新法引進了破產管理人制度，授權最高人民法院制定管理人的指定辦法。1、人民法院指定管理人與債權人會議權利的關系。新法規定，破產管理人由人民法院指定，但債權人會議認為管理人不能依法、公正執行職務或者有其他不能勝任職務情形的，可以申請人民法院予以更換。
問題是，當債權人會議向人民法院提出更換管理人的申請時，人民法院是當然更換，還是經審查認為申請理由不成立時，可以駁回申請。一種觀點認為，破產管理人的宗旨之一是滿足債權人利益的最大化，如果債權人會議認為其不能依法公正執行職務或有其他不能勝任職務的情形，即表明債權人已經對其失去信任，在此情況下，人民法院應當更換管理人，并且更換的管理人也由人民法院指定，與新法的規定并不矛盾。
另一種觀點認為，新法確定管理人由人民法院指定的目的，就是排除債權人會議對管理人指定施加過多的影響，雖然賦予債權人可以申請更換管理人的權利，但并不影響法院的最終決定權，否則不利于管理人工作的開展。如果法院經審查認為債權人會議申請更換管理人的理由不成立，可以駁回債權人會議的申請。
2、幾種形式管理人的關系。從新法的規定可以看出，管理人有三種形式：一是清算組;二是中介機構;三是中介機構具備相關專業知識并取得職業資格的人員。對于指定中介機構從業人員為破產管理人的，主要適用于債務人規模較小、債權債務關系簡單的破產案件，一般沒有爭議。
爭議存在于清算組和中介機構為管理人時的情況。一種觀點認為，指定清算組為破產管理人主要適用于國有企業的破產。因為清算組來源于舊法的規定，而舊法就是針對國有企業破產的，清算組主要由政府部門的人員組成，這也是政府對國有企業應當擔負起的責任，而對非國有企業沒有這樣的責任。
因此，非國有企業破產時不宜指定清算組為管理人。另一種觀點認為，新法引進破產管理人制度的原因之一，就在于舊法清算組所具有的濃厚地方色彩，在新法生效后，應以指定中介機構做管理人為首選，鑒于新法生效之初或有些企業破產的特殊性，指定中介機構為管理人可能不便，此時，法院可以指定清算組為管理人，但不應區分是否為國有企業，因為市場主體的平等地位決定了這一制度對破產法調整對象的一視同仁。
3、關于管理人名冊。第一，管理人名冊是由最高人民法院統一制定，亦或是由高級人民法院根據本地區的情況制定;第二，對于有行業管理的律師事務所、會計師事務所是否應當全部納入到管理人名冊中，是否可以采取申報批準的方式確定;第三，對于事業單位的或僅進行工商登記的破產清算事務所等社會中介機構，如何確定其擔任管理人的基本條件;第四，指定管理人是否應當不受地域限制，如果指定異地管理人，如何確定異地管理人與本地管理人名冊之間的關系。
人民法院在指定管理人時，應當公開、公平、公正，實踐中，不少法院采取搖號、抽簽等隨機產生管理人的辦法，防止人為操縱，使清算組指定過程公開、透明，取得了較好的效果。在新法生效后，仍應采取這種方式，而采取這種方式的前提就是要有一個相對固定的范圍，而管理人名冊的制定就尤顯重要。