區別為：
1、企業會計對本企業一定時間內的財務狀況進行全面審查整理，按照審計程序，出具的報告，稱為審計報告。
2、審核報告是審計人員對企業的財務報表進行審核之后，制作的報告書。

一、依據不同：工程竣工決算審計依據《審計法》和審計署發《基本建設竣工決算審計工作要求》進行；工程造價審核主要是根據國家有關法規和政策，依據國家建設行政主管部門頒發的工程定額工料消耗標準、取費標準以及人工、材料、機械臺班價格參數、設計圖紙和工程實物量，工程造價的確認和控制進行有效的監督檢查。
二、標的不同：工程竣工結算審計以基建項目為標；工程造價審核以單位工種為標。
三、從業人員不同：工程竣工結算審計以會計師、審計師為主；工程造價審核以工程經濟和工程技術人員為主。目前國家正在實行注冊造價工程師制度，今后的工程造價審核，將以造價工程師為主。
四、法律效力不同：工程竣工結算審計機關和被審計單位是一種審計行政法律關系，審計機關的審計監督只對被審計單位產生法律效力，對其它單位不產生連帶法律約束力；而工程造價審核中的工程結算審核，以施工承包合同為基礎．以承發包雙方發生的實物交易為依據，按照國家或地方施工工、料、機消耗標準進行核算，對雙方有約束力。
五、目的不同：工程竣工結算審計的目的是加強對公有制投資者資金進行有效的控制，減少投資者濫用職權截留資金，轉移資金于小金庫，造成建設資金流失，實施違法違規行為。其職能是一種監督行為；工程造價審核的目的是運用科學、技術原理和經濟法律手段，解決工程建設活動中工程造價的確定與控制，從而達到提高投資效益的經濟效益目的的行為，是確定造價的實施過程和行為。