曠工一天扣三天工資不合法，因為根據法律，規定了用人單位應按勞動合同規定的標準支付勞動者工資，不得克扣或者無故拖欠勞動者的工資，曠工一天應當指扣除當天的工資，扣三天不合法。
因為根據國家相關法律法規的規定，規定了用人單位應按勞動合同規定的標準支付勞動者工資，不得克扣或者無故拖欠勞動者的工資，曠工一天應當指扣除當天的工資，扣三天不合法。曠工是指員工請假沒有獲得批準或沒有履行請假手續而未到崗上班的行為。對于曠工員工的處理方式，除了一般的行政處分與解除勞動合同之外，還有一些單位會采用扣工資的方式。對于勞動者的曠工行為應該用以下幾種方式處理才符合法律規定：一是行政處分，直至解除勞動合同。對于有曠工行為的職工，用人單位根據曠工的天數可以規定不同處分層級，比如警告、嚴重警告，直至解除勞動合同;二是賠償損失。如果因為勞動者曠工使用人單位遭受經濟損失的，用人單位可以向其主張損失賠償。比如值班人員不到崗導致單位被盜;三是扣減績效考核分數。比如單位可以將績效考核分數與績效工資掛鉤，并規定曠工一天，扣減績效考核分數5分。勞動者曠工導致績效考核分數降低，績效工資自然降低。四是扣減獎金。在法律上，獎金支付屬于企業自主權范疇，用人單位在制定獎金發放政策時，完全可以規定：曠工一天，免除當月全部獎金。
法律依據：《中華人民共和國勞動合同法》第三十條 用人單位應當按照勞動合同約定和國家規定，向勞動者及時足額支付勞動報酬。用人單位拖欠或者未足額支付勞動報酬的，勞動者可以依法向當地人民法院申請支付令，人民法院應當依法發出支付令。
《中華人民共和國勞動法》第五十條 工資應當以貨幣形式按月支付給勞動者本人。不得克扣或者無故拖欠勞動者的工資。

我國的勞動法中并沒有關于勞動者曠工工資的扣除規定，這屬于用人單位的自主權，可以在不違反有關法律規定的情況下規定在規章之中。此外，如果因為員工曠工給用人單位造成經濟損失的，用人單位有權要求用勞動者的工資賠償，但每月扣除的部分不得超過勞動者當月工資的20%。
曠工一天一般扣除當日的工資是合法的。當日的工資一般是用月工資除以實際的工作天數。所以具體的扣除多少工資，需要結合本人的工資以及當月的工作日來進行確定。曠工不得克扣員工工資，曠工只能按事假扣工資，也就是曠工當天沒有工資，不能曠一天罰三天，這種做法是違法的。曠工行為在很多單位屬于嚴重違規違紀行為，可能會被開除，但單位不能扣押員工已上過班的工資。
曠工是嚴重違紀行為，如何扣發工資，法律沒有規定，由用人單位依法制定的規章制度規定。計劃經濟時期，國企曾經有扣一罰一的做法，扣一天工資，另行處罰一天工資。
勞動制度改革之后，一些用人單位加大了對曠工的處罰力度，就有了曠一扣三。
目前，司法實踐中對此是有爭議的，一些人認為用人單位沒有罰款權，曠工只是應當扣當天工資，可另行給予批評教育或者紀律處分；一些人認為可以在扣當天工資基礎上予以經濟處罰，用人單位依法制定的規章制度規定了經濟處罰有效。
法律依據：《工資支付暫行規定》第十六條 因勞動者本人原因給用人單位造成經濟損失的，用人單位可按照勞動合同的約定要求其賠償經濟損失。經濟損失的賠償，可從勞動者本人的工資中扣除。但每月扣除的部分不得超過勞動者當月工資的20%。若扣除后的剩余工資部分低于當地月最低工資標準，則按最低工資標準支付。