小產權房不能進行公證，公證的基礎是要合法，小產權房是不合法的，所以即使公證也是無效的;所謂小產權是國家不認可的，更不能上市交易的，公證處當然不能做這種公證，即使做了國家也是不認可的。
購買在建小產權房時，購房人與開發商簽訂合同并交付房款后，如果相關部門整頓鄉產權房的建設項目，可導致部分項目停建甚至被強迫拆除。購房人會面臨既無法取得房屋，又不能及時索回房款的尷尬境地。
小產權房如何交易?
1、買賣雙方先簽訂《房屋買賣合同》。
2、賣方處理好房屋未能滿足交易過戶條件的相關事宜(比如原有抵押貸款的，是轉按還是提前歸還了貸款，涂銷了原有的抵押后再進行交易等等)。
3、買方如果是按揭貸款購房的，找銀行申請貸款，并取得銀行的書面答復。(買方是一次性付款的，此步驟就不需要了)
4、雙方按當地房管局的要求帶備房產證、身份證等原件，前往房產交易所辦理交易申請。如果當地要求遞件前有部分稅費或費用是先繳交的，備好款項。
5、成功遞件并取得房產交易所收件回執后，買方付按約定首期房款給賣方。
小產權房如何辦理房產證？
小產權房是直接辦不了房產證的，只有通過過戶才可以取得房產證。
1、小產權房屋開發人根據建房批復，城填規化許可證到土管局交納一定量的土地出讓金，變集體土地為國有土地。
2、小產權的建筑商到地稅部門交納百分之四點叁捌的建筑環節稅收。
3、根據變更的國有土地使用證和交納的建筑環稅收票證、建房批復、城鎮規化許可證到房管部門辦理房屋總證。
4、房屋購買者憑房屋總證，房屋產權過戶表，賣買雙方身份證復印件，購買房屋合同到財政部門(農村財政稅收和農村財務管理局)交納契稅稅。
5、到地稅部門交納房屋銷售環節的各項稅收。
6、憑以上各種手續和交納的稅收票據或稅收減免證到房屋管理部門辦理房產權手續。

小產權房的交易流程：一、買房：買賣雙方相約實地考察房屋，并且初步洽談價格、付款方式、交房日期等事項；二、查檔：買賣雙方拿著房產證原件或按揭合同原價前往檔案大廈國土部門查房檔案；三、簽合同：交易雙方可以就房屋價格、定金、首期款、貸款申請時間、過戶申請時間和交房日期等內容進行進一步協商，并且確保將符合自己需求的相關約定都寫入了合同當中。確認無誤后，買賣雙方與中介簽訂三方合同或者買賣雙方簽訂合同，并支付定金給中介公司；四、公證：賣方同擔保公司一起到公證處進行公證，并委托擔保公司辦理相關事務；五、資金及貸款申請：買方支付首期款到按揭銀行資金賬號，然后跟擔保公司一起和銀行簽訂資金協議及相關文件，并向銀行提出貸款申請，銀行同意貸款后出具貸款承諾書給買方，或者直接通知擔保公司，時間大概在約7至8個工作日左右；六、贖樓：買方向擔保公司支付擔保費用后，擔保公司會向原貸款銀行申請贖樓，然后擔保公司會向銀行出具贖樓擔保，并進行贖樓以及注銷抵押登記手續，時間大約在5個工作日左右；七、過戶：買方同擔保公司去房地產產權登記辦理過戶手續，在遞交房產過戶申請后，擔保公司領取回執，這期間大約需要5個工作日；八、繳費：買方同擔保公司到相關部門繳費并領取新的房產證后，擔保公司會帶著房產證同按揭銀行在房地產產權登記作抵押登記，銀行把首期款給賣方。新房產證抵押登記后，銀行把扣除贖樓貸款后的貸款給賣方，時間大約在10個工作日左右；九、交房：買賣雙方辦理房屋交接，水、電等過戶，買方領鑰匙。
【法律依據】
根據《中華人民共和國土地管理法》第十條，國有土地和農民集體所有的土地，可以依法確定給單位或者個人使用。使用土地的單位和個人，有保護、管理和合理利用土地的義務。根據《中華人民共和國土地管理法》第十一條，農民集體所有的土地依法屬于村農民集體所有的，由村集體經濟組織或者村民委員會經營、管理；已經分別屬于村內兩個以上農村集體經濟組織的農民集體所有的，由村內各該農村集體經濟組織或者村民小組經營、管理；已經屬于鄉（鎮）農民集體所有的，由鄉（鎮）農村集體經濟組織經營、管理。根據《中華人民共和國土地管理法》第十二條，土地的所有權和使用權的登記，依照有關不動產登記的法律、行政法規執行。依法登記的土地的所有權和使用權受法律保護，任何單位和個人不得侵犯。

1、看房買方看房、買賣雙方初步洽談價格、付款方式、交房日期等事項，一般買賣雙方產生的費用都歸買方支付。 2、查檔買賣雙方持房產證原件或按揭合同原件到檔案大廈國土部門查房產檔案。 3、簽合同買賣雙方協商房屋價格、定金、首期款、資金、貸款申請時間、贖樓費用、過戶申請時間、稅費支付方式、交房日期、租客情況、傭金的支付時間及比例、違約責任，確定這幾大要點后，買賣雙方與中介簽訂三方合同或者買賣雙方簽訂合同，把上述內容寫入合同，支付定金給中介公司。 4、公證賣方同擔保公司到公證處進行公證，賣方委托擔保公司辦理相關事務。 5、資金及貸款申請買方支付首期款到按揭銀行資金賬號（一般是原貸款銀行，如果換其他銀行會多出一些費用），買方及擔保公司與銀行簽訂資金協議及相關文件，買方向銀行提出貸款申請，銀行同意貸款后出具貸款承諾書給買方（一般銀行直接通知擔保公司），約7~8個工作日左右。 6、贖樓買方向擔保公司支付擔保費用后，擔保公司向原貸款銀行申請贖樓，擔保公司向銀行出具贖樓擔保，進行贖樓及注銷抵押登記手續，約5個工作日左右。 7、房屋過戶買方同擔保公司去房地產產權登記簽訂《 小產權房買賣 合同（現售）》，遞交房產過戶申請，擔保公司領取回執，需5個工作日。 8、繳費買方同擔保公司到領證窗口簽署回執繳費領取房產證（記得多復印一些，再見到它時要等全部貸款還清之后），擔保公司領出新房產證同按揭銀行在市房地產產權登記作抵押登記，銀行把首期款給賣方，新 房產證抵押 登記后，銀行把扣除贖樓貸款后的貸款給賣方，約10個工作日左右。 9、交房買賣雙方辦理房屋交接，水、電等過戶，買方領鑰匙。

法律主觀：

首先小產權房的房產是不能公證的，公證的基礎是要合法。所謂小產權是國家不認可的，更不能上市交易的，公證處當然不能做這種公證；但可贈與或遺囑。國家相關法律、法規和政府文件上并沒有“小產權房”、“鄉產權房”的提法，更沒有對其下過定義。以往所說的“小產權”主要針對的是國有企事業單位自建房，在國有單位里，土地是無償劃撥的，土地由國有單位全體職工共同使用。職工購買這種條件下建設的住房，房屋由職工個人所有，但無法獲得個人 土地使用權證 ，這就是小產權。

法律客觀：

《公證法》
第三十一條
有下列情形之一的，公證機構不予辦理公證：
（一）無民事行為能力人或者限制民事行為能力人沒有監護人代理申請辦理公證的；
（二）當事人與申請公證的事項沒有利害關系的；
（三）申請公證的事項屬專業技術鑒定、評估事項的；
（四）當事人之間對申請公證的事項有爭議的；
（五）當事人虛構、隱瞞事實，或者提供虛假證明材料的；
（六）當事人提供的證明材料不充分或者拒絕補充證明材料的；
（七）申請公證的事項不真實、不合法的；
（八）申請公證的事項違背社會公德的；
（九）當事人拒絕按照規定支付公證費的。