在股權轉讓協議糾紛中，如果雙方當事人對管轄法院有約定且約定有效的，應適用其約定；沒有約定或約定不明，應適用法律規定，即由被告住所地或合同履行地人民法院管轄
一、股權轉讓合同可以轉讓嗎
對股權轉讓合同的效力也應該采取成立生效主義為原則，批準生效主義或者登記生效主義為例外的立法態度。換言之，除非法律、行政法規(主要限于國家股東權、外商投資企業股東權等情形)另行規定了批準或者登記的生效手續，股權轉讓合同原則上自合同成立之日起生效。
當然，成立生效主義原則并不排除股權轉讓方與受讓方依意思自治原則，通過法律行為的附款(含條件與期限)控制或者限制股權轉讓合同的效力和生效時間。因此，股權轉讓合同可以是附條件合同，也可以是附期限合同。但是，需要注意的是，股權轉讓合同所附條件的約定不得違反法律邏輯。
　二、股權糾紛如何進行舉證
　　(一)證明當事人(原、被告或第三人)訴訟主體資格的證據
　　1、當事人為自然人的，應提交身份證明資料，如身份證或戶口本;
　　2、當事人為法人或其他組織的，應提交主體登記資料，如營業執照、社團法人登記證等;
　　3、當事人名稱在法律關系成立后有變更的，應提交登記機關出具的變更證明。
　　(二)證明股權轉讓合同成立的證據
　　1、股東同意轉讓股權(出資)的證據;
　　2、當事人簽訂的股權轉讓合同、補充協議、公司章程等。
　　(三)證明股權轉讓合同履行情況的證據
　　1、資產評估報告、驗資報告等;
　　2、出讓或接收股權(出資)的證據，如給付、接收轉發讓股款，公司出具的出資證明書、股東名冊，出讓方將公司的管理權轉移給受讓方的證據等;
　　3、工商部門辦理股權變更登記的資料。
　　(四)提交訴訟請求的計算依據
　　1、支持訴訟請求的有關計算方法及計算清單，如本金、利息、違約金、賠償金的計算清單;
　　2、當事人認為應當向法庭提交的其他證據。
　　(五)其他與舉證有關的注意事項
　　1、本院在使用普通程序審理民事案件時，要求當事人須于收到本院舉證通知書之次日起三十日內完成舉證;在適用簡易程序時，要求當事人須于收到本院舉證通知之次日十五日內完成舉證。
　　2、當事人在舉證期限內提交證據材料確有困難的，應當在舉證期限內向人民法院申請延期舉證，經人民法院準許，可適當延長舉證期限。當事人在延長的舉證期限內提交證據材料仍有困難的，可以再次提出延期申請，是否準許由人民法院決定。
　　3、當事人申請人民法院調查收集證據的，應依法在舉證期限屆滿七日前提出。
　　當事人及其訴訟代理人申請人民法院調查收集證據，應當提交書面申請。申請書應當載明被調查人的姓名或者單位名稱、住所地等基本情況、所要調查收集的證據的內容、需要由人民法院調查收集證據的原因及其要證明的事實。
法律依據：
《中華人民共和國民事訴訟法》第二十四條 因合同糾紛提起的訴訟，由被告住所地或者合同履行地人民法院管轄。
《中華人民共和國民事訴訟法》第三十五條 合同或者其他財產權益糾紛的當事人可以書面協議選擇被告住所地、合同履行地、合同簽訂地、原告住所地、標的物所在地等與爭議有實際聯系的地點的人民法院管轄，但不得違反本法對級別管轄和專屬管轄的規定。