1、設置的意義不一樣:創業板又稱為二板市場，是處理自主創業型公司、中小企業及高技術行業公司等必須進行股權融資和發展而開設;而新三板是為全國各地大中小型高新技術企業公司提供一條股權融資之途;
2、上市要求不一樣:創業板盡管是股票注冊制，但上市要求比新三板嚴苛;而新三板只需滿足相對應等級的標準，就能掛牌上市到相匹配的等級;
3、發售交易所不一樣:創業板在深圳市證券交易所;新三板在北京證券交易;4、開通管理權限不—樣;
5、漲跌幅限制不—樣。
1、創業板又稱二板市場（Second-board Market）即第二股票交易市場，是與主板市場（Main-Board Market）不同的一類證券市場，專為暫時無法在主板市場上市的創業型企業提供融資途徑和成長空間的證券交易市場。創業板是對主板市場的重要補充，在資本市場占有重要的位置。中國創業板上市公司股票代碼以“300”開頭。
2、創業板與主板市場相比，上市要求往往更加寬松，主要體現在成立時間，資本規模，中長期業績等的要求上。創業板市場最大的特點就是低門檻進入，嚴要求運作，有助于有潛力的中小企業獲得融資機會。在創業板市場上市的公司具有較高的成長性，但往往成立時間較短規模較小，業績也不突出，但有很大的成長空間。 可以說，創業板是一個門檻低、風險大、監管嚴格的股票市場，也是一個孵化創業型、中小型企業的搖籃。
3、發展創業板市場是為了給中小企業提供更方便的融資渠道，為風險資本營造一個正常的退出機制。同時，這也是中國調整產業結構、推進經濟改革的重要手段。二板市場和主板市場的投資對象和風險承受能力是不相同的，在通常情況下，二者不會相互影響。而且由于它們內在的聯系，反而會促進主板市場的進一步發展壯大。對投資者來說，創業板市場的風險要比主板市場高得多。當然，回報可能也會大得多。