對于陰陽合同糾紛的案件，應當作如下處理：1、認定陽合同無效，即非雙方真實意思表示的對外合同，因其不屬于合同雙方真實合意，不能認定為有效的民事法律關系；2、認定陰合同有效，該合同屬雙方真實的意思表示，是被陽合同所掩蓋的真實民事法律關系，應當認定其有效成立，合同雙方應當以陰合同為準實際履行；3、如陽合同的訂立是為虛構高額價款交易，使其他本可主張優先購買權的股東或共有人放棄優先購買權，則在認定陽合同無效后，其他股東或共有人有權以陰合同價款為同等條件，再次主張優先購買權；4、如陽合同是建設單位、施工單位為招投標而經過合法的招投標程序，該合同在建設工程管理部門備案，屬有效合同，根據最高人民法院關于審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋規定，當事人就同一建設工程另行訂立的建設工程施工合同與經過備案的中標合同實質性內容不一致的，應當以備案的中標合同作為結算工程價款的根據。該種情形下陽合同因法律的特別規定而作為有效合同存在并得以實際履行，陰合同無效。陰陽合同本身就屬于違法行為，其中以虛假意思訂立的合同屬于無效合同。雙方因陰陽合同發生糾紛的，可以先進行協商解決，協商不成的，可以請相關組織進行調解，合同中約定由仲裁條款的可以向仲裁機構申請仲裁，或者向人民法院提起民事訴訟，由法院判決。如果通過簽訂陰陽合同來達到逃稅的目的的，將由稅務機關追繳其不繳或者少繳的稅款、滯納金，并處不繳或者少繳的稅款百分之五十以上五倍以下的罰款;構成犯罪的，依法追究刑事責任。
法律依據：《中華人民共和國民法典》第二百三十三條 物權受到侵害的，權利人可以通過和解、調解、仲裁、訴訟等途徑解決。第一百四十三條 具備下列條件的民事法律行為有效：（一）行為人具有相應的民事行為能力；（二）意思表示真實；（三）不違反法律、行政法規的強制性規定，不違背公序良俗。第一百四十六條 行為人與相對人以虛假的意思表示實施的民事法律行為無效。以虛假的意思表示隱藏的民事法律行為的效力，依照有關法律規定處理。

法律主觀：

根據我國相關法律的規定可知，如果存在違反法律或者行政法規的強制性規定而簽訂的合同，那么合同則是無效的。
陰陽合同的法律效力如何認定
陰陽合同是兩個合同的集合體，包含了一個虛假意思表示實施的民事法律行為及其后隱藏的民事法律行為。因此，其法律效力相較于其他的合同關系而言，更為復雜。
但是，自2017年10月1日《民法總則》開始實施后，對于陰陽合同法律效力的認定，有了比較明確的方向和方法。
根據《民法總則》第一百四十六條的規定，行為人與相對人以虛假的意思表示實施的民事法律行為無效。以虛假的意思表示隱藏的民事法律行為的效力，依照有關法律規定處理。
此時，我們可以發現，《民法總則》第一百四十六條仿佛是為陰陽合同量身打造的。
陰陽合同里的“陽合同”，屬于“以虛假意思表示實施的民事法律行為”，根據上述規定，“陽合同”是無效的。
陰陽合同里的“陰合同”，屬于“被隱藏的民事法律行為”，“陰合同”的效力應當根據《民法總則》第一百四十三條、《合同法》第五十二條來判斷，主要看是否違反效力性強制性規定。
如“陰合同”違反了效力性強制性規定，則同樣認定為無效；如“陰合同”違反了管理性強制性規定，則不屬于無效合同。
鑒于陰陽合同在內容上存在較大的差異，因此將對當事人的利益來產生不同的影響，極容易產生“履行哪份合同”的爭議。而且，陰陽合同存在被認定為無效合同的風險。
因此，建議當事人在簽訂重要合同時，從權利義務本身出發對合同內容進行嚴謹的約定，而不是依靠陰陽合同來實現合同目的，否則將為自己帶來法律風險。
法律規定：
《中華人民共和國合同法》第五十八條規定：“合同無效或者被撤銷后，因該合同取得的財產，應當予以返還；不能返還或者沒有必要返還的，應當折價補償。有過錯的一方應當賠償對方因此所受到的損失，雙方都有過錯的，應當各自承擔相應的責任。

法律客觀：

《中華人民共和國民法典》第一百四十三條 具備下列條件的民事法律行為有效： （一）行為人具有相應的民事行為能力； （二）意思表示真實； （三）不違反法律、行政法規的強制性規定，不違背公序良俗。 《中華人民共和國民法典》第四百六十九條 當事人訂立合同，可以采用書面形式、口頭形式或者其他形式。 書面形式是合同書、信件、電報、電傳、傳真等可以有形地表現所載內容的形式。 以電子數據交換、電子郵件等方式能夠有形地表現所載內容，并可以隨時調取查用的數據電文，視為書面形式。

　　陰陽合同糾紛可以通過當事人協商，申請仲裁或者向法院起訴解決。一般來說，陰陽合同中，“陽合同”因為意思表示虛假而屬于無效合同，“陰合同”的效力還要根據有關法律認定。
　　根據2021年實施的《民法典》第一百四十六條規定，行為人與相對人以虛假的意思表示實施的民事法律行為無效。
　　以虛假的意思表示隱藏的民事法律行為的效力，依照有關法律規定處理。
　　《民事訴訟法》第三條規定，人民法院受理公民之間、法人之間、其他組織之間以及他們相互之間因財產關系和人身關系提起的民事訴訟，適用本法的規定。