法律分析：確權后發生土地權益糾紛的，應當先由雙方協商處理，協商不成的可以請有關人民政府進行處理，如果對政府部門的處理決定不服，可以向仲裁機構申請仲裁或向人民法院提起訴訟。

法律分析：《中華人民共和國土地管理法》第十六條

土地所有權和使用權爭議，由當事人協商解決；協商不成的，由人民政府處理。 單位之間的爭議，由縣級以上人民政府處理；個人之間、個人與單位之間的爭議，由鄉級人民政府或者縣級以上人民政府處理。 當事人對有關人民政府的處理決定不服的，可以自接到處理決定通知之日起三十日內，向人民法院起訴。 在土地所有權和使用權爭議解決前，任何一方不得改變土地利用現狀。

《中華人民共和國農村土地承包法》

第五十五條　因土地承包經營發生糾紛的，雙方當事人可以通過協商解決，也可以請求村民委員會、鄉（鎮）人民政府等調解解決。當事人不愿協商、調解或者協商、調解不成的，可以向農村土地承包仲裁機構申請仲裁，也可以直接向人民法院起訴。

《中華人民共和國農村土地承包經營糾紛調解仲裁法 》第二條

農村土地承包經營糾紛調解和仲裁，適用本法。 農村土地承包經營糾紛包括： （一）因訂立、履行、變更、解除和終止農村土地承包合同發生的糾紛； （二）因農村土地承包經營權轉包、出租、互換、轉讓、入股等流轉發生的糾紛； （三）因收回、調整承包地發生的糾紛； （四）因確認農村土地承包經營權發生的糾紛； （五）因侵害農村土地承包經營權發生的糾紛； （六）法律、法規規定的其他農村土地承包經營糾紛。 因征收集體所有的土地及其補償發生的糾紛，不屬于農村土地承包仲裁委員會的受理范圍，可以通過行政復議或者訴訟等方式解決。

《中華人民共和國土地管理法》第十六條規定，土地糾紛可以通過當事人雙方協商解決。協商必須遵循以下原則：1．自愿。即雙方愿意進行商談，并達成一致協議。任何一方，無論是單位、個人都不得將自己的意志強加給對方。任何單位或個人也不得非法干預。2．合法。雙方當事人達成的協議必須是合法的，不得違反國家法律法規，不得損害社會公共利益及他人的合法權益。該方法適用于因土地權屬不明、范圍不清、地界沒有標志引起的土地所有權和使用權糾紛。雙方協商后，應簽訂權屬地界協議書。爭議雙方當事人應當提請當地人民政府國土資源管理部門審查備案。行政調解當事人協商不成的，應申請人民政府國土資源行政主管部門調解。國土資源行政主管部門進行調解時應在雙方平等自愿的基礎上進行。調解時，應做到以下幾點：1．查明事實，分清是非，明確責任。2．依照法律法規、政策進行耐心的說服工作，講明利害關系。3．既要符合法律法規，有原則性，又要有靈活性。4．爭取有關部門的配合與支持。當事人在國土資源行政主管部門主持下自愿達成的協議，應當由國土資源行政主管部門審查批準和雙方當事人蓋章。調解協議書一經送達當事人，即發生法律效力，成為雙方當事人履行法律的依據。如果當事人不愿調解或不服調解，或在調解成立后調解協議書送達前反悔的，依照法律規定，都可以直接要求人民政府處理。調解時不能帶有自己的感情，不能決而不調，也不能久調不決。調解時間越久，越會給國土資源行政主管部門帶來麻煩和被動。行政調解不成時，要及時進入處理階段。人民政府處理人民政府處理即所謂的行政處理。《土地管理法》第十六條規定，單位之間的爭議，由縣級以上人民政府處理；個人之間、個人與單位之間的爭議由鄉級或者縣級以上人民政府處理。鄉級人民政府處理的土地糾紛主要是因為主體一方或雙方為個人的土地權屬爭議，爭議范圍不大，數量少，情節不太復雜。為了及時解決土地糾紛，方便群眾，這類糾紛宜由鄉級人民政府處理。但是情節復雜，影響較大的權屬爭議，處理后牽涉登記、發證，因鄉級人民政府無權登記、發證，應由縣級人民政府處理為妥。但鄉級人民政府可以承擔受理。行政處理是仲裁的一種形式，可參照《仲裁法》相關規定進行。國土資源行政主管部門進行處理時，要按照國土資源部《土地權屬爭議調查處理辦法》規定的程序進行，應先認真審閱爭議雙方提交的申請書、答辯書及有關證據材料。要調查事實、核實證據、查閱有關歷史資料和原始憑證，并可請有關部門協助調查或現場勘察。在爭議的基本事實調查清楚后，依據土地管理有關法律法規作出處理決定。處理后，要制作《土地糾紛處理決定書》，決定書要寫明下列各項：1．申請人和被申請人的姓名、地址以及代理人、代表人的姓名、職務。2．申請理由，爭議的事實和要求。3．處理認定的事實、理由和適用的法律。4．處理結果。5．不服處理的補救措施等。國土資源行政主管部門在處理土地糾紛時，要注意審查申請人所遞交的申請書及有關證據材料，如發現有下列問題，受理機關在收到處理申請書7個工作日內，應依法作出不予受理的書面通知：1．申請人與爭議的土地沒有直接利害關系。2．申請的具體要求不符合法律規定。3．無具體的處理請求和事實依據。4．不作為爭議案件受理的行政區域邊界爭議案件、土地違法案件、農村土地承包經營權爭議等案件。受理機關如發現上述問題仍然進入處理程序，將很可能使自己陷入尷尬境地。具體辦案人員如果和當事人有利害關系，應及早回避。當事人如對《土地糾紛處理決定書》不服，可在接到決定書30日內向人民法院起訴或在60日內向上級人民政府提起行政復議。訴訟訴訟權是公民的基本權利之一。任何單位或個人的土地利用合法權益受到侵害時，都有權請求國家運用法律來加以保障。訴訟作為土地糾紛處理的一種方法有三種形式，即民事訴訟、行政訴訟和刑事訴訟。土地糾紛的民事訴訟。《土地管理法》規定的侵權行為，如未發生重大的人身事故，沒有引起生命財產等嚴重損害后果的訴訟屬民事訴訟。這類民事訴訟案件雖經過土地行政主管部門的行政調處，但這種行為是應當事人一方或雙方請求進行的，土地行政主管部門只是調處者，不是訴訟的參與者或關系人，所以不參與該項訴訟。訴訟當事人仍為原來爭議的雙方。這類案件土地行政主管部門進行行政處理，其目的是為了更快更好地解決土地糾紛，減少訴訟，以便及時保護當事人的合法權益，以平息事端。土地糾紛的行政訴訟。土地糾紛雙方當事人如對人民政府的處理不服，可以自接到處理決定之日起30日內向人民法院提起行政訴訟，即不服處理一方的當事人作為原告，把人民政府作為被告。最高人民法院《關于房地產案件受理問題的通知》規定，公民、法人或其他組織對人民政府或者其主管部門就土地的所有權或者使用權歸屬的處理決定不服，對人民政府或其主管部門就房地產問題作出的行政處罰決定不服，可依法向人民法院提起行政訴訟，由房地產所在地的人民法院行政審判庭依法受理。《最高人民法院關于執行〈中華人民共和國行政訴訟法〉若干問題的解釋》第十六條規定：“農村土地承包人等土地使用權人對行政機關處分其使用的農村集體所有土地的行為不服，可以自己的名義提起訴訟。”

《農村土地承包經營糾紛仲裁規則》第三條下列農村土地承包經營糾紛，當事人可以向農村土地承包經營糾紛仲裁委員會申請仲裁：（一）因訂立、履行、變更、解除和終止農村土地承包合同發生的糾紛；（二）因農村土地承包經營權轉包、出租、互換、轉讓、入股等流轉發生的糾紛；（三）因收回、調整承包地發生的糾紛；（四）因確認農村土地承包經營權發生的糾紛；（五）因侵害農村土地承包經營權發生的糾紛；（六）法律、法規規定的其他農村土地承包經營糾紛。