子公司必須獨立核算，獨立申報納稅。?分公司不是獨立法人，可以不獨立核算，所得稅可以在總公司合并匯算清繳。1、企業所得稅的規定子公司應當單獨計算應納稅額，在注冊地繳納稅款，并適用按月(或季)預繳、年底匯算清繳的規定。設立為分公司后，在企業所得稅的征管上執行跨地區匯總繳納企業所得稅的規定。相關的企業所得稅審批、備案事項，子公司自行收集整理資料，向當地所得稅主管稅務機關申請。分公司應由總機構收集整理資料，并向總機構所在地所得稅主管稅務機關申請。2、其他稅種的影響增值稅上，根據《增值稅暫行條例》的規定：固定業戶應當向其機構所在地的主管稅務機關申報納稅;總機構和分支機構不在同一縣(市)的，應當分別向各自所在地的主管稅務機關申報納稅。因此，無論設立成子公司還是分公司，都需在機構所在地繳納增值稅。其他地稅，如房產稅、土地使用稅，均需在資產所在地納稅;而個人所得稅也應在企業生產經營當地繳納。因此，無論設立成子公司還是分公司，對項目所在地的地稅基本不產生影響。法律依據：《中華人民共和國企業所得稅法》第五十條除稅收法律、行政法規另有規定外，居民企業以企業登記注冊地為納稅地點;但登記注冊地在境外的，以實際管理機構所在地為納稅地點。居民企業在中國境內設立不具有法人資格的營業機構的，應當匯總計算并繳納企業所得稅。《中華人民共和國增值稅暫行條例》第二十二條增值稅納稅地點：(一)固定業戶應當向其機構所在地的主管稅務機關申報納稅。總機構和分支機構不在同一縣(市)的，應當分別向各自所在地的主管稅務機關申報納稅;經國務院財政、稅務主管部門或者其授權的財政、稅務機關批準，可以由總機構匯總向總機構所在地的主管稅務機關申報納稅。

兩者的區別是：全資是100%出資，股東只有大公司一個，大公司擁有100%的股權 。控股是不止一個股東（股東除了大公司還有其他股東）股東至少是2人或以上，在所有股東中，大公司的股權比例是最大的一個或者股權比例雖然不是最大，但有子公司的實際的控制權和經營權。

根據《公司法》的規定：子公司具有獨立法人資格，具有完全民事行為能力，控股公司與公司之間是出資人關系，不存在隸屬關系，在對外承擔責任時，是以公司名義承擔責任，在公司股東出資不足、未出資、不履行出資義務時、控股股東要承擔連帶責任，在日常行政管理過程中，控股股東對公司的經營權無權干涉。

擴展資料：

控股子公司是指其公司出資或股份的50%以上被另一家公司所控制，但未達到100%。公司依據國家相關法律法規和規范性文件對上市公司規范化運作以及上市公司資產控制的要求，以控股股東或實際控制人的身份行使對控股子公司的重大事項監督管理權，對投資企業依法享有投資收益、重大事項決策的權利。同時，負有對控股子公司指導、監督和相關服務的義務。

全資子公司指的是完全由唯一一家母公司所擁有或控制的子公司。母公司可以通過兩種方式來設立全資子公司:第一種是，從頭開始成立一家新公司并修建全新的生產設備(例如工廠、辦公室和機器設備等);第二種是，收購一家現有的公司并將其設備納為己用。究竟是以收購還是新建的方式成立一家國際子公司，這在很大程度上取決于母公司計劃進行的經營活動。

參考資料：控股子公司百度百科 全資子公司百度百科

1、種類不同

子公司是在國際商務中指由母公司投入全部或部分股份，依法在世界各地設立的東道國法人企業。

控股子公司是指其公司出資或股份的50%以上被另一家公司所控制，但未達到100%。

2、國家規定不同

子公司在法律上獨立于母公司，并擁有獨立而完整的公司管理組織體系，因而在經營方面具有較大的獨立性和一定的靈活性。

控股子公司依據國家相關法律法規和規范性文件對上市公司規范化運作以及上市公司資產控制的要求，以控股股東或實際控制人的身份行使對控股子公司的重大事項監督管理權，對投資企業依法享有投資收益、重大事項決策的權利。

3、權利不同

子公司的經營活動也要受到母公司的控制，要服從母公司的總體戰略和總體利益的需要。但這種控制是間接的，也與母公司擁有股權的比例正相關。

控股子公司負有對控股子公司指導、監督和相關服務的義務。

參考資料來源：百度百科-控股子公司

參考資料來源：百度百科-子公司