辦理的程序：
1、土地登記申請;
2、地籍調查;
3、權屬審核;
4、注冊登記;
5、核發或者更換、注銷土地證書。
城鎮的土地是屬于國家所有，而農村的土地是屬于集體所有。而具有使用權的農民則需要辦理土地證，以證明自己擁有使用權。1、由土地使用者以書面形式到土地所在地的縣級人民政府土地行政主管部門申請辦證；
2、提交申請表、身份證明復印件、使用權證明材料等；
3、受理后，實地測量、調查；
4、符合條件的，登記造冊并頒發土地使用權證。
《中華人民共和國土地管理法實施條例》
第四條第二款農民集體所有的土地依法用于非農業建設的，由土地使用者向土地所在地的縣級人民政府土地行政主管部門提出土地登記申請，由縣級人民政府登記造冊，核發集體土地使用權證書，確認建設用地使用權。
第六條依法改變土地的所有權、使用權，或者因依法買賣、轉讓地上建筑物、附著物等而使土地使用權轉移的，必須向縣級以上地方人民政府土地管理部門申請土地所有權、使用權變更登記，由縣級以上地方人民政府更換土地證書。
依法買賣、轉讓地上建筑物和附著物的，依照國家有關規定辦理過戶登記手續。

一、農村自建房要辦理土地使用證
1、土地證可以證明該土地面積歸您享有，在遇到司法問題或強買強占時可以受到法律保護。每塊需要建房的土地都是需要辦理房屋土地使用證的，這樣才能保障好您的權益。
2、土地來源分為很多種，比如農村機關單位劃分房、福利分房等公房轉私房的房子，在進行土地使用證時需要過戶，過戶必須按照農村當地的3%地價來付出讓金。
所以農村自建房是要辦理土地使用證的。
二、農村辦理土地使用證程序
1、申請
（1）由農村村民個人向所屬鄉鎮國土資源管理所提出申請，領取到土地登記申請審批表。
（2）提交個人身份證或農村居民戶口簿復印件一份。
（3）土地權屬材料(82年5月14日以前，提交村、隊權屬來源的證明書；82年的5月14日以后，提交農村建房的使用證；97年的4月以后提交農村建房申請書、農村建設用地批準書等)。
2、調查
由鄉鎮國土資源管理所對申請者的用地進行地籍調查、地籍測量、申請人現場指界、鄰宗地簽字蓋章，填寫地籍的調查表以及繪制出宗地草圖。
3、審核
先由鄉鎮國土資源管理所進行審核，再報縣國土資源局審核，審核用地的材料是否合法，用地界線是否沒有爭議，用地面積是否準確等等方面。
4、審批
經審核符合“用地面積清楚，界址也準確，權屬是合法，沒有爭議”原則的，可以批準并進行張榜公布，在公布一個月以內無單位或個人對其提出爭議的，由縣人民政府頒發集體的土地使用證。
三、辦理農村土地使用證所需要的資料
1、戶主身份證復印件(一份)。
2、土地使用權登記申請表(一份)。
3、地籍調查界址確認表(一份)。
4、農村私人建房用地呈報表(已經政府批準的一份)。
5、土地使用登記表(一份)。
6、其他要求提供的證明資料。