股權代持風險可以從兩個方面來說：
對隱名股東（實際出資人）的風險
　　股權代持協議被認定無效：公務員為規避身份障礙委托他人代為持股，該代持協議很可能以“以合法形式掩蓋非法目的”的情形而被認定無效。
　　顯名股東濫用股東權利：濫用股份轉讓權、資產收益權、股東會臨時召集請求權或自行召集權、參與重大決策權和選擇管理者的權利、公司剩余財產分配權等。
　　顯名股東擅自處分股東權利：擅自轉讓、出質、質押股權。
　　顯名股東被采取強制措施：代持股份被財產保全或者被強制執行）顯名股東個人原因。（陷入離婚訴訟或者死亡，股權將被分割或繼承。
　　顯名股東拒不轉交投資收益：利益驅使下的道德風險。
隱名股東無法顯名：股東地位無法得到恢復，無法向公司主張投資權益。
　　對顯名股東（委托持股人）的風險
　　顯名股東承擔出資不實責任：實際出資人出資不到位，顯名股東面臨履行公司出資義務的風險。
　　顯名股東承擔公司債務的風險：作為登記股東，有可能成為公司債權人追償的對象。
　　顯名股東遭事后追償：委托表決行為不被認可，遭隱名股東事后追償。
　　顯名股東轉讓股權給隱名股東時，存在納稅風險：顯名股東轉讓股權給隱名股東時，變更公司股權登記僅為形式變更，因此項變更不產生股權轉讓所得，則轉讓方無需繳納企業所得稅/個人所得稅。但實踐操作中，顯名股東往往因缺乏足夠證據證明該轉讓基于股權代持，則顯明股東作為股權轉讓方應就轉讓所得納稅。
對被持股公司的風險
　　公司在資本市場融資面臨法律障礙：IPO或新三板掛牌均要求公司股權清晰，若在上市或掛牌前未進行充分的信息披露，并采取必要的措施把問題解決掉，可能會對上市或掛牌造成法律障礙；即便上市或掛牌成功，代持現象被發現也會面臨被證監會或股轉公司調查或處罰的風險。