1、股權轉讓雙方之間的糾紛應列合同的相對人為被告，涉及到公司利益的，應列公司為第三人。
2、涉及其他股東優先購買權的訴訟糾紛應列出讓股權的股東為被告，公司為第三人，涉及其他的股東利益，一并追加為第三人。
3、瑕疵出資股權轉讓引起的糾紛若是股權受讓方明知出讓方出資存在瑕疵仍受讓的，對未按期足額的欠繳出資部分，債權人或者公司有權將股權受讓方列為被告，要求承擔連帶補充責任。若受讓方不知情，不應承擔責任，還可以將股權轉讓方列為被告，要求撤銷轉讓合同。
4、隱名股東或實際出資人轉讓股權引起的糾紛案件涉及到隱名股東與顯名股東糾紛時，一般應將顯名股東列為被告;涉及到隱名股東要求顯名時，將公司列為被告;涉及到與第三人時，第三人與顯名股東的糾紛，將顯名股東與公司列為共同被告。第三人與隱名股東，第三人應將隱名股東列為被告。

法律依據:
《最高人民法院關于適用若干問題的規定 》 第二十四條 有限責任公司的實際出資人與名義出資人訂立合同，約定由實際出資人出資并享有投資權益，以名義出資人為名義股東，實際出資人與名義股東對該合同效力發生爭議的，如無法律規定的無效情形，人民法院應當認定該合同有效。
前款規定的實際出資人與名義股東因投資權益的歸屬發生爭議，實際出資人以其實際履行了出資義務為由向名義股東主張權利的，人民法院應予支持。名義股東以公司股東名冊記載、公司登記機關登記為由否認實際出資人權利的，人民法院不予支持。
實際出資人未經公司其他股東半數以上同意，請求公司變更股東、簽發出資證明書、記載于股東名冊、記載于公司章程并辦理公司登記機關登記的，人民法院不予支持。

對于雙方當事人之間的股權代持關系確認，一般應當以當事人是否簽訂明確的股權代持協議或形成明確合意為基礎，不能僅僅根據當事人之間的轉賬憑證或股權出資情況認定股權代持關系。股權轉讓糾紛涉及的法律關系復雜，既有法律又有管理，有的時候還涉及合同效力問題，需要專業的律師協助。國內處理股權轉讓糾紛方面做的比較專業的像北京的董慶晟律師、上海的徐寶同律師。

一、公司股權糾紛怎么處理
1、公司股權糾紛處理方式如下：
（1）公司股權糾紛可以通過和解或者調解解決；
（2）當事人不愿和解、調解或者和解、調解不成的，可以根據仲裁協議向仲裁機構申請仲裁；
（3）仲裁也無法糾紛的，當事人可以向法院提起民事訴訟。
2、法律依據：《中華人民共和國民事訴訟法》第一百二十條
采取對妨害民事訴訟的強制措施必須由人民法院決定。任何單位和個人采取非法拘禁他人或者非法私自扣押他人財產追索債務的，應當依法追究刑事責任，或者予以拘留、罰款。
第一百二十一條
當事人進行民事訴訟，應當按照規定交納案件受理費。財產案件除交納案件受理費外，并按照規定交納其他訴訟費用。
當事人交納訴訟費用確有困難的，可以按照規定向人民法院申請緩交、減交或者免交。
收取訴訟費用的辦法另行制定。
二、公司股權轉讓要交哪些稅金
公司股權轉讓要交的稅金如下：
1、股權轉讓不需要繳納營業稅；
2、企業所得稅，其取得的投資所得應按規定還原為稅前收益后，并入投資企業的應納稅所得額；
3、印花稅，按照產權轉移就股權轉讓書據計貼印花稅；
4、個人所得稅，按股權轉讓所得繳納個人所得稅。