可以。但是要經過收款人同意，并且與第三方簽訂了委托協議書的情況下，是可以由第三方支付的。

1、首先工程甲乙雙方商議認可工程結算的工程款數額。
2、然后在銀行柜面填寫轉賬單據，正確填寫第三方賬戶。
3、最后交由銀行工作人員，確定轉賬即可。