風險一：不可抗力風險
這種風險分為兩類：一是不可抗力的發生直接導致作為轉讓標的的股權消滅而導致履行不能的風險。簡單的說就是，由于公司運營過程中違法經營，觸犯了法律的禁止性規定，而由行政機關代表國家依法強制注銷登記，使公司的股權歸于消滅。此時，如果已簽訂股權轉讓合同的公司股東對公司的違法犯罪活動知情，為惡意當事人，則轉讓合同的效力可能因違反誠實信用原則而歸于無效，自然不發生風險負擔問題。
如果已簽訂權轉讓合同的公司股東對公司的違法犯罪活動不知情，為善意當事人，且受讓方也是善意的交易相對方，此時便會發生風險負擔問題。
二是不可抗力的發生不會致使股權消滅而導致履行不能，而會使股權的價值急劇減少的風險。此時，首先應考慮能否適用情勢變更規則變更或解除合同，以此實現雙方當事人利益的平衡。由于情勢變更的充分舉證難度較大，且在實踐中由于公司本身的性質差異極大，往往難以適用情勢變更規則公平地解決該問題。在這種情形下，一旦無法運用情勢變更規則，就應適用風險負擔規則加以解決。
風險二：意外事件風險
雖然意外事件并不會直接使公司主體資格不存在而導致股權的消滅，但與不可抗力類似，意外事件也可能導致公司資產的巨大損失甚至于瀕臨破產，從而使股權價值驟減。譬如，公司因生產造成環境污染而負擔巨額的賠償責任，有時造成此污染的公司并無過錯，但仍要承擔無過錯責任。對于轉讓合同的當事人而言，這樣的結果雙方往往均無過錯。此時，仍然首先考慮能否適用情勢變更規則。一旦雙方均無法充分舉證證明此種情況屬于情勢變更可以適用的情形，便需要通過風險負擔規則來解決。
風險三：第三方過錯風險
與意外事件相似，第三方過錯一般不會直接導致股權的消滅，而可能造成股權價值的減少。該種風險不適于運用情勢變更規則加以解決，因為該類風險屬于第三方侵權造成的損失在轉讓合同雙方當事人之間分配的問題，往往需要首先運用風險負擔規則將損失在雙方當事人之間分配。一旦合同的一方當事人承擔了風險的損失后，該當事人當然有權向造成風險的有過錯的第三人追償;如果之前投有相應的保險，負擔風險的合同當事人還可以向保險公司申請獲得理賠。
風險四：公司股權性質風險
上述風險幾乎是股權轉讓合同與普通買賣合同所共同面臨的風險。然而，除了以上幾類來源可能造成的股權轉讓風險之外，還有一類風險十分特殊，因為它僅僅發生在公司股權轉讓過程當中，即由公司股權自身性質所導致的風險。例如，由于公司股東會或董事會決策錯誤，造成公司在經營和交易的過程中遭受巨大損失，導致轉讓的股權價值急劇減少。該類風險既不屬于不可抗力或意外事件，也很難說是由于第三方過錯造成的。
因為董事的決策只要符合“商事判斷規則”，就可能獲得免責的保護，而股東一般不會因為正當行使表決權后決策結果造成公司損失而被要求承擔責任。
風險五：公司負債的風險
在股權轉讓合同中，受讓方最關心的應該是目標公司的負債問題。負債應包括出讓股東故意隱瞞的對外負債和或有負債。或有負債包括受讓前，目標公司正在進行的訴訟的潛在賠償，或因過去侵犯商標或專利權、劣質產品對客戶造成傷害等未來可能發生的損害賠償，這些均不是股權出讓方故意不揭示或自己也不清楚的負債。