目前國家土地供給是雙軌制，即農村是集體所有制土地，你是本村的人，就有土地所有權，村集體同意，國家土地部門備案后，你就可以自建房;而商品房的性質為國有土地出讓，其性質為國家將土地出讓于個人(期限最長70年)，其管理部門房產局。

　　綜上即可看出：農村自建房是限于村民身份的，其自由轉讓存在很多體制性的硬傷，其轉讓依據主要為村干部見證+簽訂契約，因為無國家稅務、管理部門參與，所有權和使用權的界定劃分很困難。商品房的轉讓是自由的，但其前提是繳納稅
費，之后就可以上市交易.房產局過戶登記為所有權變更的依據。

　　區別在于以下幾點：

　　1、土地性質：

　　自建房要看土地性質而定，分為農村集體用地宅基地自建房和國有土地拍后自建房;

　　符合上市交易的商品房是國有土地出讓，還有小產權房(銷售人員謊稱為商品房可以銷售，實際上是違反相關規定的)

　　2、房屋所有人：

　　自建房所有人肯定是建房者自己;

　　而商品房是屬于開發商，再售賣辦證后才屬于購房者。

　　3、報建審批程序：

　　農村是集體所有制土地，你是本村的人，就有土地所有權，村集體同意，國家土地部門備案后，你就可以自建房;

　　商品房則是在開發商拍下土地后，通過政府審核相關報建資料、設計資料等文件后允許建房，達到可銷售程度后方能上市銷售的房子。

　　4、是否可銷售

　　農村集體用地自建房是不能銷售的，而其土地僅能在本地轉讓;商品房持有合法手續及相關證件后可以上市銷售。

　　5、管理部門：

　　自建房管理部門就看當地的規定，城市不同管理部門也不同;

　　商品房管理部門是房管局或相關房產管理部門。

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