處理勞動合同糾紛中誰負有舉證責任，要視情況而定，具體如下：
1、誰申請勞動仲裁的，一般由誰承擔舉證責任，例如勞動者申請的，由勞動者承擔舉證責任；
2、下列情形應由用人單位負舉證責任：
（1）因用人單位做出開除、除名、解除勞動合同；
（2）減少勞動報酬、計算勞動工作年限等決定；
（3）因用人單位未按照勞動合同約定支付勞動者報酬、拒絕依法繳納社會保險費或者提供勞動條件，使勞動者提出解除勞動合同而發生勞動爭議的；
（4）法律、法規規定的其它情形。
勞動合同糾紛有效的處理方式如下：
1、協商處理，發生勞動合同的民事糾紛首先應該考慮通過協商的途徑來解決，勞動者可以與用人單位通過自愿協商的方式協議來消除矛盾；
2、向仲裁機構申請仲裁，仲裁是解決勞動糾紛的重要手段，具有靈活、快捷、強制執行效力的特點；
3、未約定仲裁協議或者對裁決結果不服的，可以向人民法院提起訴訟。
綜上所述，在勞動爭議解決過程中，提出自己主張的當事人有舉證責任。根據法律規定，發生勞動爭議，當事人對自己提出的主張，有責任提供證據。與爭議事項有關的證據屬于用人單位掌握管理的，用人單位應當提供；用人單位不提供的，應當承擔不利后果。
【法律依據】：
《中華人民共和國勞動爭議調解仲裁法》第六條
發生勞動爭議，當事人對自己提出的主張，有責任提供證據。與爭議事項有關的證據屬于用人單位掌握管理的，用人單位應當提供；用人單位不提供的，應當承擔不利后果。