1、股權(quán)轉(zhuǎn)讓雙方之間的糾紛應列合同的相對人為被告，涉及到公司利益的，應列公司為第三人。
2、涉及其他股東優(yōu)先購買權(quán)的訴訟糾紛應列出讓股權(quán)的股東為被告，公司為第三人，涉及其他的股東利益，一并追加為第三人。
3、瑕疵出資股權(quán)轉(zhuǎn)讓引起的糾紛若是股權(quán)受讓方明知出讓方出資存在瑕疵仍受讓的，對未按期足額的欠繳出資部分，債權(quán)人或者公司有權(quán)將股權(quán)受讓方列為被告，要求承擔連帶補充責任。若受讓方不知情，不應承擔責任，還可以將股權(quán)轉(zhuǎn)讓方列為被告，要求撤銷轉(zhuǎn)讓合同。
4、隱名股東或?qū)嶋H出資人轉(zhuǎn)讓股權(quán)引起的糾紛案件涉及到隱名股東與顯名股東糾紛時，一般應將顯名股東列為被告;涉及到隱名股東要求顯名時，將公司列為被告;涉及到與第三人時，第三人與顯名股東的糾紛，將顯名股東與公司列為共同被告。第三人與隱名股東，第三人應將隱名股東列為被告。

法律依據(jù):
《最高人民法院關(guān)于適用若干問題的規(guī)定 》 第二十四條 有限責任公司的實際出資人與名義出資人訂立合同，約定由實際出資人出資并享有投資權(quán)益，以名義出資人為名義股東，實際出資人與名義股東對該合同效力發(fā)生爭議的，如無法律規(guī)定的無效情形，人民法院應當認定該合同有效。
前款規(guī)定的實際出資人與名義股東因投資權(quán)益的歸屬發(fā)生爭議，實際出資人以其實際履行了出資義務為由向名義股東主張權(quán)利的，人民法院應予支持。名義股東以公司股東名冊記載、公司登記機關(guān)登記為由否認實際出資人權(quán)利的，人民法院不予支持。
實際出資人未經(jīng)公司其他股東半數(shù)以上同意，請求公司變更股東、簽發(fā)出資證明書、記載于股東名冊、記載于公司章程并辦理公司登記機關(guān)登記的，人民法院不予支持。

對于雙方當事人之間的股權(quán)代持關(guān)系確認，一般應當以當事人是否簽訂明確的股權(quán)代持協(xié)議或形成明確合意為基礎(chǔ)，不能僅僅根據(jù)當事人之間的轉(zhuǎn)賬憑證或股權(quán)出資情況認定股權(quán)代持關(guān)系。股權(quán)轉(zhuǎn)讓糾紛涉及的法律關(guān)系復雜，既有法律又有管理，有的時候還涉及合同效力問題，需要專業(yè)的律師協(xié)助。國內(nèi)處理股權(quán)轉(zhuǎn)讓糾紛方面做的比較專業(yè)的像北京的董慶晟律師、上海的徐寶同律師。

一、公司股權(quán)糾紛怎么處理
1、公司股權(quán)糾紛處理方式如下：
（1）公司股權(quán)糾紛可以通過和解或者調(diào)解解決；
（2）當事人不愿和解、調(diào)解或者和解、調(diào)解不成的，可以根據(jù)仲裁協(xié)議向仲裁機構(gòu)申請仲裁；
（3）仲裁也無法糾紛的，當事人可以向法院提起民事訴訟。
2、法律依據(jù)：《中華人民共和國民事訴訟法》第一百二十條
采取對妨害民事訴訟的強制措施必須由人民法院決定。任何單位和個人采取非法拘禁他人或者非法私自扣押他人財產(chǎn)追索債務的，應當依法追究刑事責任，或者予以拘留、罰款。
第一百二十一條
當事人進行民事訴訟，應當按照規(guī)定交納案件受理費。財產(chǎn)案件除交納案件受理費外，并按照規(guī)定交納其他訴訟費用。
當事人交納訴訟費用確有困難的，可以按照規(guī)定向人民法院申請緩交、減交或者免交。
收取訴訟費用的辦法另行制定。
二、公司股權(quán)轉(zhuǎn)讓要交哪些稅金
公司股權(quán)轉(zhuǎn)讓要交的稅金如下：
1、股權(quán)轉(zhuǎn)讓不需要繳納營業(yè)稅；
2、企業(yè)所得稅，其取得的投資所得應按規(guī)定還原為稅前收益后，并入投資企業(yè)的應納稅所得額；
3、印花稅，按照產(chǎn)權(quán)轉(zhuǎn)移就股權(quán)轉(zhuǎn)讓書據(jù)計貼印花稅；
4、個人所得稅，按股權(quán)轉(zhuǎn)讓所得繳納個人所得稅。