公司企業(yè)如果違反了相關(guān)法律規(guī)定，工商部門是可以依法對其營業(yè)執(zhí)照進行吊銷的。營業(yè)執(zhí)照被吊銷之后要到原審批機關(guān)辦理注銷手續(xù)。注銷的手續(xù)如下：首先，要在當?shù)厥屑壱陨系膱蠹埳峡亲N公告，申明公司要辦理注銷，不再經(jīng)營。同時公司要成立清算小組，對其內(nèi)部的債權(quán)債務(wù)、稅款、職工工資等情況進行清算，并出具清算報告。清算小組成員要到所在地工商管理部門進行登記備案手續(xù)。接下來，就可以依次辦理國地稅、工商和代碼證的注銷手續(xù)了。其中工商注銷一定要在刊登注銷公告45個工作日之后才可以進行。
法律依據(jù)：
《公司法》第一百八十八條公司注銷公司清算結(jié)束后，清算組應(yīng)當制作清算報告，報股東會、股東大會或者人民法院確認，并報送公司登記機關(guān)，申請注銷公司登記，公告公司終止。

法律主觀：

公司吊銷后注銷的辦法：應(yīng)當在被吊銷后十五日內(nèi)成立清算組，對該公司債權(quán)、債務(wù)進行清算，并制作清算報告。按照清算報告，依法分配公司破產(chǎn)財產(chǎn)。清算結(jié)束后，應(yīng)當依法申請公司注銷登記。

法律客觀：

《公司法》第一百八十三條 公司因本法第一百八十條第（一）項、第（二）項、第（四）項、第（五）項規(guī)定而解散的，應(yīng)當在解散事由出現(xiàn)之日起十五日內(nèi)成立清算組，開始清算。有限責任公司的清算組由股東組成，股份有限公司的清算組由董事或者股東大會確定的人員組成。逾期不成立清算組進行清算的，債權(quán)人可以申請人民法院指定有關(guān)人員組成清算組進行清算。人民法院應(yīng)當受理該申請，并及時組織清算組進行清算。 第一百八十八條 公司清算結(jié)束后，清算組應(yīng)當制作清算報告，報股東會、股東大會或者人民法院確認，并報送公司登記機關(guān)，申請注銷公司登記，公告公司終止。

已經(jīng)被吊銷的公司注銷流程如下：
1、先到國稅拿表格，按國稅的要求填寫，簽字，蓋章，繳銷發(fā)票，補稅后，它會收回國稅稅務(wù)登記證，給你一張國稅注銷稅務(wù)登記通知書；
2、拿著國稅的注銷稅務(wù)登記通知書，到地稅拿表格，補稅后，它會收回地稅稅務(wù)登記證，給你一張地稅注銷稅務(wù)登記通知書；
3、拿著兩張通知書，銷銀行賬戶；
4、拿通知書到工商局拿表格，然后交回工商，它會收回營業(yè)執(zhí)照。（注意工商注銷前要先在媒體上公示三次注銷公告，報樣要給工商局的）。
不營業(yè)的公司不注銷營業(yè)執(zhí)照的后果具體如下：
1、公司不注銷，放任不管企業(yè)將會納入工商異常經(jīng)營名單、稅務(wù)黑名單；
2、 納入異常經(jīng)營名單后依然不處理，將會被吊銷；
3、工商異常、法人將不能擔任新公司的法人；
4、 稅務(wù)黑名單，欠繳稅行為，法人、高管、股東想在新公司擔任股東、高管，需要先處理稅務(wù)問題；
5、進入誠信黑名單后，法人、股東將無法出國；
6、無法乘坐高鐵、飛機；
7、法人、股東將無法辦理移民；
8、股東將無法貸款。
綜上所述，在辦理注銷營業(yè)執(zhí)照的過程中，會用到許多的證件與證明材料，所以一定要妥善保管，以避免不必要的麻煩。
【法律依據(jù)】：
《中華人民共和國市場主體登記管理條例》 第三十一條
市場主體因解散、被宣告破產(chǎn)或者其他法定事由需要終止的，應(yīng)當依法向登記機關(guān)申請注銷登記。經(jīng)登記機關(guān)注銷登記，市場主體終止。
市場主體注銷依法須經(jīng)批準的，應(yīng)當經(jīng)批準后向登記機關(guān)申請注銷登記。
第三十二條
市場主體注銷登記前依法應(yīng)當清算的，清算組應(yīng)當自成立之日起10日內(nèi)將清算組成員、清算組負責人名單通過國家企業(yè)信用信息公示系統(tǒng)公告。清算組可以通過國家企業(yè)信用信息公示系統(tǒng)發(fā)布債權(quán)人公告。
清算組應(yīng)當自清算結(jié)束之日起30日內(nèi)向登記機關(guān)申請注銷登記。市場主體申請注銷登記前，應(yīng)當依法辦理分支機構(gòu)注銷登記。
第三十三條
市場主體未發(fā)生債權(quán)債務(wù)或者已將債權(quán)債務(wù)清償完結(jié)，未發(fā)生或者已結(jié)清清償費用、職工工資、社會保險費用、法定補償金、應(yīng)繳納稅款（滯納金、罰款），并由全體投資人書面承諾對上述情況的真實性承擔法律責任的，可以按照簡易程序辦理注銷登記。
市場主體應(yīng)當將承諾書及注銷登記申請通過國家企業(yè)信用信息公示系統(tǒng)公示，公示期為20日。在公示期內(nèi)無相關(guān)部門、債權(quán)人及其他利害關(guān)系人提出異議的，市場主體可以于公示期屆滿之日起20日內(nèi)向登記機關(guān)申請注銷登記。
個體工商戶按照簡易程序辦理注銷登記的，無需公示，由登記機關(guān)將個體工商戶的注銷登記申請推送至稅務(wù)等有關(guān)部門，有關(guān)部門在10日內(nèi)沒有提出異議的，可以直接辦理注銷登記。
市場主體注銷依法須經(jīng)批準的，或者市場主體被吊銷營業(yè)執(zhí)照、責令關(guān)閉、撤銷，或者被列入經(jīng)營異常名錄的，不適用簡易注銷程序。
第三十四條
人民法院裁定強制清算或者裁定宣告破產(chǎn)的，有關(guān)清算組、破產(chǎn)管理人可以持人民法院終結(jié)強制清算程序的裁定或者終結(jié)破產(chǎn)程序的裁定，直接向登記機關(guān)申請辦理注銷登記。