由于我國相關法律法規尚不健全，在我院審理股權轉讓糾紛案件過程中經常會遇到不少疑難問題，主要涉及股權的確定問題、股權轉讓合同效力問題及股權轉讓導致一人公司存在的問題，具體有以下幾種情況：
（一）股權如何確定的問題。
股權是指股東按其投入公司的資本額所享有的資產受益、重大決策和選擇管理者等權利。股權是股權轉讓的前提，轉讓人如不享有股權，自然不能進行股權轉讓。認定股權的存在，是審查股權轉讓效力的先決條件。在審判實踐中，絕大多數轉讓人都是公司章程或股東名冊及工商登記載明的、并享有公司合法股權的股東，但在極少數案件中，遇到了這樣一種情況：轉讓人與其他股東共同出資設立了公司，但是由于各種原因，全體股東共同約定不將轉讓人的名字載入公司章程、股東名冊及工商登記資料，后來轉讓人將股權進行轉讓。在這種情況下如何認定股權的存在并進而判定股權轉讓的效力？根據《公司法》第22條規定，公司章程應記載股東姓名或名稱；根據第31條規定，公司應當置備股東名冊，并記載股東的姓名或名稱及股東的出資額。從上述規定來看，一般情況下，確定股東是否享有股權，應從其是否實際出資、公司章程和公司股東名冊上是否記載其姓名或名稱等幾個方面進行考察。就上述情況下，轉讓人是否享有股權，我們應該視股權轉讓是在股東間進行還是股東與非股東間進行而定。如果股權轉讓是在股東間進行的，雖然轉讓人的名字或名稱并未記載于公司章程和股東名冊，也未在工商管理部門登記，但是由于全體股東對轉讓人是實質意義上的股東并無異議，我們也應確認其股東的身份及其享有的股權；如果股權轉讓是在股東與非股東間進行的，即使轉讓人實際出資了，我們也不能認定其享有股權，因為公司章程、股東名冊及工商登記資料上未記載其姓名或名稱，其身份對外沒有公示，也就不具有公信力，受讓人可以以此進行抗辯。當然，如果受讓人明知轉讓人股東的身份沒有公示，經其他股東同意，仍然愿意與其交易，我們就應當尊重各方當事人的意思自治，確認并維護既有的交易。
（二）股權轉讓合同的效力問題。
在我院審理的股權轉讓糾紛案件中，以這類問題最為突出。無論是轉讓人還是受讓人，當其認為轉讓合同對其不利時，經常會以股權轉讓違反法定程序或未經股東變更登記，受讓人更多地則是以轉讓人出資不實或抽逃出資為由，要求確認股權轉讓合同無效或是要求撤銷合同。
1、未經全體股東過半數同意向非股東轉讓股權時的效力問題。
《公司法》第35條第2款規定：股東向股東以外的人轉讓其出資時，必須經全體股東過半數同意；不同意轉讓的股東應當購買該轉讓的出資，如果不購買該轉讓的出資，視為同意轉讓。但在實踐中，時常會發生未經全體股東過半數同意而向非股東轉讓股權的情況，這時股權轉讓的效力如何便成為雙方爭議的焦點。
在這種情況下通常又分為兩種情形：一種是雙方對法律規定的“過半數”理解不一，即一方認為是全體股東人數過半數，另一方則認為是全體股東出資比例過半數；另一種是未經股東過半數同意而轉讓股權的，雙方對股權轉讓合同的效力存在爭議。
首先，我們認為對《公司法》規定的“過半數”應理解為全體股東人數的過半數，而非出資比例的過半數。理由如下：第一，從文義解釋的角度來看，“全體股東過半數”只能是股東人數的過半數；第二，此條是規定在《公司法》“有限責任公司的設立和組織機構”一章中，我們知道，有限責任公司不僅具有“資合”的性質，更主要的是具有“人合”的性質，而此條對股東向非股東轉讓股權予以限制的原因就在于有限公司責任公司的“人合”性，目的在于維護公司股東之間的信任及穩定關系。
再者，未經全體股東過半數同意，股權轉讓是否就當然無效？顯然，未經全體股東過半數同意而向非股東轉讓股權的行為，因違反法律的上述規定，不可能是具有完全效力的法律行為，但我們認為也不能因此就認定該行為是完全無效的行為。《公司法》第35條對股權轉讓的程序進行規定，其初衷是為了保障股權轉讓的順利進行，而不是為了限制股權轉讓，所以，不應因為程序上的缺陷而影響當事人實體上的權利。而且，其他股東同意股權轉讓，既可以在股權轉讓合同簽訂前，也可能會在股權轉讓發生后表示追認，在其他股東未明確表示不同意轉讓前，還存在其他股東同意轉讓，或雖不同意轉讓但也不同意購買而視為同意轉讓的可能性。在這種情況下，如果一律認定股權轉讓合同無效，可能會損害其他股東追認同意轉讓的權利；從社會效益的角度看，也不符合社會活動的經濟與效率原則，不利于社會資源的優化配置。
2、未辦理股東變更登記時的效力問題。
在實踐中，由于情況復雜，特別是公司經常怠于履行股東變更登記的義務，可能會出現轉讓人與受讓人已簽訂了股權轉讓合同，而且已經部分或者完全履行了合同義務，但并未到工商管理部門進行股東的變更登記。我國《公司登記條例》第31條規定，有限責任公司變更股東的，應當自股東發生變動之日起30日內申請變更登記，并應當提交新股東的法人資格證明或者自然人的身份證明。對此規定，實踐中并無爭議，問題在于，如果未辦理股東變更登記是否影響股權轉讓合同的效力，《公司法》對此并未明確規定。在審判中存在兩種意見：一種意見認為股權轉讓未經登記就應認定為無效；另一種意見認為股東變更登記并不是股權轉讓合同生效的要件，也不會影響股權轉讓的效力。
我們比較贊同第二種意見，因為股權轉讓合同作為一份合同，首先應該適用《合同法》的有關規定。《合同法》第44條規定：“依法成立的合同，自成立時生效。法律、行政法規規定應當辦理批準、登記等手續生效的，依照其規定。”股權轉讓人與受讓人就股權的轉讓達成一致意思表示，股權轉讓合同就成立，而現行法律法規并無規定，股權轉讓須經登記始生效，所以，股權轉讓合同應自成立即發生法律效力。而股東變更登記是對已經發生股權轉讓事實的確認，要在股權轉讓合同生效并履行后才可進行。辦理股東變更登記主要是出于行政管理的需要，其功能是使股權的變動產生公示的效力。如果以股東變更登記作為股權轉讓合同生效的要件，則合同永遠也無法生效，因為股東變更登記必須以股東確實已經變更也即股權轉讓合同已經生效為前提，如果股權轉讓合同是否生效又要以是否辦理股東變更登記為要件，就會產生邏輯上的悖論。質言之，股權轉讓合同的生效與股東變更登記是兩個層面上的問題，兩者在順序上具有先后之分，在審判中不應以順序在后的股東變更登記否認順序在前的股權轉讓合同的效力。
3、股權轉讓人不實出資或抽逃出資時的效力問題。
要解決股東不實出資或抽逃出資是否影響股權轉讓合同的效力問題，首先需要解決的是不實出資或抽逃出資的事實是否影響股東的權利。《公司法》第25條規定：“股東應當足額繳納公司章程中規定的各自所認繳的資額。……股東不按照前款規定繳納所認繳的出資，應當向已足額繳納出資的股東承擔違約責任”。第208條規定：“公司的發起人、股東未交付貨幣、實物或未轉移財產權，虛假出資，欺騙債權人和社會公眾的，責令改正，處以虛假出資金額百分之五以上百分之十以下的罰款。構成犯罪的，依法追究刑事責任。”第209條規定：“公司的發起人、股東在公司成立后，抽逃其出資的，責令改正，處以所抽逃出資金額百分之五以上百分之十以下的罰款。構成犯罪的，依法追究刑事責任。”根據上述規定，我們可以認為，股東并不因不實出資或是抽逃出資而喪失股東權。而且，股東權的認定，應當依據公司章程和股東名冊的記載為準，因為公司章程和股東名冊具有公示的效力，受讓人有理由按照公司章程和股東名冊的記載來確認股東的身份。據此，確定股東是否享有公司的股權，應以公司章程和股東名冊為依據，而不是看股東是否出資，出資是否達到其所認繳的數額以及出資后是否抽逃出資。