申請新三板上市，第一步是與券商簽訂推薦上市協議。
接著，公司必須滿足新三板上市的具體要求。
隨后，需要啟動股改程序，公司由有限公司變更為股份公司，以股改基準日經審計的凈資產值整體折股。
主辦券商對擬上市的公司進行盡職調查，確保公司符合上市標準。
緊接著，主辦券商設立內核機構，對公司進行內部審核，確保信息真實、準確。
審核完成后，主辦券商將上市申請提交至中國證券協會進行最終審核。
待審核通過，新三板上市流程即告完成。

在準備企業新三板上市的過程中，第一步是尋找合適的中介機構，這個過程大約需要2到3個月。通常，這些中介包括主辦券商、會計師事務所（含評估機構）和律師事務所，其中主辦券商起到最關鍵的作用。選擇券商時，應尋找隸屬總部級別或大券商分公司的團隊，并直接對接項目負責人。同時，該項目負責人需要具備成功掛牌2個以上案例的經驗。切忌找券商高管，以免自上而下推進。
第二步是券商及中介機構進行初步盡調，這個過程大約需要1個月。通常由券商牽頭，會計師先行進場，對公司財務進行前期梳理和盡調。企業應將最真實的情況展示給會計師，不要隱瞞事實。中介機構作為幫助企業解決問題的服務商，不是監管部門的處罰機構。會計師盡調之后，將發現的問題匯整，由券商項目負責人組織召開中介機構協調會，討論問題并給出草擬方案，初定股改基礎日。
接下來的第三步是企業按照方案進行整改，并由中介機構進行貼身指導，這個過程通常需要3到5個月。券商、會計師、律師將與企業一起討論并解決初步盡調中發現的核心問題。企業能否掛牌新三板，這個環節往往最為關鍵。
第四步是完成股改并報送材料，這個過程大約需要4個月。企業問題整改完畢后，可以進行股份制改造。會計師出具審計報告，評估師出具評估報告，律師出具法律意見書，券商完成申報資料的制作，并通過內核，正式報送至全國中小企業股份轉讓系統（新三板）。
最后一步是反饋及掛牌，這個過程大約需要2到3個月。材料報送后，監管部門會針對公司的特殊問題出具反饋意見，企業及各中介機構需在10個工作日內完成反饋回復。期間的工作比較緊張，通常的做法是第一周內各中介機構合力回復反饋答案；第二周定稿、過券商內核、走流程、用印蓋章。企業完成證券登記后，即可在新三板掛牌交易。