房屋擅自加層違法，經審批合法。業主未向政府相關部門進行申請報批或經申批政府不同意加層的，擅自加層屬于違章建筑，存在侵占安全通道和非法占用耕地等、影響城市公共空間、破壞生態環境等特點，國家規定應當拆除，當事人需要承擔拆除違建所花費的全部費用。
【法律依據】
《城鄉規劃法》第六十四條　
未取得建設工程規劃許可證或者未按照建設工程規劃許可證的規定進行建設的，由縣級以上地方人民政府城鄉規劃主管部門責令停止建設；尚可采取改正措施消除對規劃實施的影響的，限期改正，處建設工程造價百分之五以上百分之十以下的罰款；無法采取改正措施消除影響的，限期拆除，不能拆除的，沒收實物或者違法收入，可以并處建設工程造價百分之十以下的罰款。

擅自加層違法。如果直接在原有建筑上加層，沒有經過審批的，將存在安全隱患，屬于違建行為。若業主拒不拆除的情況下，相關部門將有權執行安排人員強制幫忙拆除，甚至會受到行政處罰以及刑事處罰。

確認建房是否違法的依據，是建房者有沒有取得土地管理部門的建房許可證。農村農民建住房，需要經過“申請、審核、批準”這樣的程序，取得建房許可，并不能超過規定的建房面積，然后取得“宅基地使用證”這樣，這個建房行為就是合法的。宅基地使用證的批準權限在縣級土地管理部門，但村里與鄉里的審核也是很重要的。只要能夠取得這樣的批準文書，你在哪里建房都是合法的如果想先斬后奏，事先沒有取得任何許可的話，那么在什么土地上建房都是不合法的。
國家實行占用耕地補償制度。非農業建設經批準占用耕地的，按照“占多少，墾多少”的原則，由占用耕地的單位負責開墾與所占用耕地的數量和質量相當的耕地沒有條件開墾或者開墾的耕地不符合要求的，應當按照省、自治區、直轄市的規定繳納耕地開墾費，專款用于開墾新的耕地。
省、自治區、直轄市人民政府應當制定開墾耕地計劃，監督占用耕地的單位按照計劃開墾耕地或者按照計劃組織開墾耕地，并進行驗收。



【法律依據】：
根據《中華人民共和國城鄉規劃法》 第六十四條 未取得建設工程規劃許可證或者未按照建設工程規劃許可證的規定進行建設的，由縣級以上地方人民政府城鄉規劃主管部門責令停止建設；尚可采取改正措施消除對規劃實施的影響的，限期改正，處建設工程造價百分之五以上百分之十以下的罰款；無法采取改正措施消除影響的，限期拆除，不能拆除的，沒收實物或者違法收入，可以并處建設工程造價百分之十以下的罰款。

房屋加層違法。 違章建筑，是指在城市規劃區內，未取得建設工程規劃許可證或違反建筑工程規劃許可證的規定建設的，或采取欺騙手段騙取批準而占地新建、擴建和改建的建筑物。 違章建筑，主要包括： （1）未申請或申請未獲得批準，未取得建設用地規劃許可證和建設工程規劃許可證而建成的建筑。 （2）擅自改變建設工程規劃許可證的規定建成的建筑。 （3）擅自改變了使用性質建成的建筑。 （4）擅自將臨時建筑設成為永久性建筑。 《中華人民共和國 城鄉規劃法 》第六十四條： 未取得建設工程規劃許可證或者未按照建設工程規劃許可證的規定進行建設的，由縣級以上地方人民政府城鄉規劃主管部門責令停止建設； 尚可采取改正措施消除對規劃實施的影響的，限期改正，處建設工程造價百分之五以上百分之十以下的罰款； 無法采取改正措施消除影響的，限期拆除，不能拆除的，沒收實物或者違法收入，可以并處建設工程造價百分之十以下的罰款。 第六十五條： 在鄉、村莊規劃區內未依法取得鄉村建設規劃許可證或者未按照鄉村建設規劃許可證的規定進行建設的，由鄉、鎮人民政府責令停止建設、限期改正； 逾期不改正的，可以拆除。 《房屋登記辦法》第八十六條 房屋所有權 依法發生轉移，申請房屋所有權轉移登記的，應當提交下列材料： (一)登記申請書； (二)申請人的 身份證 明； (三)房屋所有權證書； (四) 宅基地使用權 證明或者集體所有建設用地使用權證明； (五)證明房屋所有權發生轉移的材料； (六)其他必要材料。 申請村民住房所有權轉移登記的，還應當提交農村集體經濟組織同意轉移的證明材料。 農村集體經濟組織申請房屋所有權轉移登記的，還應當提交經村民會議同意或者由村民會議授權經村民代表會議同意的證明材料。

違建加層一般將面臨行政處罰，如尚可采取改正措施消除對規劃實施的影響的，及時改正，并處建設工程造價百分之五以上百分之十以下的罰款，若無法采取改正措施消除影響的，限期拆除，不能拆除的，沒收實物或者違法收入，可以并處建設工程造價百分之十以下的罰款。因為擅自加層的行為會影響房屋的承重，縮短房屋的使用壽命，對違法的建筑物、構筑物、設施等需要強制拆除的，應當由行政機關予以公告，限期當事人自行拆除，當事人在法定期限內不申請行政復議或者提起行政訴訟，又不拆除的，行政機關可以依法強制拆除。
對違法建筑的違建處罰方式主要有罰款、限期拆除和沒收三種方式，具體內容為：
1、罰款，對于違法建設當事人所建的違法建筑可以采取改正措施消除對規劃實施的影響的，處建設工程造價5%以上10%以下的罰款；
2、限期拆除，違法建設當事人所建的違法建筑，無法采取改正措施消除對規劃實施的影響的，限期拆除；
3、行政強制拆除。
【法律依據】：《中華人民共和國土地管理法》第八十三條
依照本法規定，責令限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他設施的，建設單位或者個人必須立即停止施工，自行拆除；對繼續施工的，作出處罰決定的機關有權制止。建設單位或者個人對責令限期拆除的行政處罰決定不服的，可以在接到責令限期拆除決定之日起十五日內，向人民法院起訴；期滿不起訴又不自行拆除的，由作出處罰決定的機關依法申請人民法院強制執行，費用由違法者承擔。