調查處理土地權屬爭議，應當以法律、法規(guī)和土地管理規(guī)章為依據(jù)。從實際出發(fā)，尊重歷史，面對現(xiàn)實。縣級以上國土資源行政主管部門負責土地權屬爭議案件（以下簡稱爭議案件）的調查和調解工作；對需要依法作出處理決定的，擬定處理意見，報同級人民政府作出處理決定。縣級以上國土資源行政主管部門可以指定專門機構或者人員負責辦理爭議案件有關事宜。個人之間、個人與單位之間、單位與單位之間發(fā)生的爭議案件，由爭議土地所在地的縣級國土資源行政主管部門調查處理。處理土地權屬爭議應當先由當事人協(xié)商解決；協(xié)商解決不成的，由當事人向土地管理部門申請?zhí)幚恚恋毓芾聿块T應當先進行調解；調解無效的，由人民政府作出處理決定；當事人對有關人民政府的處理決定不服的，可以在接到?jīng)Q定通知之日起30日內(nèi)，向人民法院起訴。在人民政府行政處理階段，土地權屬爭議處理的程序為：申請、受理、調查、調節(jié)和處理。申請是當事人向土地管理部門提出要求處理土地權屬爭議的書面申請，是案件受理的前提；受理是土地管理部門對深情地接受和立案，是處理程序程序的開始；調查是查清案件事實的過程，是審理案件的重要階段；調解是自愿基礎上的協(xié)商，是處理中的畢竟環(huán)節(jié)；處理是為了解決土地權屬爭議所作出的處理決定，是對案件的處理結果。
拓展資料：土地權屬是指什么？
土地權屬是指土地所有權和土地使用權的歸屬。土地權利是一束權利的集合，除所有權外，還有使用權、抵押權等物權及租賃債權。土地權利的主體是集體土地所有者、國有土地使用者、集體土地使用者和土地他項權利者。客體是土地權屬的界址、土地權屬面積、土地用途、土地使用條件、土地等級和價格等。包括土地承包經(jīng)營權證、農(nóng)村土地承包合同、農(nóng)村土地承包經(jīng)營權流轉合同(再流轉時)等。農(nóng)村集體土地承包經(jīng)營權證是指村民與農(nóng)村集體經(jīng)濟組織確立農(nóng)村集體土地承包經(jīng)營合同關系后，政府農(nóng)業(yè)行政主管部門依法對該合同的基礎法律關系進行審查，認為合同關系合法有效，以縣級人民政府名義頒發(fā)的用益物權憑證。
法律依據(jù)：《中華人民共和國土地管理法》第五十七條建設項目施工和地質勘查需要臨時使用國有土地或者農(nóng)民集體所有的土地的，由縣級以上人民政府自然資源主管部門批準。其中，在城市規(guī)劃區(qū)內(nèi)的臨時用地，在報批前，應當先經(jīng)有關城市規(guī)劃行政主管部門同意。土地使用者應當根據(jù)土地權屬，與有關自然資源主管部門或者農(nóng)村集體經(jīng)濟組織、村民委員會簽訂臨時使用土地合同，并按照合同的約定支付臨時使用土地補償費。臨時使用土地的使用者應當按照臨時使用土地合同約定的用途使用土地，并不得修建永久性建筑物。臨時使用土地期限一般不超過二年。

已經(jīng)確權的土地有糾紛的處理方法如下：
1、可以由雙方當事人進行協(xié)商的；
2、對于協(xié)商不成的情形，是可以向人民政府申請?zhí)幚淼模?br>3、對于當事人對有關人民政府的處理決定不服的，可以自接到處理決定通知之日起三十日內(nèi)以作出處理決定的人民政府為被告提起行政訴訟。
土地糾紛按其爭議的內(nèi)容不同，可分為4類：
1、土地確權糾紛：此類糾紛是指因不同主體間就土地所有權或土地使用權的歸屬或界限等問題產(chǎn)生異議而引發(fā)的爭議糾紛；
2、土地侵權糾紛：此類糾紛是指因對他人已依法取得的土地所有權或使用權構成侵害，侵權人與被侵權人之間引發(fā)的爭議糾紛；
3、土地承包經(jīng)營糾紛：此類糾紛是指因土地承包經(jīng)營發(fā)生的糾紛。包括發(fā)包人與承包人之間、農(nóng)村集體經(jīng)濟組織內(nèi)部不同成員（承包戶）之間，本農(nóng)村集體經(jīng)濟組織內(nèi)部成員與外村承包戶之間因土地承包經(jīng)營發(fā)生的各類糾紛；
4、土地行政爭議：此類糾紛是指因相對人對土地行政主管機關或人民政府作出的土地行政處罰等具體行政行為不服而引起的爭議糾紛。
綜上所述，已經(jīng)確權的土地有糾紛的可以先進行協(xié)商，協(xié)商不成的可以向人民政府申請或者上訴。
【法律依據(jù)】：
《中華人民共和國土地管理法》第十四條
土地所有權和使用權爭議，由當事人協(xié)商解決；協(xié)商不成的，由人民政府處理。
單位之間的爭議，由縣級以上人民政府處理；個人之間、個人與單位之間的爭議，由鄉(xiāng)級人民政府或者縣級以上人民政府處理。
當事人對有關人民政府的處理決定不服的，可以自接到處理決定通知之日起三十日內(nèi)，向人民法院起訴。
在土地所有權和使用權爭議解決前，任何一方不得改變土地利用現(xiàn)狀。