在股權轉讓協議糾紛中，如果雙方當事人對管轄法院有約定且約定有效的，應適用其約定;沒有約定或約定不明，應適用法律規定，即由被告住所地或合同履行地人民法院管轄。
股權轉讓糾紛的管轄，由被告住所地或合同履行地人民法院管轄。如果合同沒有實際履行，當事人雙方住所地又都不在合同約定的履行地的，應由被告住所地人民法院管轄。
同時，法律賦予當事人協議約定管轄法院的權利，即合同的雙方當事人可以在書面合同中協議選擇被告住所地、合同履行地。
合同簽訂地、原告住所地、標的物所在地人民法院管轄，但不得違反民訴法對級別管轄和專屬管轄的規定。
總的來說，在股權轉讓協議糾紛中，如果雙方當事人對管轄法院有約定且約定有效的，應適用其約定，希望以上內容對你有幫助。
法律依據：
《中華人民共和國民事訴訟法》
第二十四條
因合同糾紛提起的訴訟，由被告住所地或者合同履行地人民法院管轄。
第三十五條
合同或者其他財產權益糾紛的當事人可以書面協議選擇被告住所地、合同履行地、合同簽訂地、原告住所地、標的物所在地等與爭議有實際聯系的地點的人民法院管轄，但不得違反本法對級別管轄和專屬管轄的規定。

您好，
我國法律、法規及司法解釋對確認之訴是否適用訴訟時效制度沒有明確規定，股東資格確認糾紛訴訟時效適用一般的訴訟時效，是3年。
股東資格確認訴訟的審查標準問題
公司法規定，股東可以分期繳納出資，實行分期繳納出資的，股東雖未出資，公司可以成立，沒有出資仍可取得股東資格。即股東出資和股東資格可以分離?！蹲罡呷嗣穹ㄔ宏P于適用〈中華人民共和國公司法〉若干問題的規定(三)》[以下簡稱公司法解釋(三)]又規定了公司股東瑕疵出資的民事責任，進一步明確如果符合股東資格及股權的外觀形式，即使股東違反出資義務，也應確認股東資格。
公司法解釋(三)第二十三條同時規定，當事人之間對股權歸屬發生爭議，一方請求人民法院確認其享有股權的，應當證明以下事實之一：已經依法向公司出資或者認繳出資，且不違反法律法規強制性規定;已經受讓或者以其他形式繼受公司股權，且不違反法律法規強制性規定。依據該條規定，當股權歸屬發生爭議時，當事人應當提供取得股權的實質性證據，證明已經依法向公司出資或者認繳出資。即通過出資、認繳出資方式或者受讓方式依法原始取得或者繼受取得股權。
根據公司法及其司法解釋的前述規定精神，公司股東取得完整股東資格和股東權利，必須符合實質要件和形式要件。實質要件是出資，形式要件是對股東出資的記載和證明，即公司章程記載、股東名冊記載、工商部門登記。股東資格確認糾紛，不僅僅發生在公司股東與股東或者股東與公司之間，在公司債權人要求公司股東承擔有限責任之外的其他民事責任時，也必須對當事人是否具有公司股東資格進行確認。公司法及其司法解釋強調股權取得的形式要件的意義在于對公司股東之外的第三人利益的保護。對于公司內部關系而言，實際出資是股東對公司最重要的義務。因此，對于股東資格確認訴訟，首先應當區分當事人爭議的法律關系性質是屬于公司內部法律關系還是公司股東與公司之外第三人之間的公司外部法律關系，然后確定相應的審查標準：在訴訟涉及股東與公司之外第三人之間的外部關系上，應貫徹外觀主義原則，保護外部善意第三人因合理信賴公司章程的簽署、公司登記機關的登記、公司股東名冊的記載而作出的行為效力;在公司股東之間因股權歸屬產生爭議時，應注重股權取得的實質要件，即是否實際出資，是否持有出資證明書，是否行使并享有股東權利。