在股權糾紛中，如果雙方當事人對管轄法院有約定且約定有效的，應適用其約定;沒有約定或約定不明，應適用法律規定，即由被告住所地或合同履行地人民法院管轄。對于被告所在地，人們一般不會有歧義。此外根據《民事訴訟法》中管轄的相關規定，以被告住所地或者出資協議履行地為基礎，但要綜合考慮公司所在地等因素來確定管轄法院。股東出資糾紛的表現很多：虛假出資糾紛、逾期出資糾紛、出資不足糾紛、抽逃出資糾紛等。因公司設立、確認股東資格、分配利潤、解散等糾紛提起的訴訟，由公司住所地人民法院管轄。提起訴訟時，當事人及其訴訟代理人申請人民法院調查收集證據，應當提交書面申請。申請書應當載明被調查人的姓名或者單位名稱、住所地等基本情況、所要調查收集的證據的內容、需要由人民法院調查收集證據的原因及其要證明的事實。【法律依據】《中華人民共和國民事訴訟法》第二十一條對公民提起的民事訴訟，由被告住所地人民法院管轄;被告住所地與經常居住地不一致的，由經常居住地人民法院管轄。對法人或者其他組織提起的民事訴訟，由被告住所地人民法院管轄。

首先，股權轉讓糾紛屬于合同糾紛一種，由被告住所地或者合同履行地的人民法院管轄。其次，其他與公司有關的糾紛，由公司住所地人民法院管轄。
股權轉讓協議糾紛管轄權確定可以按照合同糾紛的規定確定。一般由合同履行地或者被告住所地人民法院管轄。如果股權轉讓協議中約定了有效的管轄協議，則根據管轄協議確定管轄法院。但雙方約定由合同簽訂地、原告住所地、標的物所在地等與爭議有實際聯系的地點的人民法院管轄的，可以按照約定執行。
股權轉讓糾紛的管轄，由被告住所地或合同履行地人民法院管轄。如果合同沒有實際履行，當事人雙方住所地又都不在合同約定的履行地的，應由被告住所地人民法院管轄。同時，法律賦予當事人協議約定管轄法院的權利，即合同的雙方當事人可以在書面合同中協議選擇被告住所地、合同履行地；合同簽訂地、原告住所地、標的物所在地人民法院管轄，但不得違反民訴法對級別管轄和專屬管轄的規定。
法律依據：《中華人民共和國民事訴訟法》
第十七條基層人民法院管轄第一審民事案件，但本法另有規定的除外。
第十八條中級人民法院管轄下列第一審民事案件：
(一)重大涉外案件
(二)在本轄區有重大影響的案件
(三)最高人民法院確定由中級人民法院管轄的案件。
第十九條高級法院管轄
高級人民法院管轄在本轄區有重大影響的第一審民事案件。
第二十條最高人民法院管轄下列第一審民事案件：
(一)在全國有重大影響的案件
(二)認為應當由本院審理的案件。
第二十一條對公民提起的民事訴訟，由被告住所地人民法院管轄告住所地與經常居住地不一致的，由經常居住地人民法院管轄。對法人或者其他組織提起的民事訴訟，由被告住所地人民法院管轄。同一訴訟的幾個被告住所地、經常居住地在兩個以上人民法院轄區的，各該人民法院都有管轄權。