工程預付款的扣還和扣款有以下幾種方式：
備料款屬于預付性質。施工的后期所需材料儲備逐步減少，需要以抵充工程價款的方式陸續扣還。
施工合同中應約定起扣時間和比例。
(1)按公式計算起扣點和抵扣額
原則：當未完工程和未施工工程所需材料的價值相當于備料款數額時起扣。每次結算工程價款時，按材料比重扣抵工程價款，竣工前全部扣清。
未完工程需主材總值=未完工程價值×主要材料比重=預付備料款
未完工程價值=預付備料款÷主要材料比重
起扣時已完工程價值=施工合同總值－未完工程價值
應扣還的預付備料款，按下列公式計算：
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第一次扣抵額=(累計已完工程價值－起扣時已完工程價值)×主材比重
以后每次扣抵額=每次完成工程價值×主材比重例：某工程合同價款為300萬元，主要材料和結構件費用為合同價款的62.5%。
例：某工程合同價款為300萬元，主要材料和結構件費用為合同價款的62.5%。
合同規定預付備料款為合同價款的25%。則：
預付備料款=300×25%=75萬元
起扣點=300－75/62.5%=180萬元
即：當累計結算工程價款為180萬元時，應開始抵扣備料款。此時，未完工程價值為120萬元
所需主要材料費為120×62.5%=75萬元，與預付備料款相等
(2)按合同規定辦法扣還備料款
例如：規定工程進度達到60%，開始抵扣備料款，扣回的比例是按每完成10%進度，扣預付備料款總額的25%
(3)工程最后一次抵扣備料款
適合于造價低、工期短的簡單工程
備料款在施工前一次撥付，施工過程中不分次抵扣。當備料款加已付工程款達到95%合同價款(即留5%尾款)之時，停止支付工程款
4.預付款的額度
工程預付款的最高額度不超過合同金額（扣除暫列金額）的30%。
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資料拓展：
工程預付款，又稱材料備料款或材料預付款。預付款用于承包人為合同工程施工購置材料、工程設備，購置或租賃施工設備、修建臨時設施以及組織施工隊伍進場等所需的款項。
工程實行預付款的，合同雙方應根據合同通用條款及價款結算辦法的有關規定，在合同專用條款中約定并履行。
承包人應在簽訂合同或向發包人提供與預付款等額的預付款保函后向發包人提交預付款支付申請，發包人應在收到支付申請的7天內進行核實后向承包人發出預付款支付證書，并在簽發支付證書后的7天內向承包人支付預付款。
它是施工準備和所需材料、結構件等流動資金的主要來源，國內習慣上又稱為預付備料款。
工程預付款的扣回：
起扣點T=P-M/N，（P為承包合同總合同額M為工程預付款數額N為主要材料和構件所占總價款的比重）
資料參考：/baike.baidu.com/item/工程預付款/8682561?fr=aladdin"target="_blank"title="工程預付款-百度百科">工程預付款-百度百科

預付款扣回計算公式如下：其中，R代表每次進度付款中累計扣回的金額；A代表工程預付款總金額；S代表合同價格；C代表合同累計完成金額；F1代表按合同規定開始扣款時累計完成金額達到合同價格的比例；F2代表按合同規定全部扣清時累計完成金額達到合同價格的比例。通常在承包人完成累計金額達到合同總價一定比例后，會采用等比率或等額扣款的方式分期抵扣。
具體實施時，可以依據工程實際情況靈活調整。例如，對于工期較長、預付款占用時間較長的項目，可以根據實際情況適當減少扣款或完全不扣款。這不僅有助于確保工程順利進行，還能減輕承包方的資金壓力，保障雙方的利益。
在實際操作中，扣款比例和扣款時間點需嚴格按照合同條款執行，確保公平公正。同時，建議定期檢查工程進度，及時調整扣款計劃，以避免因扣款不當導致的糾紛。通過合理的預付款扣回安排，可以有效控制資金使用，提高項目管理效率。
值得注意的是，預付款扣回計算是一個復雜的過程，需要詳細記錄每次付款及扣款情況。建議使用專門的財務管理軟件或工具，以提高計算的準確性和效率。
另外，合同中應明確預付款扣回的具體規則，包括扣款起點、扣款比例、扣款周期等關鍵信息。這樣可以避免因條款不明確導致的爭議，保障合同執行的順利進行。

預付款扣回公式為：R=A/S。
這個公式用于計算在工程或項目進度付款中，每次應累計扣回的預付款金額。公式中的各個參數代表不同的財務概念，共同構成了扣回金額的計算基礎。
詳細解釋如下：
首先，R代表每次進度付款中累計扣回的金額。這是公式的核心輸出，用于指導實際扣款操作。
其次，A代表工程預付款總金額。這是在項目開始之前，為了保證項目順利實施而提前支付的費用。
接著，S代表合同價格，即整個工程或項目的總金額。這是計算扣款比例和金額的重要依據。
然后，C代表合同累計完成金額。隨著項目的推進，這個數值會不斷增加，反映了項目的實際進度。
此外，F1和F2是兩個關鍵的扣款比例參數。F1代表按合同規定開始扣款時累計完成金額達到合同價格的比例，而F2代表按合同規定全部扣清時累計完成金額達到合同價格的比例。這兩個參數的設置，通常根據項目的實際情況和合同雙方的約定來確定。
在運用預付款扣回公式時，需要確保所有參數的準確無誤。隨著項目的推進和合同累計完成金額的增加，根據公式計算出的扣回金額也會相應變化。這有助于合理安排資金使用，確保項目在各個階段都能得到必要的資金支持。
舉例來說，假設一個工程項目的合同價格為1000萬元，預付款總額為200萬元。合同約定，當工程完成20%時開始扣款，完成80%時全部扣清。那么，當工程完成30%時，我們可以利用預付款扣回公式計算出應扣回的金額。具體計算過程為：將合同累計完成金額、預付款總額、合同價格以及F1和F2代入公式，即可得出結果。這個結果將指導我們進行實際的扣款操作，確保資金使用的合理性和有效性。