新三板公司股權轉讓的流程是：1、股權轉讓當事人就轉讓事宜協商達成一致，向股東以外的人轉讓股權，應當經其他股東過半數同意；2、依法辦理股權過戶手續，支付價款；3、股權轉讓后，由公司修改公司章程和股東名冊，辦理變更登記。
【法律依據】
《中華人民共和國公司法》第七十一條有限責任公司的股東之間可以相互轉讓其全部或者部分股權。股東向股東以外的人轉讓股權，應當經其他股東過半數同意。股東應就其股權轉讓事項書面通知其他股東征求同意，其他股東自接到書面通知之日起滿三十日未答復的，視為同意轉讓。其他股東半數以上不同意轉讓的，不同意的股東應當購買該轉讓的股權；不購買的，視為同意轉讓。經股東同意轉讓的股權，在同等條件下，其他股東有優先購買權。兩個以上股東主張行使優先購買權的，協商確定各自的購買比例；協商不成的，按照轉讓時各自的出資比例行使優先購買權。公司章程對股權轉讓另有規定的，從其規定。