環境保護稅網上申報流程如下： 1、進入國家稅務局網上辦稅服務廳； 2、點擊申報通道，閱讀填報說明； 3、如實填寫環境保護稅申報表，保存并提交； 4、利用“網上劃款”功能對正式申報的申報表進行開票，開票成功由稅務局根據開票信息進行劃款。

《稅收征收管理法》第二十五條 納稅人必須依照法律、行政法規規定或者稅務機關依照法律、行政法規的規定確定的申報期限、申報內容如實辦理納稅申報，報送納稅申報表、財務會計報表以及稅務機關根據實際需要要求納稅人報送的其他納稅資料。扣繳義務人必須依照法律、行政法規規定或者稅務機關依照法律、行政法規的規定確定的申報期限、申報內容如實報送代扣代繳、代收代繳稅款報告表以及稅務機關根據實際需要要求扣繳義務人報送的其他有關資料。 第二十八條 稅務機關依照法律、行政法規的規定征收稅款，不得違反法律、行政法規的規定開征、停征、多征、少征、提前征收、延緩征收或者攤派稅款。農業稅應納稅額按照法律、行政法規的規定核定。

1. 登錄【電子稅務局】—【我要辦稅】—【稅費申報及繳納】—【綜合申報】—【財產和行為稅合并納稅申報】，或在電子稅務局右上角搜索欄搜索“財產和行為稅合并納稅申報”（搜索欄支持模糊查詢）。
2. 納稅人進行環境保護稅申報時，應先進行環境保護稅稅源信息采集。點擊申報表信息中環境保護稅的“稅源采集”鏈接后，系統將跳轉到環境保護稅基礎信息采集表界面。
3.環境保護稅稅源采集分為2個步驟，第1步先采集污染物類別、排放口編號等稅源基礎信息，第2步采集申報計算及減免信息。首次申報時，需要采集環境保護稅基礎信息。在“環境保護稅稅源信息表”—“污染物類別”，勾選納稅人排放的污染物種類；在“稅源基礎采集信息”模塊，點擊【新增】進入“稅源信息采集”界面。根據實際情況填寫相關信息，確認無誤后點擊【保存】。
4. 如果已采集的基礎信息需要修改，則點擊【修改明細】進行數據修改，修改完畢后提交保存。
5. 選中新增或修改后的信息后，點擊【提交數據】，系統提示“提交成功”，點擊【確定】即可。
點擊【大氣、水污染物基礎信息采集表】進入大氣、水污染基礎信息采集界面。
點擊大氣、水污染基礎信息采集表【新增】按鈕，系統彈窗顯示已采集的大氣、水污染稅源信息，選擇某一條或多條記錄后點擊【確定】，進入大氣、水污染基礎信息采集表填寫界面
點擊【修改明細】可對大氣、水污染采集信息進行修改，修改后點擊【保存】。
選中已修改信息，點擊【提交數據】，系統提示“數據提交成功”。
點擊【噪聲基礎信息采集表】進入噪聲基礎信息采集界面。點擊【新增】，系統彈窗顯示已采集的噪聲稅源信息，選擇某一條或多條記錄后點擊【確定】，進噪聲基礎信息采集表填寫界面。
點擊【修改明細】可對噪聲采集信息進行修改，修改后點擊【保存】。
選中已修改信息后，點擊【提交數據】，系統提示“數據提交成功”。
點擊【固體廢物基礎信息采集表】進入固體廢物基礎信息采集界
點擊固體廢物基礎信息采集表【新增】按鈕，系統彈窗顯示已采集的固體廢物稅源信息，選擇某一條或多條記錄后點擊【確定】，進入固體廢物基礎信息采集表填寫界面。
點擊【修改明細】可對固體廢物采集信息進行修改，修改后點擊【保存】。
選中已修改信息，點擊【提交數據】，系統提示“數據提交成功”。
點擊【產排污系數基礎信息采集表】進入產排污系數基礎信息采集界面。
點擊產排污系數基礎信息采集表【新增】按鈕，進入產排污系數基礎信息采集表填寫界面，填寫完畢后點擊【保存】。
溫馨提示：納稅人采用排污系數法計算污染物排放量的，產排污系數基礎信息采集，在錄入“稅源基礎信息采集”之前，優先錄入。
點擊【修改明細】可對固體廢物采集信息進行修改，修改后點擊【保存】選中已修改信息，點擊【提交數據】，系統提示“數據提交成功”。
6. 如果已采集基礎信息，且不需要修改，那么可直接進行第2步，采集申報計算及減免信息采集。點擊【申報計算及減免信息采集】跳轉到申報計算及減免信息采集界面。
選擇對應的需計算項目，點擊【增行】，選擇“月份”及“稅源編號”，填寫相關信息。
填寫完畢后，點擊【保存】，系統提示“保存成功”。
7.信息采集完成后，關閉頁面，點擊【跳轉申報】返回“財產和行為稅合并納稅申報申報”界面。
8.輸入稅款所屬期，選中環境保護稅申報表信息，點擊【選擇未申報稅源】。
法律依據
《中華人民共和國環境保護稅法》
第一條 為了保護和改善環境，減少污染物排放，推進生態文明建設，制定本法。
第二條 在中華人民共和國領域和中華人民共和國管轄的其他海域，直接向環境排放應稅污染物的企業事業單位和其他生產經營者為環境保護稅的納稅人，應當依照本法規定繳納環境保護稅。
第三條 本法所稱應稅污染物，是指本法所附《環境保護稅稅目稅額表》、《應稅污染物和當量值表》規定的大氣污染物、水污染物、固體廢物和噪聲。

環境保護稅，是依照環境保護稅法規定，直接向環境，包括中華人民共和國領域和中華人民共和國管轄的其他海域，排放應稅污染物的企業事業單位和其他生產經營者征收繳納稅費。其中應稅污染物包括大氣污染物、水污染物、固體廢物和噪聲。

《中華人民共和國環境保護稅法》
第二條
在中華人民共和國領域和中華人民共和國管轄的其他海域，直接向環境排放應稅污染物的企業事業單位和其他生產經營者為環境保護稅的納稅人，應當依照本法規定繳納環境保護稅。