第三條中，沒有涉及宅基地的內容，可見，宅基地不屬于遺產，不得繼承，但建造在宅基地上的房屋屬于村民個人所有，是可以被繼承的。      農村宅基地是僅限本集體經濟組織內部符合規定的成員，按照法律法規規定標準享受使用，用于建造自己居住房屋的農村土地。農民對宅基地只有使用權，土地則屬于農民集體所有。      農村村民建住宅需要使用宅基地的，應向本集體經濟組織提出申請，并在本集體經濟組織或村民小組張榜公布。公布期滿無異議的，報經鄉(鎮)審核后，報縣(市)審批。經依法批準的宅基地，農村集體經濟組織或村民小組應及時將審批結果張榜公布。

宅基地確權有爭議解決方法如下：
1、協商解決，土地所有權和使用權爭議，由當事人協商解決；
2、行政解決，個人之間，個人與單位之間爭議，由鄉級人民政府或者縣級以上人民政府處理；
3、司法解決，當事人對有關人民政府的處理決定不服的，可以在接到處理決定通知之日起三十日內，向人民法院起訴。
宅基地確權的條件如下：
1、必須是本村的村民且必須是宅基地建筑的實際所有權人。申請宅基地確權的農民必須是本村村民，并且必須是宅基地使用權擁有者本人。其他人員沒有權利確權；
2、申請宅基地確權的農民必須擁有合法的身份。合法的身份包括申請者本人必須是有合法的戶口本，身份證等證件，如果申請者本人在這方面存在問題，當然無法申請確權嘍。農村宅基地確權需要四個條件；
3、提供相關的證明材料。證明材料分兩種：第一種，如果宅基地房屋是村民自己建造的，需要提供宅基地使用證，建房的相關批文等輔助證明材料。如果是本村成員之間買賣或者是后代繼承以及他人饋贈的，就需要提供當時的買賣合同，繼承證明，饋贈證明等輔助證明材料；
4、確權之前必須在本村農民之間公示。確權申請提交之后，要在本村張貼公告，在公告的有效期內，如果沒有本村其他村民提出異議，則可確認確權。
綜上所述，如果公民之間發生了宅基地的糾紛，要首先通過協商的方式進行解決。個人間、個人和單位之間的爭議，由各鄉級人民政府或縣級以上的人民政府進行處理。若當事人對有關人民政府的處理決定感到不服的，可以在接到處理決定通知之日起的30天內，向人民法院提起訴訟。法院審理宅基地使用權糾紛法律依據只要是土地管理法，大家要知道，行為人對宅基地是沒有所有權的，只有使用權的，因此宅基地不可以作為商品買賣，他人也不得侵占宅基地，否則可能會面臨著相應的處罰。
【法律依據】：
《中華人民共和國土地管理法》第十四條
土地所有權和使用權爭議，由當事人協商解決；協商不成的，由人民政府處理。
單位之間的爭議，由縣級以上人民政府處理；個人之間、個人與單位之間的爭議，由鄉級人民政府或者縣級以上人民政府處理。
當事人對有關人民政府的處理決定不服的，可以自接到處理決定通知之日起三十日內，向人民法院起訴。
在土地所有權和使用權爭議解決前，任何一方不得改變土地利用現狀。