子公司注銷時債權債務的處理是，需要按下列順序進行清償： 1、需支付清算費用、職工的工資、社保費用和法定補償金； 2、需繳納公司所欠的稅款； 3、需清償 公司的債務 ； 4、分配給股東剩余的財產。《中華人民共和國公司法》第一百八十六條第一款、第二款規定，清算組在清理公司財產、編制資產負債表和財產清單后，應當制定清算方案，并報股東會、股東大會或者人民法院確認。公司財產在分別支付清算費用、職工的工資、 社會保險費 用和法定補償金，繳納所欠稅款，清償公司債務后的剩余財產， 有限責任公司 按照股東的出資比例分配， 股份有限公司 按照股東持有的股份比例分配。《中華人民共和國公司法》第一百八十六條清算組在清理公司財產、編制資產負債表和財產清單后，應當制定清算方案，并報股東會、股東大會或者人民法院確認。 公司財產在分別支付清算費用、職工的工資、社會保險費用和法定補償金，繳納所欠稅款，清償公司債務后的剩余財產，有限責任公司按照股東的出資比例分配，股份有限公司按照股東持有的股份比例分配。 清算期間，公司存續，但不得開展與清算無關的經營活動。公司財產在未依照前款規定清償前，不得分配給股東。

分公司注銷后所有對外的債權債務均應由總公司承擔。通過清算形成清算報表，確認盈虧，并報當地主管稅務機關認可，總公司據此作相應的賬務處理。總公司按合并報表的方式，以其凈資產（虧損額）與總公司賬面的撥款相抵并確認虧損。
分公司注銷流程：
1、公司撤銷或者公司決定撤銷分公司的，應當自撤銷決定作出之日起30日內向該分公司的公司登記機關申請注銷登記；
2、注銷國、地稅稅務登記證，需要國、地稅稅務登記證、所有國、地稅有關材料和備案公章；
3、自做出注銷決定之日起15日內成立清算組，公司備案申請表、指定代表或者共同委托代理人的證明（加蓋公司公章）、股東會關于成立清算組的決議和公司營業執照副本復印件；
4、清算組自成立之日起10日內通知債權人，保障債權人的合法債務得到履行；
5、刊登注銷公告，于60日內在報紙上至少公告三次；
6、清償分公司債務，到稅務部門辦理完稅證明；
7、填寫注銷登記申請書，提交登記文件、證件，按約定日期領取核準通知書，注銷基本賬戶，包括公司營業執照正本（有些銀行要工商、代碼、國稅、地稅全套證件）、開戶許可證、印鑒卡、印鑒卡上預留印鑒、支票本、電匯憑證等銀行相關材料和銷戶申請書。
【法律依據】：
《中華人民共和國公司法》第十四條
公司可以設立分公司。設立分公司，應當向公司登記機關申請登記，領取營業執照。分公司不具有法人資格，其民事責任由公司承擔。
公司可以設立子公司，子公司具有法人資格，依法獨立承擔民事責任。
第一百八十八條
公司清算結束后，清算組應當制作清算報告，報股東會、股東大會或者人民法院確認，并報送公司登記機關，申請注銷公司登記，公告公司終止。