兩個公司的分公司經過法定程序，即可以合并。根據相關規定，分公司一般不具有法人資格，其民事責任由公司承擔。兩個公司的分公司可以跟隨各自總公司的行為進行合并，但不可脫離總公司的行為單獨進行合并。公司合并可以采取吸收合并或者新設合并。
【法律依據】
《中華人民共和國公司法》第十四條
公司可以設立分公司。設立分公司，應當向公司登記機關申請登記，領取營業執照。
分公司不具有法人資格，其民事責任由公司承擔。公司可以設立子公司，子公司具有法人資格，依法獨立承擔民事責任。
第一百七十二條
公司合并可以采取吸收合并或者新設合并。一個公司吸收其他公司為吸收合并，被吸收的公司解散。兩個以上公司合并設立一個新的公司為新設合并，合并各方解散。

　　公司合并有下列手續：

　　1、由合并各方簽訂合并協議；

　　2、經由董事會作出合并決議，計劃經由董事會同意后，提交股東會審議；

　　3、股東會決議。要經代表2/3以上有表決權的股東通過；

　　4、上報主管機關審批；

　　5、編制資產負債表及財產清單；

　　6、對債權人的通知或者公告；

　　7、辦理合并登記手續。

公司合并涉及公司、股東和債權人等相關人的利益，應當依法進行。根據《公司法》的規定，公司合并的程序通常如下：
一、董事會制訂合并方案
二、簽訂公司合并協議
公司合并協議是指由兩個或者兩個以上的公司就公司合并的有關事而訂立的書面協議。協議的內容應當載明法律、法規規定的事項和雙方當事人約定的事項，一般來說應當包括以下內容：
1、公司的名稱與住所。這里所講公司的名稱與住所包括合并前的各公司的名稱與住所和合并后存續公司或者新設公司的名稱與住所。公司名稱應當與公司登記時的名稱相一致，并且該名稱應當是公司的全稱；公司的住所應當是公司的實際住所即總公司所在地。
2、存續或者新設公司因合并而發行的股份總數、種類和數量，或者投資總額，每個出資人所占投資總額的比例等。
3、合并各方現有的資本及對現有資本的處理方法。
4、合并各方所有的債權、債務的處理方法。
5、存續公司的公司章程是否變更，公司章程變更后的內容，新設公司的章程如何訂立及其主要內容。
6、公司合并各方認為應當載明的其他事項。
三、編制資產負債表和財產清單
資產負債表是反映公司資產及負債狀況、股東權益的公司要的會計報表，會計合并中必須編制的報表。合并各方應當真實、全面地編制此表，以反映公司的財產情況，不得隱瞞公司的債權、債務。此外，公司還要編制財產清單，清晰地反映公司的財產狀況。財產清單應當翔實、準確。
四、合并決議的形成
公司合并應當由公司股東會或者股東大會作出合并決議，之后方進行其他工作。公司合并會影響到股東利益，如股權結構的變化。根據《公司法》第四十四條、六十條和第一百零三條的規定，就有限責任公司來講，其合并應當由股東會作出特別決議，即經代表三分之二以上表決權的股東通過才能進行；就股份有限公司來講，其合并應當由公司的股東大會作出特別決議，即必須經出席會議的股東所持表決權三分之二以上決議通過才能進行；就國有獨資公司來講，其合并必須由國有資產監督管理機構決定，其中，重要的國有獨資公司合并應當由國有資產監督管理機構審核后，報本級人民政府批準，才能進行。
五、向債權人通知和公告
公司應當自作出合并決議之日起十日內通知債權人，并于三十日在報紙上公告。一般來說，對所有的已知債權人應當采用通知的方式告知，只有對那些未知的或者不能通過普通的通知方式告知的債權人才可以采取公告的方式。通知和公告的目的主要是告知公司債權人，以便讓他們作出決定
1、合并后存續公司辦理變更登記，應提交下列文件、證件：
(1)公司法定代表人簽署的《公司變更登記申請書》;
(2)《企業(公司)申請登記委托書》;
(3)合并各方簽訂的合并協議和合并各方股東會同意合并的決議(主要寫明由哪些公司合并以及合并的主要內容);
(4)公司在報紙上發布合并公告的憑證;
(5)各自公司作出的債務清償或債務擔保情況的說明;
(6)公司新一屆股東會決議(主要寫明合并后公司的總股本及其股本構成、公司領導班子有否變化、公司章程修改、其他需變更的事項);
(7)章程修正案(主要列示章程變動情況對照表)或新章程;
(8)驗資報告;
(9)新增股東的法人資格證明或自然人的身份證明;
(10)《公司股東(發起人)名錄》;
(11)《公司(企業)法定代表人登記表》;
(12)《公司董事會成員、監事會成員、經理情況》;
(13)公司董事、監事、經理的身份證復印件;
(14)合并后需解散公司營業執照復印件、公司營業執照正副本;
(15)公司章程復印件加蓋公章。
2、合并后解散公司辦理注銷登記，應提交下列文件、證件：
(1)公司法定代表人簽署的《公司注銷登記申請書》;
(2)《企業(公司)申請登記委托書》;
(3)合并各方簽訂的合并協議;
(4)合并存續公司股東會同意合并的決議;
(5)公司股東會同意合并和注銷的決議;
(6)公司在報紙上發布合并公告的憑證;
(7)公司作出的債務清償或債務擔保情況的說明;
(8)公司營業執照正副本;
(9)法律、行政法規規定應當提交的其他文件。