（一）土地增值稅的處理：

國家稅務總局《關于土地增值稅清算有關問題的通知》（國稅函〔2010〕220號）規定，房地產企業逾期開發繳納的土地閑置費不得扣除。

（二）企業所得稅的處理：

《房地產開發經營業務企業所得稅處理辦法》（國稅發〔2009〕31號）第二十二條規定，企業因國家無償收回土地使用權而形成的損失，可作為財產損失按有關規定在稅前扣除。第二十七條規定，開發產品計稅成本支出——土地征用費及拆遷補償費指為取得土地開發使用權（或開發權）而發生的各項費用，主要包括土地買價或出讓金、大市政配套費、契稅、耕地占用稅、土地使用費、土地閑置費、土地變更用途和超面積補交的地價及相關稅費、拆遷補償支出、安置及動遷支出、回遷房建造支出、農作物補償費、危房補償費等。

（三）土地閑置費用的土地增值稅和企業所得稅處理的區別：

按照《中華人民共和國企業所得稅法》的相關規定，土地閑置費可以計入開發產品計稅成本，能夠在稅前扣除。因國家無償收回土地使用權而形成的損失也可作為財產損失在稅前扣除。但是國稅函〔2010〕220號文件明確了房地產企業逾期開發繳納的土地閑置費不得在清算土地增值稅時扣除，因此，房地產企業在土地增值稅清算時，再不能按照企業所得稅口徑去計算土地成本了。

法律分析：土地閑置費征收具體標準如下：一、已經簽訂國有土地使用權出讓合同的閑置土地，每月的土地閑置費標準為：1、經營性房地產用地為合同出讓金總額的1.2%;2、一般建設用地為合同出讓金總額的0.8%;3、工業何基礎設施用地為合同出讓金總額的0.4%各類用地累計征收土地閑置費總額不超過該宗用地土地使用權出讓金合同總額的20%。二、未簽訂國有土地使用權出讓合同或未辦理劃撥用地手續的閑置土地，土地閑置按各地規定的標準征收，計征時間累計不超過24個月。

法律依據：《國土資源部閑置土地處置辦法》第二條： 本辦法所稱閑置土地，是指土地使用者依法取得土地使用權后，未經原批準用地的人民政府同意，超過規定的期限未動工開發建設的建設用地。具有下列情形之一的，也可以認定為閑置土地：

(一)國有土地有償使用合同或者建設用地批準書未規定動工開發建設日期，自國有土地有償使用合同生效或者土地行政主管部門建設用地批準書頒發之日起滿1年未動工開發建設的;

(二)已動工開發建設但開發建設的面積占應動工開發建設總面積不足三分之一或者已投資額占總投資額不足25%且未經批準中止開發建設連續滿1年的;

(三)法律、行政法規規定的其他情形。