按照法律實務將其分為三個類型。第一類是以股東身份為核心爭議點的糾紛，第二類是控制權類糾紛，第三類是其他因違反股東義務而產生的糾紛。
1、以股東身份為核心爭議點的糾紛
第一種為“有實無名的股東”。“有實無名的股東”，指的是投資協議或者是股權轉讓協議已經簽署，投資款已支付，當事人在公司行使著股東的權利、履行著股東義務，只是因為某種原因沒有進行工商登記。這種情況下，一旦發生糾紛，因為沒有在工商部門登記為股東，對他個人來說風險非常大，對他的股東身份確認就是一個風險點。為防范此類糾紛，建議盡量不要拖延工商登記。一旦希望以股東身份來參與公司的管理，當事人務必要求公司盡快辦理工商登記。
第二種為“糊涂賬股東”。指的是以下情況：當事人支付了投資款，但是由于與其他股東的私人身份關系或者基于其他特殊原因，沒有簽署股權轉讓協議或者是投資合同，也沒有寫進章程或工商登記。這種情況對當事人來說風險是最大的，對于他是否具有股東身份將存在爭議，而對于當事人來說，要查證支付的款項到底是股東出資還是借款、或者其他生意往來賬款，舉證難度非常大。
另外一種“糊涂賬型股東”的表現形式是，難以確認是項目股東還是公司股東。什么是項目股東?舉例來說，公司本身運行著多個項目，當事人只是投資在其中一個項目里，并不擔任公司股東，而整個項目由公司來操盤，投資人無法以股東的身份對項目進行監督和審查。事后項目發生虧損，投資人無法以股東身份保障自己的權益。
“糊涂賬股東”是我們實際經營當中一定要避免的。一旦支付了投資款，一定要把所有的工商登記流程都走完，至少要留存一些書面的證據。關于證據，我們稍后進一步討論。
第三種類型是股權代持類的。包括普通的代持股(如當事人因身份不便讓其他人代持，或者股東人數過多，為管理方便而讓其他人代持的情況)，以及員工股權激勵性質的代持股等。員工股權激勵一般采用先由原來的股東代持，后分期授予員工的方式處理。
股權眾籌一般也采取代持方式。眾籌類公司股東人數很容易突破我國公司法規定的50人的限制，則通常采用代持方式規避。
前一陣比較火的“西少爺(肉夾饃)”案件，當事人簽訂的文書并沒有披露出來，根據網上的各種報道來看，他的股權不夠透明是引起糾紛的一個重要因素。
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第四類是所謂持干股的股東。通常此類股東能夠給公司帶來一定的利益或者資源，但是不參與公司實際管理，一般不實際出資而由其他人墊付。建議大家，盡量少采取干股的形式，如果必須采取干股的形式的話，看能否安排現有的股東代持，而不是直接登記在他名下。這樣可以便于公司管理，有利于防范將來可能發生的風險。
第五類為掛名性質的股東。指公司在最初登記的時候，為了湊足人數，達到兩個股東的起點，請親戚朋友來掛名。當事人在最初的工商登記之后，疏忽了，未能及時辦理股權轉讓，產生了長期掛名股東的問題。我這邊有個案例，某人的公司設立至今發展的非常好，想上新三板，我們聊著聊著就發現，目前他公司有一個掛名股東，是他的前女友，在他剛設立公司的時候，幫忙給他擔任了個掛名股東。現在前女友已經出國，幾年沒有聯系。我們建議他趕緊找到前女友，盡快把她的股權變更到自己名下，否則是非常麻煩的。
關于掛名股東的問題，建議大家，如果最初不得不采取掛名股東的形式，在這方面的需求已經消失之后，一定要盡快把掛名股東的股權轉移到實際股東名下，來防范未來各種不確定因素和風險。
基本上，以上幾類就是以股東身份為核心爭議點的糾紛。建議各位：
首先，從思想上要確立對工商登記等法律程序的重視。不要認為把錢打給對方了，你就已經成為了公司的股東。一定確保辦理工商登記，避免將來的變數。
其次，注意證據的積累。針對之前提到的幾種不太正規的形式，提醒大家，尤其是股權代持這類，必須要做到簽署書面的法律文件。在任何情況下，都不能依賴雙方的記憶和口頭約定，一定要把書面的文件簽好。涉及到款項支付的，如果是在銀行辦理的，一定要把財務憑證留好;如果是網銀辦理的，每一步要在網銀上留下記錄。
另外，文件一定要采用實體形式簽署。具體方式的建議是，把文件手寫或打印在紙張上，雙方簽字甚至按手印。一定要避免使用微信、QQ，也不建議采用電子郵件的方式簽署。郵件除了會發生郵件刪除、服務器不再提供服務等隱患外，電子數據類的證據在訴訟方面也會有一些特別的要求，流程更復雜，并會給當事人增加成本。沒有什么比拿出一張紙簽字蓋章按手印更有利于保障雙方利益。
簽署后注意把原件保存好
涉及到付款，建議采用網銀支付，不建議采用當面支付現金的方式。付現金的，當時如果簽收手續不完備，事后舉證會有難度。采用網銀轉賬方式的，不要讓別人代收代付，要用本人的賬戶轉到最終賬戶。轉賬時候的備注相當重要，轉賬用途要填好。我曾經手過多個案件，都有網銀轉賬備注沒有寫清楚導致舉證困難的問題。
在取證方面，最后建議大家，發生糾紛的時候，通過快遞發出催款函、公函、律師函等，及時把訴訟時效阻斷。
2、控制權的糾紛
第一種類型是股權分配不合理。不合理的一個突出表現是股權分配過于平均，如五十對五十或者是四個人每人各持四分之一。每個人的地位過于平等，各方意見不一致的時候，會產生一個決策上的難點，容易產生僵局。現實當中此類案例非常多，北京的朋友可能知道新光天地改名事件。據媒體報道，其背后的一個原因是新光天地跟北京華聯的股權按五十對五十的分配，股權上的對等就導致了管理上的困難。建議最初設立股權的時候就不能含糊，股權的大小主次就一定要分明，這樣在決策上對于某方的優勢地位有一定的認同感，比較容易達成一致。
第二類控制權類糾紛與上一類正相反，不是過于平均，而是大的過大，小的過小。大股東通常是在四分之三以上，小股東一般僅持有三五個點的股權，大股東認為小股東只是名義上的股東，視其為公司的高級打工仔，對小股東不是特別尊重。而小股東平權意識特別強，心態比較強勢。此類情況下股東之間很容易發生糾紛。即使大股東成功把小股東趕出公司的決策層，如果不能解除其股東身份，未來的經營管理上，仍將受到小股東的制約，對公司經營管理造成影響。我們現實中不止處理過一個這樣的案例。
第三類情況是，一方股東跟另一方股東關系惡化之后，強行占有公章、財務章、保險柜、鑰匙和公司賬戶等各種證照和重要資產之后，把對方架空。在這種情況下，對實際占有公司的一方貌似是有利的;但是，公司未來運行中，隨時可能需要另一方股東的配合，如果對方蓄意阻撓，對占有一方也是很麻煩的，他并不能永遠占有優勢。
最后一種表現形式，是所謂的退股問題。一般來說，不掌握控制權甚至不參與公司管理的股東，有可能在公司運行過程中想要退出。有限責任公司的股東想要退出的，如果符合司法74條規定，可以請求公司按照合理價格收購股權。如果不符合74條規定的情形，一般情況下，無法向公司要求退股，正常的處理方式是向其他股東轉讓股權，或者是在其他股東放棄優先購買權的情況下，將股權出售給第三方。
3、違反其他股東義務類型的糾紛
第一種是股東怠于出資。除了現金出資沒有支付到位，還有土地使用權或者技術專利沒有過戶等等。這種情況下，股東構成了違約，要按照協議承擔違約責任。
第二種表現形式是股權轉讓過程中出售方違反優先購買權規定的。公司法第71條對優先購買權有明確的規定。《公司法》第七十一條　有限責任公司的股東之間可以相互轉讓其全部或者部分股權。
股東向股東以外的人轉讓股權，應當經其他股東過半數同意。股東應就其股權轉讓事項書面通知其他股東征求同意，其他股東自接到書面通知之日起滿三十日未答復的，視為同意轉讓。其他股東半數以上不同意轉讓的，不同意的股東應當購買該轉讓的股權;不購買的，視為同意轉讓。
經股東同意轉讓的股權，在同等條件下，其他股東有優先購買權。兩個以上股東主張行使優先購買權的，協商確定各自的購買比例;協商不成的，按照轉讓時各自的出資比例行使優先購買權。
公司章程對股權轉讓另有規定的，從其規定。
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第三種表現是知情權類的糾紛。當股東不參與實際經營時，或已被其他股東趕出公司時，可能會提出此類訴訟。此類訴訟對原告來說勝率較高。公司法第33條明確規定，股東有權查閱復制公司章程、股東會會議記錄、董事會會議決議、股東會決議和財務會計報告。身為股東，無論是否實際參與經營，均有權利按照公司法的規定要求查閱上述資料。如果公司拒不配合查閱的話，股東可以通過訴訟來主張權利，并在勝訴后申請法院強制執行。
第四種類型是股權回購糾紛。所涉規定是公司法第74條，前文已經列明。
第五類是股東會決議無效類糾紛，如果股東會的決議內容違反法律、行政法規，或者是它的召集程序、表決方式反法律、法規或公司章程的，股東有權自決議作出之日起60日內請求法院撤銷。
第二十二條　公司股東會或者股東大會、董事會的決議內容違反法律、行政法規的無效。
股東會或者股東大會、董事會的會議召集程序、表決方式違反法律、行政法規或者公司章程，或者決議內容違反公司章程的，股東可以自決議作出之日起六十日內，請求人民法院撤銷。
股東依照前款規定提起訴訟的，人民法院可以應公司的請求，要求股東提供相應擔保。
公司根據股東會或者股東大會、董事會決議已辦理變更登記的，人民法院宣告該決議無效或者撤銷該決議后，公司應當向公司登記機關申請撤銷變更登記。
4.損害股東權益和損害公司權益類的糾紛
常見形式是公司的控股股東或實際控制人利用關聯關系損害公司利益或者競業禁止義務。