設立登記瑕疵的情形有： 1、發起人或股東屬于 限制行為能力人 ； 2、意思表示不明確； 3、設立行為違反法定的程序，但不影響登記的效力； 4、缺少登記文件，但可補充的。公司瑕疵設立是指由于發起人或其他人在公司設立過程中的設立行為不符合公司法要求的實體條件和程序條件，從而導致公司設立無效或被 撤銷的情形 。

《最高人民法院關于人民法院民事訴訟中委托鑒定審查工作若干問題的規定》 10、人民法院應當審查鑒定意見書是否具備《最高人民法院關于民事訴訟證據的若干規定》第三十六條規定的內容。 11、鑒定意見書有下列情形之一的，視為未完成委托鑒定事項，人民法院應當要求鑒定人補充鑒定或重新鑒定： （1）鑒定意見和鑒定意見書的其他部分相互矛盾的； （2）同一認定意見使用不確定性表述的； （3）鑒定意見書有其他明顯瑕疵的。補充鑒定或重新鑒定仍不能完成委托鑒定事項的，人民法院應當責令鑒定人退回已經收取的鑒定費用。

公司設立 瑕疵，是指已經公司登記機關核準登記并獲 營業執照 而宣告成立的公司，在設立過程中，存在不符合 公司法 規定的實體要件或者程序要件，從而使公司法人人格存在不穩定狀態的法律現象。公司設立瑕疵主要存在以下幾個特征：第一，公司已經登記成立;第二，已成立的公司仍存在著瑕疵，使得公司法人人格處于不穩定的狀態;第三，瑕疵產生且僅產生于公司設立過程中。

《中華人民共和國公司法》第一百九十八條違反本法規定，虛報注冊資本、提交虛假材料或者采取其他欺詐手段隱瞞重要事實取得公司登記的，由公司登記機關責令改正，對虛報注冊資本的公司，處以虛報注冊資本金額百分之五以上百分之十五以下的罰款；對提交虛假材料或者采取其他欺詐手段隱瞞重要事實的公司，處以五萬元以上五十萬元以下的罰款；情節嚴重的，撤銷公司登記或者吊銷營業執照。

法律分析：一、公司瑕疵設立有哪些情形：

公司設立瑕疵一般表現為股東、資金、章程方面的瑕疵。

1、股東。

股東是公司的控制者，可以通過行使權利來影響公司的運營。股東人數不符合限制。

公司在設立時，有限責任公司和股份有限公司的股東人數要求不相同。有限責任公司的股東一般為2-50人，股份有限公司一般為2-200人，上市后無人數限制。有限責任公司和股份有限公司有著人數的限制，超出或小于都屬于股東人數上面的瑕疵。股東缺少相應的民事行為能力。

公司的運營經常需要股東行使股東權利，無民事行為能力人和限制民事行為能力人都是行為能力存在瑕疵，二者行使民事權利需要經過代理人或監護人的同意，因此公司設立時要注意股東是否具有相應的民事行為能力。

2、資金。股東出資不足。

我國為了活躍市場活力，已將資本實繳制改為資本認繳制，公司或企業可根據自身的資金實力及資金運營狀況來決定股東的出資額問題。但是對于一些國家法定規定的出資額度必須滿足，以免造成出資不足問題，公司及出資不足的股東需要在出資不足的范圍內承擔相應的民事責任。出資價值不實。

股東出資的方式多種多樣，可以以現金的方式出資，也可以以知識產權、不動產等方式出資，但是出資評估需準確，不能弄虛作假。出資價值評估出現錯誤，導致出資價值不實，就容易出現出資價值的瑕疵。出資形式瑕疵。

目前來說，我國允許的出資方式包括：貨幣、實物、知識產權、土地使用權。其他的像特許經營權、勞務、姓名權等出資的是不被允許的。

3、章程。未對股東權利進行明確約定。

公司在運營過程中容易出現股東權利濫用的情況，主要是前期章程在制定時并未對股東權利做出明確的約定和限制，導致股東權利不受約束。章程內容違法。

公司章程雖然可以由內部人員來制定，但是公司章程必須符合法律規定。否則，違反法律規定的公司章程不能產生法律效力。

法律依據：《中華人民共和國公司登記管理條例》 第六十三條 虛報注冊資本，取得公司登記的，由公司登記機關責令改正，處以虛報注冊資本金額5%以上15%以下的罰款；情節嚴重的，撤銷公司登記或者吊銷營業執照。