既然簽了三方協議，而且三方都已經蓋章簽名了，那么這份三方協議就已經正式生效了，不管有沒有交到學校，都具有法律效力，上面填寫了違約金，如果毀約的話是要交違約金的，除非公司同意不用你交。
1.如果只是檔案的問題，你可以拿別人的三方跟國企簽約，然后國企會開接收函給你，你拿著接收函和三方協議回學校登記，到時學校發的報到證就會開到國企去，到時戶口遷移證也是開到國企去，檔案也會寄到國企去（這樣的原理是：報到證是根據接收函和三方協議的信息來登記的，如果你不交之前的民營公司那份，報到證和檔案戶口是跟它沒關系的）。
2.公司的那聯在公司那邊，最大的問題是公司會不會起訴你，然后索取違約金
3.你不去報到的話，公司可能會要求你交違約金
這兩個問題的解決方法是：最好跟民營公司商量一下，看看能不能不交或少交違約金。
4.解約的話三方協議上面應該有公司負責人的聯系方式，打上面的聯系方式就行了。

協議的條款對于應屆畢業生很難兌現。讓賠違約金他沒錢。
不過最好還是協商解決，之后讓學校抓緊時間改派。
補充回答：國家沒有這方面的規定，況且依你說的，協議本身就沒有約束力。放心的去讀研究生吧，你很有前途，祝福你！

如果在協議上規定了違約金就要相應的進行賠償
另外違約的話學校可能不允許，不給你新的三方協議

這個違約責任，可大可小，很麻煩，你跟單位負責人協商好
看那個人力經理好不好說話了，協商好了你就不用負責任了

你就說因為編制的問題，不想去了，最好別說考研了，說考研就成了你的問題 你違約
有的公司很反感學生簽約后去考研，增加他們的工作量，
肯定往屆也有不少學生把他們放鴿子給耍了想想公司人力資源的心情

最好說是編制的原因你不想去了，編制的問題就是他們的問題，他們答應你卻實現不了

如果實在協商不了，最后的殺手锏，畢業前你的檔案應該發送到考研的學校，別發送到簽約單位，要是到了他們單位你的檔案在取出來就要負違約責任了。

跟公司說點好話，協商好了，你都不想去了，公司也不會強留，抓緊時間說人家也好招牌人，要是拖到最后就什么都晚了

我剛剛辦理完違約的事情哦。像你說的這種情況，不會有什么嚴重的法律責任的。一般單位是這樣的，在簽協議之前會給大家開會聲明，考上研究生、公務員的違約時不需要交違約金，換其他單位的那就要負相應的責任啦，然后會在備注欄里寫上違約金額之類的，一些雙方協議的條款。。。但如果你和單位簽協議時沒注明違約金的話，你就不用交了，何況你是考上研的，但是你不要因為著急態度強硬的去說。還是和單位好好解釋，好好商量，違約的時候嘴甜一點，雖然我們有理，但是單位給你拖上一段時間人家也沒錯，受苦的就是我們了。。。態度好些，商量下，譬如說“想趁年輕多學點知識，研究生畢業后還是很希望為貴單位效勞的。”。。之類的話。。。總之，拿到解約函是我們的目標！然后去校就業辦辦理相關手續就OK啦。祝一切順利哈！！！

不會有什么后果，學校要它就是為了統計就業率。你不用著急，這對你沒啥影響。畢業前交給學校就趕趟。不按時交不會影響檔案。干部身份和這個也沒半毛錢關系，干部身份是你工作一年后才需要考慮的事

應屆畢業生三方協議如果不按時上交會影響畢業生報道證的取得，同時會影響干部身份的保留。
只有按時上交三方協議，學校才能協助畢業生辦理報到證，畢業生畢業后帶著報到證去檔案寄放地報到，一年以后辦理轉正定級，保留干部身份。
報道證的作用：
1、報到證是教育主管部門正式派遣畢業生的憑證；
2、報到證是畢業生到用人單位報到的憑證，憑報到證報到以后，方可開始計算工齡；
3、報到證是用人單位接收畢業生的重要文字證明；
4、報到證是任何一個合法的人才中心、檔案管理機構接收畢業生檔案的證明；
5、報到證是用人單位給畢業生落戶、接管檔案的重要憑證和依據；
6、報到證證明持證的畢業生是納入國家統一招生計劃的學生。

獲取畢業證會出現問題。
三方協議是《普通高等學校畢業生、畢業研究生就業協議書》的簡稱，它是明確畢業生、用人單位、學校三方在畢業生就業工作中的權利和義務的書面表現形式，能解決應屆畢業生戶籍、檔案、保險、公積金等一系列相關問題。協議在畢業生到單位報到（憑《全國普通高等學校本專科畢業生就業報到證》或《全國畢業生研究生報到證》）、用人單位正式接收后自行終止。
中文名
普通高等學校畢業生就業協議書全國普通高等學校畢業生、畢業研究生就業協議書
簡 稱
三方協議
表現形式
三方在就業中權利的書面表現形式
解決問題
畢業生戶籍檔案保險公積金等問題
派發對象
應屆普通高等學校統招畢業生
目錄
1 基本概念
2 意義作用
3 注意事項
4 法律問題
▪ 三方協議之試用期時限
▪ 三方協議之試用期辭職
▪ 三方協議之試用期辭退

基本概念編輯
三方就業協議書不同于勞動合同。首先，三方就業協議書是國家教育部統一印制的，主要是明確三方的基本情況及要求。三方就業協議書制定的依據是國家關于高校畢業生就業的法規和規定，有效期為：自簽約日起至畢業生到用人單位報到止的這一段時間。而勞動合同是受《勞動法》和《合同法》的限定和保護，有些用人單位如許多外企在確定錄用時（注：在到用人單位報到前），就同時要求和畢業生簽訂一份類似勞動合同的協議；而更多的用人單位則要求先簽“就業意向書”，畢業生報到后再簽訂勞動合同。其次，就業協議是三方合同，它涉及學校、用人單位、學生等三方面，三方相互關聯但彼此獨立；而勞動合同是雙方合同，它由勞動者和用人單位兩方的權利、義務構成。第三，畢業生簽訂就業協議時仍然是學生身份，但是簽訂勞動合同時應當是勞動者身份。勞動合同一經簽訂，就業協議的效力應當喪失。若勞動合同與三方協議附件內容矛盾，則以勞動合同為準。

意義作用編輯
三方協議一旦簽署，就意味著大學生第一份工作就基本確定。因此，應屆畢業生要特別注意簽約事項。大學生簽三方協議前，須認真查看用人單位的隸屬，國家機關、事業單位、國有企業一般都有人事接收權。民營企業、外資企業則需要經過人事局或人才交流中心的審批才能招收職工，協議書上要簽署他們的意見方能有效。應屆畢業生還要對不同地方人事主管部門的特殊規定有所了解。

注意事項編輯
簽勞動合同要注意四個方面：
一要明確職務和崗位，否則，用人單位會利用調職的方式，變相壓迫畢業生主動辭職，且不支付任何經濟補償金；
二要防止用人單位不斷用換崗位的方式，反復延長試用期，因為同一個崗位同一個人不能適用兩次試用期，而換崗位就沒有限制了（其實這招已經不用再防了，根據2008年1月日生效的《勞動合同法》同一用人單位與同一勞動者只能約定一次試用期）；
三要在勞動合同中明確最低的工資標準，最好能將年終獎用條款固定下來，作為工資的一部分。由于我國暫時沒有對年終獎定性，這個法律空白有可能被用人單位利用，將來成為克扣薪水的一種方式；
四要了解用人單位是否給員工辦理社會保險。如果沒有社保，等于工資減去很多，還不能享受國家和單位的社保福利。
簽三方協議要留心六個細節：
第一，要看填寫的用人單位名稱是否與單位的有效印鑒名稱一致，如不一致，協議無效；填寫自己的專業名稱時，要與學校教務處的專業名稱一致，不能簡寫。
第二，外企、合資企業、私企一般采用試用期，根據合同期的長度，可以從1―3個月不等，通常試用期為3個月，不得超過6個月。國家機關、高校、研究所一般采用見習期，通常為一年。
第三，不少單位為了留住學生，以高額違約金約束學生。學生在協商中要力爭將違約金降到最低，通常違約金不得超過5000元。但是，勞動法規定，“對負有保密義務的勞動者，用人單位可以在勞動合同或者保密協議中與勞動者約定競業限制條款，并約定在解除或者終止勞動合同后，在競業限制期限內按月給予勞動者經濟補償。勞動者違反競業限制約定的，應當按照約定向用人單位支付違約金。除上述兩種法律規定的情形外，用人單位不得與勞動者約定由勞動者承擔違約金。”所以學生要力爭取消違約金這一條規定。
第四，現行的畢業生就業協議屬“格式合同”，但“備注”部分允許三方另行約定各自的權利義務。為了防止用人單位承諾一套、做一套，畢業生可將簽約前達成的休假、住房、保險等福利待遇在備注欄中說明，如發生糾紛，可以此維護自己合法權利。
第五，當下許多高校為了提高自身就業率，就強迫學生找熟人親屬簽訂“虛假”協議，這對于畢業生來說是不利的，畢業生不應當屈服。
第六，學生在簽訂協議時，要嚴格按照規定的步驟進行。等用人單位填寫完畢、蓋章后再到學校就業指導中心簽證蓋章。切忌自己填寫完畢后就直接到學校畢業生就業指導中心要求蓋章。這樣帶來的后果是，單位在填寫時，工資待遇等與過去承諾的大相徑庭。學生卻因為自己和學校都已經簽字蓋章，回天乏力。或者逆來順受，或者就被迫違約賠償用人單位。
三方協議作為國家統計大學生就業率的一個根據，同時也是國家派遣證發放的一個證明。只有你簽署了三方協議，拿回學校，學校才會在你畢業后將派遣證發給你，而你拿著派遣證到你工作的單位報到，就此開始計算工齡，而你也就擁有了干部身份（每年基本6月25日畢業，所以6月18日前必須將三方交到學校）。
三方協議書是明確畢業生、用人單位、學校三方在畢業生就業工作中的權利和義務的書面表現形式，以便于解決應屆畢業生戶籍、檔案、保險、公積金等一系列相關問題。協議在畢業生到單位報到、用人單位正式接收后自行終止。因而三方協議書只是畢業生、用人單位、學校三方之間簽訂的就業意向，不是勞動關系的法律文件，對勞動關系沒有約束力，只有畢業生到單位報到，并與單位簽訂了勞動合同或形成了事實勞動關系，意向變為現實之后，畢業生才能和用人單位形成正式的勞動關系。有的企業在和學生簽訂三方協議后，要求學生畢業前到公司實習，企業在學生畢業后根據其實習表現及簽訂勞動合同的原則，協商簽訂勞動合同，也可能出現不簽訂的情況。因此，對于畢業生來說，簽訂了三方協議并沒有進入就業的“保險箱”，還需要接受用人單位實習期、試用期的進一步考察。

法律問題編輯
三方協議之試用期內常見的勞動糾紛
在畢業生到用人單位報到后，三方協議即告終止，此時用人單位會與其簽訂一份正式的勞動合同，其中約定了勞動者在單位的試用期限、服務期限、工資待遇及其它各項福利等等事宜，合同簽訂之后，雙方即正式確定了勞動關系。而在上述提到的各項約定內容中，試用期是最容易出現糾紛的階段。因此，關于試用期的法律問題，提醒畢業生以下幾點：
（即是說：一般的順序是先簽訂三方協議，然后報道時簽訂勞動合同，在其中規定相關的事宜以及試用期問題。而且，試用期間或結束后如果用人單位拒絕，則它需要列舉相關的證據。）

三方協議之試用期時限
試用期是用人單位和勞動者建立勞動關系后為相互了解、選擇而約定的不超過六個月的考察期。根據《中華人民共和國勞動合同法》第十九條的規定，勞動合同期限三個月以上不滿一年的，試用期不得超過一個月；勞動合同期限一年以上不滿三年的，試用期不得超過二個月；三年以上固定期限和無固定期限的勞動合同，試用期不得超過六個月。以完成一定工作任務為期限的勞動合同或者勞動合同期限不滿三個月的，不得約定試用期。同一用人單位與同一勞動者只能約定一次試用期。試用期包含在勞動合同期限內。勞動合同僅約定試用期的，試用期不成立，該期限為勞動合同期限。
國家機關、高校、醫藥研究所、醫療行政部門采用見習期，為一年，試用期采用于企業、公司（包括外企、合資、私企），與醫院建立勞動關系的采用試用期。為15日-6個月。見習期可以延長，試用期不能。見習期是具有一定強制力，試用期是雙方約定。

三方協議之試用期辭職
試用期之所以稱為試用，其含義就在于用人單位和勞動者均可在此期間內考察對方是否符合自己的要求，雙方都具有較為自由的解除合同的方式。根據《勞動合同法》第三十七條之規定，勞動者在試用期內提前三日通知用人單位，可以解除勞動合同。
有些用人單位在勞動合同中約定勞動者在試用期解除合同需承擔違約責任，這實際上限制了勞動者的解除權，因此這種約定是侵害勞動者的合法權利的行為，對于這種約定條律，法律一般確認為無效。

三方協議之試用期辭退
根據《勞動法》第二十五條規定，勞動者在試用期間被證明不符合錄用條件的，用人單位可以解除勞動合同，法律規定得很清楚，用人單位可解除勞動合同的條件是其必須舉證證明勞動者在試用期間不符合錄用條件。這里畢業生應當明確，用人單位要求解除勞動合同時，舉證責任在用人單位，勞動者無需提供自己符合錄用條件的證明。
舉證責任無疑限制了用人單位解除勞動合同的隨意性，用人單位如果沒有證據證明勞動者在試用期間不符合錄用條件，用人單位就不能解除勞動合同，否則，用人單位需承擔因違法解除勞動合同所帶來的一切法律后果。
三方協議之兩個試用期是否合法
有些用人單位還會第一個試用期過后與勞動者約定第二個試用期，這種情況應該區別對待。如果前后兩個試用期都是經過雙方協商之后在合同中確定下來，那么，兩個試用期相加超過法律規定的試用期上限的，則不合法，不超過則兩個試用期皆為合法。
三方協議之只簽試用期合同不簽勞動合同
勞動者被用人單位錄用后，雙方可以在勞動合同中約定試用期，試用期應包括在勞動合同期限內，勞動合同是試用期存在的前提條件。不允許只簽訂試用期合同，而不簽訂勞動合同。這樣簽訂的試用期合同是無效的，但“試用期”合同的無效，并不導致勞動法對勞動者的保護失效。根據《勞動合同法》第十九條之規定，勞動合同僅約定試用期的，試用期不成立，該期限為勞動合同期限。北京地區就有規定：北京勞動合同管理規定：只簽訂試用期合同，試用期后用人單位不愿意再簽訂勞動合同，勞動者可以反推（如試用期一月，可反推合同期為一年，反推依據按《勞動法》關于試用期限的相關規定）。另外《上海勞動合同條例》對此也有特別的規定。

你沒說具體的情況，不好給你解答