工程造價的審計程序有三步：合理確定工程造價審核人員，審核資料的收集、整理及采用，審核工作的具體實施。

一、對合同、協議、招投標文件的審核是工程審計的基礎和前提
進行工程造價審計，首先應仔細研究合同、協議、招投標文件，確定工程價款的結算方式。
合同依據計價方式的不同，可分為總價合同、單價合同和成本加酬金合同。
其中，總價合同又分為固定總價合同和調價總價合同；單價合同又分為估計工程量單價合同、純單價合同和單價與包干混合式合同。先確定合同的計價類型，再仔細研究其中的調價條款，根據結算調價條款進行工程價款審計。
目前，許多工程合同簽訂后，甲乙雙方都會簽訂補充協議。大多數的補充協議都會對合同的結算調價條款進行補充或更改，一般情況下施工單位會進一步讓利，但也有個別工程建設單位會給出增加工程價款的條件，特別是政府投資工程。
2005年1月1日最高人民法院出臺了關于審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋，可據此分析判斷補充條款的有效性。如果只是對合同主條款和招投標文件內容進行補充或做一些次要內容的更改，應視為有效；如果對合同主條款或招投標文件進行了較大的更改，違背了主合同和招投標文件的主要意思表示，應視為陰陽合同，作無效處理。做出無效判斷要十分謹慎，必要時可以向相關法律部門咨詢。
二、工程量的審核是工程審計的根本
施工單位一般會通過虛增工程量，重復計算工程量來增加造價。審減工程量是降低工程造價的基本手段。對工程量進行審計，首先要熟悉圖紙，再根據工作細致程度的需要、時間的要求和審計人力資源情況，結合工程的大小、圖紙的簡繁選擇審核方法。采用合理的審核方法不僅能達到事半功倍的效果，而且直接關系到審核的質量和效率。
工程量審計方法主要有以下幾種：全面審核法、重點審核法、對比審核法、分組計算審核法、篩選法等。
其各有不同的適用范圍和優缺點，應根據具體情況科學選用。
一些圖紙不明確的工程需要進行現場計量，審計人員則一定要到現場，按計量規則進行計量。對隱蔽工程可以通過查閱隱蔽工程驗收記錄來確定其真實情況。
另外要特別重視施工組織設計，即技術標準在工程審計中的作用。
部分施工內容如大型機械種類、型號、進退場費、土方的開挖方式、堆放地點、運距、排水措施、混凝土品種的采用及其澆筑方式，以及牽扯造價的措施方法等，可依據施工組織設計和技術資料做出判斷。
三、定額子目套用的審核是審計重點
施工單位一般會通過高套定額、重復套用定額、調整定額子目、補充定額子目來提高工程造價。在審核套用預算單價時要注意以下幾個問題：對直接套用定額單價的審核首先要注意采用的項目名稱和內容與設計圖紙的要求是否一致，如構件名稱、斷面形式、強度等級(砼或砂漿標號)、位置等；其次要注意工程項目是否重復套用，如塊料面層下找平層、瀝青卷材防水層、瀝青隔氣層下的冷底子油、預制構件中的鐵件、屬于建筑工程范疇的給排水設施等。在采用綜合定額預算的項目中，這種現象尤為普遍，特別是項目工程與總包及分包有聯系時，往往容易產生工程量的重復計算。各地的綜合定額不一致，一定要注意。
對換算的定額單價的審核要注意換算內容是否允許換算，允許換算的內容是定額中的人工、材料或機械中的全部還是部分，換算的方法是否正確，采用的系數是否正確。
對補充定額單價的審核主要是檢查編制的依據和方法是否正確，材料種類、含量、預算價格、人工工日含量、單價及機械臺班種類、含量、臺班單價是否科學合理。
四、材料價格的審核是審計的重中之重
材料價格是影響工程總造價的敏感因素，亦是非常活躍的動態因素。
材料價格是工程造價的重要組成部分，直接影響到工程造價的高低。原則上應根據合同約定方法，再結合甲方現場簽證確定材料價格。合同約定不予調整的，審計時不應調整；合同約定按施工期間信息價格調整的，可以根據施工日記及施工技術材料確定具體的施工期間及各種材料的具體使用期間：有些工程工期較長，或有階段性停工的，可根據各種材料的使用時期采用使用期間的平均信息價，這樣比較貼近工程真實造價。
對于信息價中沒有發布的或甲方沒有簽證的材料價格，需要平時對材料價格的收集積累，必要時可以三方一起進行市場考察確定。隨著社會的發展，新材料新工藝的應用，建材市場上出現很多新材料，特別是裝潢材料，施工單位一般申報價格較高，應重視市場調查。
五、簽證的審核是審計成功的保障
不少施工單位采取低價獲取工程，然后通過施工過程中增加簽證來達到獲利的目的。大多數工程的最終結算價都比合同價款高出很多．有的甚至成倍增長，原因固然是多樣的，但簽證是施工單位增加造價最重要最常用的工具。
審核簽證的合法性、有效性，一是看手續是否符合程序要求、簽字是否齊全有效，例如索賠是否在規定的時間內提出，證明材料是否具有足夠的證明力。
二是看其內容是否真實合理，費用是否應該由甲方承擔。有些簽證雖然程序合法、手續齊全，但究其內容并不合理，違背合同協議條款，對于此類簽證不應按其結算費用。例如雨水排水費用、施工單位為確保工程質量的措施費用等。
三是復核計算方法是否正確、工程量是否正確屬實、單價的采用是否合理。例如對索賠項目的計算要注意在計算閑置費時，機械費不能按機械臺班單價乘閑置天數，而只能計算機械閑置損失或租賃費等。對簽證的復核審計是一項費時費力的工作，審計人員只有掌握較為全面的工程施工技術、預決算技術和現場管理知識，才能輕松面對，確保審計成功。
六、費用的審核是審計的最后關口
取費應根據工程造價管理部門頒發的定額、文件及規定，結合工程相關文件(合同、招標投標書等)來確定費率。審核時應注意取費文件的時效性、執行的取費表是否與工程性質相符、費率計算是否正確、人工費及材料價差調整是否符合文件規定等等。如計算時的取費基數是否正確，是以人工費為基礎還是以直接費為基礎，對于費率下浮或總價下浮的工程，在結算時特別要增加造價部分是否同比例下浮等，另外在計算下浮時要注意把甲方供材扣除。