畢業論文不合格，學校不會發放畢業證書。

《普通高等學校學生管理規定》第三十三條規定，學生在學校規定學習年限內，修完教育教學計劃規定內容，但未達到學校畢業要求的，學校可以準予結業，發給結業證書。

結業后是否可以補考、重修或者補作畢業設計、論文、答辯，以及是否頒發畢業證書、學位證書，由學校規定。合格后頒發的畢業證書、學位證書，畢業時間、獲得學位時間按發證日期填寫。

擴展資料

不及格（59分以下，同時具備以下三條或三條以上者）：

1、在畢業論文工作期間，態度不夠認真，有違反紀律的行為。

2、在教師指導下，仍不能按時和全面地完成與畢業論文有關的各項任務。

3、論文中，理論分析有原則性錯誤，或結論不正確。

4、論文寫作格式不規范，文中使用的概念有不正確之處，欄目不齊全，書寫不工整。

5、論文中的圖表.設計中的圖紙在書寫和制作上不規范，不能夠執行國家有關標準。

6、原始數據搜集不得當，計算結論不準確，不能正確使用計算機進行研究工作。

7、在論文答辯時，不能正確闡述主要內容，經答辯教師啟發，仍不能正確地回答各種問題

參考資料：百度百科-普通高等學校學生管理規定

論文查重不過什么后果？那得看情況了：

1.如果學校知網查重要求：每人2-3次機會，有一次達標即可。

你只是第一次查重超標的話，那么無所謂，最多被導師罵一頓，后續好好改改即可。

2.如果學校知網查重要求：每人2-3次機會，初次查重超過N%不合格。

這種學校也不少，雖然給你很多次機會，但是初稿超標直接延期畢業。這種碩士的比較多一些，本科學校也有但不多。如果超標就自求多福吧，申請看能不能法外開恩。

3.如果你學校知網查重只有一次機會，或者全部機會都用完了還沒過。

這就很麻煩了，查重是個硬標準。內容再垃圾，老師給你放水的話，還能混過去。查重不過算學術不端，沒有老師敢放你通過。連答辯的資格都沒有，這相當于考試交白卷，想給你60分都不行。當然，這種還是有機會的，可以跟導師或者查重老師求情能不能多給一次機會。