其實宅基地使用權糾紛問題，原則上屬于一般的民事糾紛，可以找以下部門依法處理：
一、村委會或鎮、鄉政府，或者縣政府土地管理部門調解處理;
二、可以找土地管理部門進行確權申請;
三、可以向法院提起訴訟;
四、其他部門。
下面是對不同案件的處理：
一、土地管理部門違法審批引起的宅基地糾紛案件
因土地管理部門審批宅基地，侵犯了相鄰關系人合法權益而引起的訴訟，人民法院應以行政案件立案審理。法院主要審查土地管理部門在作出審批宅基地手續這一具體行政行為過程中，是否有超越職權、濫用職權、違反法定程序的行為。因而，土地管理部門從實體處理到審批程序各個環節中，只要有違法的情形存在，人民法院就應撤銷宅基地使用執照或責令土地管理部門重新作出審批。
對于土地管理部門審批的宅基地屬他人承包地、自留地，侵犯第三人土地承包經營權引起的糾紛，人民法院受案后，主要審查申請人是否符合《土地管理法》第六十二條規定的條件，所審批的宅基地是否在法律規定范圍內，有無按《土地管理法》第四十四條規定辦理農用地轉用審批手續、有無考慮土地承包權三十年不變的規定等具體情況，作出撤銷或者維持審批文件的判決。
未經土地管理部門審批或者采取欺騙手段騙取建房手續用地建房，侵犯了集體或相鄰關系人利益引發的糾紛。
對于能夠確認村民建房未經審批或采取欺騙手段騙取建房手續的非法用地建房，并且侵犯了相鄰關系人合法權益，如影響鄰人房屋通風、采光、通行等情況的，人民法院既可以作出排除妨礙、限期拆除違法建筑物的民事判決，也可以中止訴訟，建議土地管理部門作出限期拆除違法建筑物、退出土地的處罰決定。人民法院在審理非法建筑物買賣、確權等涉及宅基地使用權糾紛案件時，應注意只能裁決建筑材料的所有權，不宜明確非法建筑物的所有權歸屬。
二、爭占宅基地以外的集體空閑地引發的糾紛案件
村民爭占除宅基地以外的集體空閑地的目的是為了多占地皮、擴大墻院、堆放雜物等。對這類糾紛，人民法院應當告知到當地人民政府申請解決，不服政府處理決定的則可向法院起訴的，法院應以行政案件受理。土地為村集體經濟組織所有的也可以直接向人民法院起訴，可要求占地者退出土地、排除妨礙，法院則應以民事案件受理，對當事人因爭占空閑土地引起的財產損害賠償案件，人民法院應根據具體案情處理。
三、建房戶私下調換宅基地引發的糾紛案件
村民根據各自利益的需要，私下調換宅基地引發糾紛的，人民法院在審理此類案件時不僅要指出雙方行為的違法性，同時可以建議土地管理部門依法吊銷建房手續，收回宅基地。如果一方或雙方已蓋好房屋，為避免造成不必要的損失，可以在征得土地管理部門同意后，責令雙方變更宅基地登記。
四、用地建房影響相鄰關系人利益引發的糾紛案件
不適當使用宅基地而影響相鄰關系的，如在同一規劃線上，后蓋的房屋宅基地基墊比先蓋的房屋宅基地高一些，造成雨水和生活用水向鄰人宅基地流淌，或后蓋的房屋和設施影響相鄰人房屋通風、采光、滴水、危及他人房屋安全，或在不適當地點建造廁所影響環境衛生、或擅自堵塞通道、截斷自然水流等情況引發的糾紛，人民法院應本著依法、合理的精神妥善予以處理，確實給鄰人造成損害的，應責令排除妨礙、消除危險、恢復原狀或賠償損失。
法律依據
《土地管理法》
第十六條　下級土地利用總體規劃應當依據上一級土地利用總體規劃編制。
地方各級人民政府編制的土地利用總體規劃中的建設用地總量不得超過上一級土地利用總體規劃確定的控制指標，耕地保有量不得低于上一級土地利用總體規劃確定的控制指標。
省、自治區、直轄市人民政府編制的土地利用總體規劃，應當確保本行政區域內耕地總量不減少。
第六十二條　農村村民一戶只能擁有一處宅基地，其宅基地的面積不得超過省、自治區、直轄市規定的標準。
人均土地少、不能保障一戶擁有一處宅基地的地區，縣級人民政府在充分尊重農村村民意愿的基礎上，可以采取措施，按照省、自治區、直轄市規定的標準保障農村村民實現戶有所居。
農村村民建住宅，應當符合鄉（鎮）土地利用總體規劃、村莊規劃，不得占用永久基本農田，并盡量使用原有的宅基地和村內空閑地。編制鄉（鎮）土地利用總體規劃、村莊規劃應當統籌并合理安排宅基地用地，改善農村村民居住環境和條件。
農村村民住宅用地，由鄉（鎮）人民政府審核批準；其中，涉及占用農用地的，依照本法第四十四條的規定辦理審批手續。
農村村民出賣、出租、贈與住宅后，再申請宅基地的，不予批準。
國家允許進城落戶的農村村民依法自愿有償退出宅基地，鼓勵農村集體經濟組織及其成員盤活利用閑置宅基地和閑置住宅。
國務院農業農村主管部門負責全國農村宅基地改革和管理有關工作。

法律主觀：

農村宅基地糾紛有協商、調解、仲裁、訴訟四種解決方式。因農村宅基地發生糾紛的雙方當事人可以通過協商解決，當事人不愿協商、調解或者協商、調解不成的可以向仲裁機構申請仲裁；當事人對處理決定不服的可以在接到處理決定后30日內，直接向人民法院起訴。

法律客觀：

《中華人民共和國土地管理法》
第六十二條
農村村民一戶只能擁有一處宅基地，其宅基地的面積不得超過省、自治區、直轄市規定的標準。人均土地少、不能保障一戶擁有一處宅基地的地區，縣級人民政府在充分尊重農村村民意愿的基礎上，可以采取措施，按照省、自治區、直轄市規定的標準保障農村村民實現戶有所居。農村村民出賣、出租、贈與住宅后，再申請宅基地的，不予批準。國家允許進城落戶的農村村民依法自愿有償退出宅基地，鼓勵農村集體經濟組織及其成員盤活利用閑置宅基地和閑置住宅。

法律主觀：

因宅基地發生糾紛，如果是村民之間的糾紛，屬于民事糾紛，可以先進行調解，縣級以上人民政府土地管理部門或者鄉級人民政府提出書面申請，調解不成，可以到當地法院起訴；如果行政糾紛，可以直接提起行政訴訟，起訴相關的行政部門。 提起訴訟的流程如下： 1、當事人起訴，首先應提交起訴書，并按對方當事人人數提交相應份數的副本。 2、根據“誰主張誰舉證”原則，原告向法院起訴應提交相關證據材料。 3、立案庭在當事人履行必須的手續和交齊有關證據材料之后，在七天內，對符合立案條件的，辦理立案手續；對不符合立案條件的，依法裁定不予受理。 4、當事人應在收到受理通知書之日起七天內預交案件受理費和其他訴訟費用，如確有困難，可在預交期內向本院提出減、緩、免交的書面申請，逾期不交或者書面申請緩、減、免交未獲批準而仍不預交的，本院將裁定按自動撤訴處理。 5、立案手續后，案件由法院排期開庭。 《土地管理法》第十六條 土地所有權和使用權爭議，由當事人協商解決；協商不成的，由人民政府處理。單位之間的爭議，由縣級以上人民政府處理；個人之間、個人與單位之間的爭議，由鄉級人民政府或者縣級以上人民政府處理。當事人對有關人民政府的處理決定不服的，可以自接到處理決定通知之日起三十日內，向人民法院起訴。在土地所有權和使用權爭議解決前，任何一方不得改變土地利用現狀。

法律客觀：

《農村宅基地管理辦法》
第十七條
農村村民申請宅基地，應當向常住戶口所在地的村民委員會或村集體經濟組織提出書面申請，經村民委員會或村集體經濟組織討論同意，并將申請宅基地戶主名單、家庭人口、原有房屋間數面積、申請建房占地面積、位置等張榜公布后無異議的，取得鄉村建設規劃許可證或建設用地規劃許可證后，報鄉鎮人民政府審查，縣土地行政主管部門審核，由縣人民政府批準，其批準結果由村民委員會予以公布。