《土地權屬爭議調查處理辦法》第二十二條在土地所有權和使用權爭議解決之前，任何一方不得改變土地利用的現狀。
有糾紛的土地由縣級以上人民政府確權，如果政府無法查清事實，也可能無法確權。
土地權屬爭議案件由誰負責調處？
(1)個人之間、個人與單位之間、單位與單位之間發生的爭議案件，由爭議土地所在地的縣級國土資源行政主管部門調查處理。個人之間、個人與單位之間發生的爭議案件，可以根據當事人的申請，由鄉級人民政府受理和處理。
(2)設區的市、自治州國土資源行政主管部門調查處理下列爭議案件：跨縣級行政區域的;同級人民政府、上級國土資源行政主管部門交辦或者有關部門轉送的。
(3)省、自治區、直轄市國土資源行政主管部門調查處理下列爭議案件：跨設區的市、自治州行政區域的;爭議一方為中央國家機關或者其直屬單位，且涉及土地面積較大的;爭議一方為軍隊，且涉及土地面積較大的;在本行政區域內有較大影響的;同級人民政府、國土資源部交辦或者有關部門轉送的。
(4)國土資源部調查處理下列爭議案件：國務院交辦的;在全國范圍內有重大影響的。
具體而言，應遵循以下原則：
(1)從實際出發，尊重歷史的原則
土地權屬爭議產生的原因很多，但多數是因歷史遺留下來的問題所引起的，這種情況在集體組織之間的土地權屬關系中十分常見。引起這類爭議的主要原因有：①歷史上鄉、村、社、隊、場因合并、分割、改變隸屬關系等行政建制變化遺留的權屬未定、權屬不清;②因過去的土地開發、征地退耕、興辦或停辦企事業、有組織移民形成的權屬不清;③因過去無償占用或“一平二調”造成的權屬爭議;④地界不明，包括過去無償劃撥荒山、荒地時未計算面積和劃定地界，歷史上無地界標志或地界標志不明，新劃地界不清或不合理，興修水利、平整土地、開荒、更改河道等造成地界變化等情形。這些爭議的普遍特點，就是土地占有現狀缺乏權屬依據或者權屬依據難以證明。處理這類糾紛，應當從歷史出發，摸清爭議土地的歷史發展變化，查明引起變化的事實背景和當時的政策依據，確定爭議產生的原因，以合理劃定地界、確定權屬。
(2)現有利益保護的原則
土地權屬爭議處理前，土地權利處于不確定狀態，因此，在土地所有權和使用權爭議解決之前，任何一方不得改變土地現狀，不得破壞土地上的附著物，爭議雙方應本著保護現有利益的原則，不得有任何破壞土地資源、阻撓爭議解決的行為。在涉及歷史原因的集體土地爭議中，如歷史事實不清、相關證據或政策依據不明，應以土地實際占有的現狀為根據確定土地的權屬關系。在國有土地因重復征用或重復劃撥引起的土地爭議中，也應本著“后者優先”的原則，按土地利用現狀確定權利歸屬。
(3)訴訟解決以行政處理為前置的原則
政府處理在土地權屬糾紛解決方式中占有很重要的地位。土地確權是一項政策性和技術性較強的工作，政府土地行政主管部門基于對本行政區的土地狀況比較了解，對發生的爭議，能從實際出發，尊重歷史，面對現實，以法律、法規和土地管理規章為依據，及時、公正地解決土地權屬糾紛。因此，土地權屬爭議的解決，應先采用行政處理的方式，只有對行政處理不服，當事人才可以向人民法院起訴。當事人直接向人民法院提起訴訟的，人民法院不予受理。
村土地確權有糾紛時，政府有具體的處理流程為：
1、向縣級以上人民政府土地管理部門或者鄉級人民政府提出書面申請；
2、雙方當事人出示舉證的材料和依據；
3、工作人員現場調查材料和取證；
4、組織雙方當事人進行調解，制作書面調解書；
5、調解未達成協議的，或者調節書送達前一方或者雙方反悔的，土地管理部門及時提出處理意見，報人民政府錯處處理決定。
具體規定：《土地管理法法》第十六條土地所有權和使用權爭議，由當事人協商解決；協商不成的，由人民政府處理。
單位之間的爭議，由縣級以上人民政府處理；個人之間、個人與單位之間的爭議，由鄉級人民政府或者縣級以上人民政府處理。
當事人對有關人民政府的處理決定不服的，可以自接到處理決定通知之日起三十日內，向人民法院起訴。
在土地所有權和使用權爭議解決前，任何一方不得改變土地利用現狀。

五、土地確權中應把握的幾個問題

　土地確權的目的是界定土地產權，明確土地權利，保障土地權利人的合法權益。土地所有權在附設在土地上的各種權利中處于最基礎的位置，土地使用權是從土地所有權上分離出來的，因此，確定一宗土地的使用權，首先要明確該宗地的所有權歸屬。
　　(一)正確劃分國家土地所有權和集體土地所有權

　　在確定土地所有權上先后存在兩個問題：一是確定土地屬于國家所有還是屬于集體所有;二是如果土地屬于集體所有，則還需確定該宗土地屬于哪一個農民集體所有，及如何把不同農民集體所有的土地劃分清楚。

　　1、國家土地所有權

　　(1)國家依法征收的土地，圍海、圍湖造地或者因自然力量形成的土地，確定為國家所有。

　　(2)下列土地可以確定為國家所有：

　　①依據一九五○年《中華人民共和國土地改革法》及有關規定，當時沒有將土地所有權分配給農民集體的土地;

　?、趯嵤┮痪帕辍掇r村人民公社工作條例修正草案》時未劃入農民集體范圍內的土地;

　?、邸掇r村人民公社工作條例修正草案》公布以前，全民所有制單位、城市集體所有制單位和集體所有制的華僑農場使用的原農民集體所有的土地，包括合作化之前的個人土地，迄今沒有退給農民集體的;

　　④解放初期接收、沒收、征收、征購的土地。

　　2、農民集體土地所有權

　　(1)農民集體所有的土地，按目前該農民集體實際使用的本集體土地所有權界線確定所有權。

　　(2)法律另有規定的除外，下列土地可以確定為農民集體所有：

　?、偻恋馗母飼r分給農民并頒發了土地所有證的土地;

　?、趯嵤读畻l》時確定為農民集體所有的土地;

　?、墼瓕儆趪谢蛘咿r民集體所有的土地，經帶地入社和實施《六十條》時固定為生產隊范圍內的土地。

　　(3)農民集體連續使用其他農民集體所有的土地已滿二十年的，確定為現使用者所有。雖滿二十年，但在二十年期滿之前所有者曾向現使用者或有關部門提出歸還的除外。

　　3、國有土地和集體土地所有權的劃分

　　按照城市土地國有化原則，我國城市土地都屬于國家所有。這在空間地域范圍上把城市土地的國家所有權性質進行了明確。但是界定城市市區以外的國家所有土地和集體所有土地必須搞清楚兩個問題：

　　第一，如何確定土地是否曾經為集體所有。這一點在確定農民集體土地所用權上已作說明。

　　第二，如何考察曾經被確定為集體所有的土地，其后的所有權性質有沒有發生變化。確定一宗土地在歷曾經屬集體所有，只是確定該宗土地所有權歸屬的第一步，還不能說明這宗土地的所有權性質就一定是集體所有，因為長期以來，我國土地權利變動頻繁，在管理上也比較薄弱，所以必須考察該宗土地在這幾十年間是否發生改變而轉為國有。

　　根據《確定土地所有權和使用權的若干規定》，集體土地所有權的性質發生變化，主要有以下情況：

　　(1)1962年9月《六十條》公布以前，全民所有制單位，城市集體所有制單位和集體所有制的華僑農場使用的原農民集體所有的土地(含合作化之前的個人土地)，迄今沒有退給農民集體的，屬于國家所有。

　　《六十條》公布時起至1982年5月《國家建設征用土地條例》公布時止，全民所有制單位、城市集體所有制單位使用的原農民集體所有的土地，有下列情形之一的，屬于國家所有：

　　①簽訂過土地轉移等有關協議的;

　　②經縣級以上人民政府批準使用的;

　　③進行過一定補償或安置勞動力的;

　　④接受農民集體饋贈的;

　?、菀奄徺I原集體所有的建筑物的;

　?、揶r民集體所有制企事業單位轉為全民所有制或者城市集體所有制單位的。

　　1982年5月《國家建設征用土地條例》公布時起至1987年《土地管理法》開始施行時止，全民所有制單位、城市集體所有制單位違反規定使用的農民集體土地，依照有關規定進行了清查處理后，仍由全民所有制單位、城市集體所有制單位使用的，確定為國家所有。

　　凡屬上述情況以外未辦理征地手續使用農民集體土地，由縣級以上地方人民政府根據具體情況，按當時規定補辦征地手續，或者退還農民集體。1987年《土地管理法》施行后違法占用的農民集體土地，必須依法處理后，再確定土地所有權。

　　(2)1986年中共中央、國務院《關于加強土地管理、制止亂占耕地的通知》發布之前，全民所有制單位、城市集體所有制單位租用農民集體所有的土地，按照有關規定處理后，能夠恢復耕種的，退還農民集體耕種，所有權仍屬于農民集體;已建成永久性建筑物的，由用地單位按租用時的規定，補辦手續，土地歸國家所有。凡按照有關規定處理了的，可按處理決定確定所有權和使用權。

　　(3)國家建設對農民集體全部進行移民安置并調劑土地后，遷移農民集體原土地轉為國家所有。但移民后原集體仍繼續使用集體土地，國家未進行征用的，其所有權不變。

　　(4)因國家建設征用土地，農民集體建制被撤銷或其人口全部轉為非農業戶口，其未經征用的土地歸國家所有。繼續使用原有土地的原農民集體及其成員享有國有土地使用權。

　　(5)全民所有制單位和城鎮集體所有制單位兼并農民集體企業的，辦理有關手續后，被兼并的原農民集體企業使用的集體所有土地轉為國家所有。鄉(鎮)企業依照國家建設征用土地的審批程序和補償標準使用的非鄉(鎮)村農民集體所有的土地，轉為國家所有。

　　但必須明確一點，雖然集體土地所有權性質可以發生變化轉為國家所有，但國家土地上所有權性質一般是不可變更的，國有土地不得再轉變為集體土地，這是一個不可逆轉的過程。