公司章程對于所有的股東、董事、監事以及高級管理人員都具有約束力。對于后加入的股東也具有約束力。公司設立協議只對協議的當事方有效力，因為合同具有相對性。

《中華人民共和國公司法》第十一條
設立公司必須依法制定公司章程。公司章程對公司、股東、董事、監事、高級管理人員具有約束力。
第二十五條
有限責任公司章程應當載明下列事項：
（一）公司名稱和住所；
（二）公司經營范圍；
（三）公司注冊資本；
（四）股東的姓名或者名稱；
（五）股東的出資方式、出資額和出資時間；
（六）公司的機構及其產生辦法、職權、議事規則；
（七）公司法定代表人；
（八）股東會會議認為需要規定的其他事項。

設立協議和公司章程具有一致性和許多相同之處。公司名稱、注冊資本、經營范圍股東構成、出資形式和數額等事項是公司章程和設立協議必須注明的事項。公司章程一般以設立協議為基礎，吸收設立協議的基本內容，包括：公司的組織機構、股份轉讓、增資、減資、合并分立、公司終止的情形等。雖然設立協議和公司章程目標具有一致性，但是，兩者的性質和功能不同。
1、設立協議和公司章程的效力期間不同，設立協議是調整公司設立過程中的法律關系和法律行為，設立協議產生在公司成立前，公司的設立階段，經發起人達成一致簽字蓋章即具有法律效力。公司章程是以公司成立為前提的，在公司成立后才能生效，對股東具有約束力。
2、設立協議不是公司設立的必要法律文件。而公司章程是公司設立必備的法律文件，任何公司登記成立都必須提交公司章程。只有股份有限公司規定了發起人必須簽訂發起人協議。《公司法》第八十條“股份有限公司發起人承擔公司籌辦事務。發起人應當簽訂發起人協議，明確各自在公司設立過程中的權利和義務。”
3、設立協議是不要式法律文件，根據當事人之間的意思表示形成，其內容更多的體現了當事人的意志和要求，屬于契約，需要遵守合同法的一般規則;公司章程是要式法律文件，公司章程必須依據公司法制定，不能違反法律、和行政法規為前提。
4、設立協議和公司章程約束的對象不同，設立協議是全體發起人訂立的，調整的是發起人之間的關系，在發起人之間具有法律約束力。公司設立過程中產生的權利和義務，發起人按照發起協議的約定承擔。而公司章程調整的是股東之間、公司與股東之間公司與公司的治理機構之間的法律關系，即包括對原始發起人股東有約束力，也對按照公司章程和公司法規定后加入公司的股東具有約束力。
公司章程是法律規定的必備的法律文件，產生在設立協議之后。因此在公司成立后，應當以公司章程作為準則。設立協議和公司章程發生矛盾時以公司章程規定為準，發起協議只對原始的發起人具有約束力。