法律分析：
加班費也屬于扣稅的范圍。對勞動者而言，加班費是一種補償，因為其付出了過量的勞動;對于用人單位而言，支付加班費能夠有效地抑制用人單位隨意地延長工作時間，保護勞動者的合法權益。2012年2月，稅務總局納稅服務司表示節假日加班費需依法納稅。應納稅所得額=月度收入-5000元(起征點)-專項扣除(三險一金等)-專項附加扣除-依法確定的其他扣除。加班費應當扣稅。加班費屬于員工正常的薪資，并不屬于國家統一規定的免稅項目，所以加班費應當計入個稅起征點，即并入當月的工薪收入的個人所得稅，進行依法納稅。

法律依據：
《中華人民共和國稅收征收管理法》
第一條 為了加強稅收征收管理，規范稅收征收和繳納行為，保障國家稅收收入，保護納稅人的合法權益，促進經濟和社會發展，制定本法。
第二條 凡依法由稅務機關征收的各種稅收的征收管理，均適用本法。
第三條 稅收的開征、停征以及減稅、免稅、退稅、補稅，依照法律的規定執行;法律授權國務院規定的，依照國務院制定的行政法規的規定執行。
任何機關、單位和個人不得違反法律、行政法規的規定，擅自作出稅收開征、停征以及減稅、免稅、退稅、補稅和其他同稅收法律、行政法規相抵觸的決定。　

衍生問題：
加班補助標準是什么？
行政事業單位加班補助規定的標準是在標準工作日內安排勞動者延長工作時間的，支付不低于工資的150%的工資報酬;休息日安排勞動者工作又不能安排補休的，支付不低于工資的200%的工資報酬;法定休假日安排勞動者工作的，支付不低于百分之三百的工資報酬。

工資超過5000怎么計算扣稅起征點確定為每月5000元。
1、工資超過5000個稅扣費標準如下：
（1）工資范圍在1-5000元之間的，包括5000元，適用個人所得稅稅率為0%；
（2）工資范圍在5000-8000元之間的，包括8000元，適用個人所得稅稅率為3%；
（3）工資范圍在8000-17000元之間的，包括17000元，適用個人所得稅稅率為10%。
相關法律規定：
一、居民個人的綜合所得，以每一納稅年度的收入額減除費用六萬元以及專項扣除、專項附加扣除和依法確定的其他扣除后的余額，為應納稅所得額。減稅向中低收入傾斜。新個稅法規定，歷經此次修法，個稅的部分稅率級距進一步優化調整，擴大3%、10%、20%三檔低稅率的級距，縮小25%稅率的級距，30%、35%、45%三檔較高稅率級距不變。新個稅法于2019年1月1日起施行，2018年10月1日起施行最新起征點和稅率。新個稅法規定，自2018年10月1日至2018年12月31日，納稅人的工資、薪金所得，先行以每月收入額減除費用五千元以及專項扣除和依法確定的其他扣除后的余額為應納稅所得額，依照個人所得稅稅率表（綜合所得適用）按月換算后計算繳納稅款，并不再扣除附加減除費。
二、扣稅法定對象我國個人所得稅的納稅義務人是在中國境內居住有所得的人，以及不在中國境內居住而從中國境內取得所得的個人，包括中國國內公民，在華取得所得的外籍人員和港、澳、臺同胞。工資薪金包括基本工資、獎金、津貼、補貼、年終加薪、加班工資，以及與員工任職或者受雇有關的其他支出。企業工資稅前扣除依據實際發放原則，即收付實現制原則，企業預提的工資沒有實際發放的不可以稅前扣除。同時“工資、薪金總額”，是指企業實際發放的工資、薪金總和，不包括企業的職工福利費、職工教育經費、工會經費以及養老保險費、醫療保險費、失業保險費、工傷保險費、生悔雀育保險費等社會保險費和住房公積金。
三、免征個稅的項目按國家統一規定發放的補貼、津貼；延長離退休年齡的高級專家從所在單位取得的補貼；個人按規定標準取得獨生子女補貼和托兒補助費，不征收個人所得稅。但超過規定標準發放的部分應當并入工資薪金所得。獨生子女補貼、托兒補助費具體標準根據當地規定；工傷補貼；差旅費津貼，按財政部門規定個人因公在城區、郊區工作，不能在工作單位或返回就餐，確實需要在外就餐的，根據實際誤餐頓數，按規定的槐前兆標準領取的誤餐費，不征個人所得稅；生育津貼，生育婦女按照縣級以上人民政府根據國家有關規定制定鉛租的生育保險辦法取得的生育津貼、生育醫療費或其他屬于生育保險性質的津貼、補貼免征個人所得稅；生活補貼，生活補助費，是指由于某些特定事件或原因而給納稅人本人或其家庭的正常生活造成一定困難，其任職單位按國家規定從提留的福利費或者工會經費中向其支付的臨時性生活困難補助；撫恤金，救濟金，救濟金，是指各級人民政府民政部門支付給個人的生活困難補助費等。綜上所述，我們可以知道，起征點確定為每月5000元，居民個人的綜合所得，以每一納稅年度的收入額減除費用六萬元以及專項扣除、專項附加扣除和依法確定的其他扣除后的余額，為應納稅所得額。
綜上所述，工資超過5000納稅，是有分級的，每一個級別的納稅比例和速算扣除數都不一樣。
【法律依據】：
《中華人民共和國個人所得稅法》第二條
下列各項個人所得，應當繳納個人所得稅：
（一）工資、薪金所得；
（二）勞務報酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特許權使用費所得；
（五）經營所得；
（六）利息、股息、紅利所得；
（七）財產租賃所得；
（八）財產轉讓所得；
（九）偶然所得。
居民個人取得前款第一項至第四項所得（以下稱綜合所得），按納稅年度合并計算個人所得稅；非居民個人取得前款第一項至第四項所得，按月或者按次分項計算個人所得稅。納稅人取得前款第五項至第九項所得，依照本法規定分別計算個人所得稅。