對于如何處理股權轉讓合同糾紛這個問題，下面我將做簡要分析。
股權轉讓合同可能出現的爭議很多，如轉讓方向受讓方提供了虛假的公司賬目或信息、受讓方沒有按照約定履行付款義務等等。這些糾紛，根據合同法的規定，由違約方承擔責任，協商不成可以起訴違約方。有一種情形稍微特別一些，就是股權轉讓合同簽訂并履行后，股東的工商注冊變更登記因其他股東的阻擾不能順利進行，受讓方能否因此主張解除股權轉讓合同，要求返還轉讓款并賠償損失？
在此情況下，轉讓方只要在轉讓前盡到通知義務后，一般不會有其他過錯，因此還是應該承認股權轉讓合同的對雙方的約束力，不支持受讓方因上述原因解除合同的要求。在這種情況下，股權受讓方可以起訴公司，以配合辦理變更工商注冊登記為理由，請求法院判令公司履行法律規定的義務，排除對受讓股東行使權利的妨礙。

《中華人民共和國公司法》第七十一條有限責任公司的股東之間可以相互轉讓其全部或者部分股權。股東向股東以外的人轉讓股權，應當經其他股東過半數同意。股東應就其股權轉讓事項書面通知其他股東征求同意，其他股東自接到書面通知之日起滿三十日未答復的，視為同意轉讓。其他股東半數以上不同意轉讓的，不同意的股東應當購買該轉讓的股權；不購買的，視為同意轉讓。經股東同意轉讓的股權，在同等條件下，其他股東有優先購買權。兩個以上股東主張行使優先購買權的，協商確定各自的購買比例；協商不成的，按照轉讓時各自的出資比例行使優先購買權。

股權轉讓雙方基于真實意思表示簽訂股權協議，且協議內容未違反法律法規的強制性或禁止性規定，則該協議合法有效，股權轉讓雙方均應按照協議履行義務。一方未履行協議義務，導致協議目的無法實現的，構成根本違約。公司股東之間以轉讓人與受讓人的身份簽訂股權轉讓協議，股權轉讓協議中約定，在受讓人向轉讓人支付全部股權轉讓款時，轉讓人才辦理股權變更手續，且受讓人支付股權轉讓款應按照約定時間，超過約定時間一定期限內不支付股權轉讓款的，轉讓人繼續持有轉讓股權。因轉讓人與受讓人所簽訂的股權轉讓協議系雙方真實意思表示，且未違反法律法規的強制性、禁止性規定，故協議有效。但受讓人在支付部分股權轉讓款后，拒絕付清全部款項，也就是說受讓人并未按約定期限付清股權轉讓款。因股權轉讓協議的目的在于轉讓股權,現因受讓人不支付股權轉讓款的行為導致無法轉讓股權，根據合同約定轉讓人繼續持有轉讓的股權，即股權轉讓協議的目的無法實現。因此受讓人的行為構成根本違約，應承擔違約責任，股權轉讓人有權解除合同。

法律依據：《公司法》第七十一條 有限責任公司的股東之間可以相互轉讓其全部或者部分股權。股東向股東以外的人轉讓股權，應當經其他股東過半數同意。股東應就其股權轉讓事項書面通知其他股東征求同意，其他股東自接到書面通知之日起滿三十日未答復的，視為同意轉讓。其他股東半數以上不同意轉讓的，不同意的股東應當購買該轉讓的股權;不購買的，視為同意轉讓。經股東同意轉讓的股權，在同等條件下，其他股東有優先購買權。兩個以上股東主張行使優先購買權的，協商確定各自的購買比例;協商不成的，按照轉讓時各自的出資比例行使優先購買權。公司章程對股權轉讓另有規定的，從其規定。