法律分析：確認股權轉讓協議無效由被告住所或合同履行地的人民法院管轄，法律管轄指各級人民法院和同級人民法院之間，受理一審民事案件的分工和權限。這是人民法院系統內部劃分和確定某級或同級人民法院對某民事案件行使審判權的問題。確認合同無效的管轄權必須首先根據合同中管轄權的約定，在一般合同中糾紛解決中管轄法院有明確的規定，如果有管轄權的約定，必須根據雙方的事前約定確定管轄權。其次，雙方在合同糾紛發生后，也可以協商確定管轄權。當然，這種事前或事后管轄權的約定不能違反法律對等級管轄和專屬管轄的規定。最后，如果合同糾紛雙方在合同中沒有事先約定解決糾紛的管轄法院，之后無法協商確定管轄權，則根據《民事訴訟法》第23條的規定，由被告住所或合同履行地的人民法院管轄。

法律依據：《中華人民共和國民事訴訟法》

第二十三條 因合同糾紛提起的訴訟，由被告住所地或者合同履行地人民法院管轄。

第三十四條 合同或者其他財產權益糾紛的當事人可以書面協議選擇被告住所地、合同履行地、合同簽訂地、原告住所地、標的物所在地等與爭議有實際聯系的地點的人民法院管轄，但不得違反本法對級別管轄和專屬管轄的規定。

對于如何處理股權轉讓合同糾紛這個問題，下面我將做簡要分析。
股權轉讓合同可能出現的爭議很多，如轉讓方向受讓方提供了虛假的公司賬目或信息、受讓方沒有按照約定履行付款義務等等。這些糾紛，根據合同法的規定，由違約方承擔責任，協商不成可以起訴違約方。有一種情形稍微特別一些，就是股權轉讓合同簽訂并履行后，股東的工商注冊變更登記因其他股東的阻擾不能順利進行，受讓方能否因此主張解除股權轉讓合同，要求返還轉讓款并賠償損失？
在此情況下，轉讓方只要在轉讓前盡到通知義務后，一般不會有其他過錯，因此還是應該承認股權轉讓合同的對雙方的約束力，不支持受讓方因上述原因解除合同的要求。在這種情況下，股權受讓方可以起訴公司，以配合辦理變更工商注冊登記為理由，請求法院判令公司履行法律規定的義務，排除對受讓股東行使權利的妨礙。

《中華人民共和國公司法》第七十一條有限責任公司的股東之間可以相互轉讓其全部或者部分股權。股東向股東以外的人轉讓股權，應當經其他股東過半數同意。股東應就其股權轉讓事項書面通知其他股東征求同意，其他股東自接到書面通知之日起滿三十日未答復的，視為同意轉讓。其他股東半數以上不同意轉讓的，不同意的股東應當購買該轉讓的股權；不購買的，視為同意轉讓。經股東同意轉讓的股權，在同等條件下，其他股東有優先購買權。兩個以上股東主張行使優先購買權的，協商確定各自的購買比例；協商不成的，按照轉讓時各自的出資比例行使優先購買權。