食品許可證辦理流程如下：
1、填寫好食品經營許可證的申請表；
2、準備法定代表人身份證復印件、從業人員身份證復印件和健康證；
3、繪制店鋪的平面圖；
4、到當地市場監督管理局提交資料；
5、資料提交成功之后，市場監督管理局會安排人員來看場地；
6、檢查通過后，在一定時間內通知申請人來領取食品經營許可證。

《食品經營許可管理辦法》
第十二條
申請食品經營許可，應當向申請人所在地縣級以上地方食品藥品監督管理部門提交下列材料：
（一）食品經營許可申請書；
（二）營業執照或者其他主體資格證明文件復印件；
（三）與食品經營相適應的主要設備設施布局、操作流程等文件。
（四）食品安全自查、從業人員健康管理、進貨查驗記錄、食品安全事故處置等保證食品安全的規章制度。
利用自動售貨設備從事食品銷售的，申請人還應當提交自動售貨設備的產品合格證明、具體放置地點，經營者名稱、住所、聯系方式、食品經營許可證的公示方法等材料。
申請人委托他人辦理食品經營許可申請的，代理人應當提交授權委托書以及代理人的身份證明文件。

法律分析：申請食品流通許可證要求申請人提交的申請真實有效，經機關審查后方可領取。辦理許可證有以下流程：申請人向有關部門提出現場驗收；有關部門到現場核實情況；工商部門根據現場核實，出具現場核實驗收意見；經過以上一系列部門核查情況，申請人才可辦理食品經營許可證；提交申請材料、有關部門受理、核查、發放證書。

法律依據：《中華人民共和國食品安全法》第三十三條　食品生產經營應當符合食品安全標準，并符合下列要求：（一）具有與生產經營的食品品種、數量相適應的食品原料處理和食品加工、包裝、貯存等場所，保持該場所環境整潔，并與有毒、有害場所以及其他污染源保持規定的距離；（二）具有與生產經營的食品品種、數量相適應的生產經營設備或者設施，有相應的消毒、更衣、盥洗、采光、照明、通風、防腐、防塵、防蠅、防鼠、防蟲、洗滌以及處理廢水、存放垃圾和廢棄物的設備或者設施；（三）有專職或者兼職的食品安全專業技術人員、食品安全管理人員和保證食品安全的規章制度；（四）具有合理的設備布局和工藝流程，防止待加工食品與直接入口食品、原料與成品交叉污染，避免食品接觸有毒物、不潔物；（五）餐具、飲具和盛放直接入口食品的容器，使用前應當洗凈、消毒，炊具、用具用后應當洗凈，保持清潔；（六）貯存、運輸和裝卸食品的容器、工具和設備應當安全、無害，保持清潔，防止食品污染，并符合保證食品安全所需的溫度、濕度等特殊要求，不得將食品與有毒、有害物品一同貯存、運輸；（七）直接入口的食品應當使用無毒、清潔的包裝材料、餐具、飲具和容器；（八）食品生產經營人員應當保持個人衛生，生產經營食品時，應當將手洗凈，穿戴清潔的工作衣、帽等；銷售無包裝的直接入口食品時，應當使用無毒、清潔的容器、售貨工具和設備；（九）用水應當符合國家規定的生活飲用水衛生標準；（十）使用的洗滌劑、消毒劑應當對人體安全、無害；（十一）法律、法規規定的其他要求。非食品生產經營者從事食品貯存、運輸和裝卸的，應當符合前款第六項的規定。