員工曠工對公司有損失處理如下：因勞動者本人原因給用人單位造成經濟損失的，用人單位可按照勞動合同的約定要求其賠償經濟損失。經濟損失的賠償，可從勞動者本人的工資中扣除。但每月扣除的部分不得超過勞動者當月工資的百分之二十。若扣除后的剩余工資部分低于當?shù)卦伦畹凸べY標準，則按最低工資標準支付。
曠工是一種違反勞動紀律的行為。曠工嚴重的，甚至會被用人單位除名。用人單位依據勞動紀律和規(guī)章制度的規(guī)定對其予以處分和罰款，是一種正常的企業(yè)管理。
至于對曠工的處罰與安全積分和年終獎金掛鉤，也是法規(guī)允許企業(yè)應有的自主權。因為各個公司的經營特點不同，可以制定側重點不同的勞動紀律和規(guī)章制度。比如有的公司實行彈性工作時間，對勞動紀律會松一些。有的公司24小時運行，不允許崗位缺人，就得嚴肅勞動紀律。
法律依據：
《工資支付暫行規(guī)定》
第十六條因勞動者本人原因給用人單位造成經濟損失的，用人單位可按照勞動合同的約定要求其賠償經濟損失。經濟損失的賠償，可從勞動者本人的工資中扣除。但每月扣除的部分不得超過勞動者當月工資的20%。若扣除后的剩余工資部分低于當?shù)卦伦畹凸べY標準，則按最低工資標準支付。
《中華人民共和國勞動法》
第二十五條
勞動者有下列情形之一的，用人單位可以解除勞動合同： （一）在試用期間被證明不符合錄用條件的； （二）嚴重違反勞動紀律或者用人單位規(guī)章制度的； （三）嚴重失職，營私舞弊，對用人單位利益造成重大損害的； （四）被依法追究刑事責任的。

曠工可以不發(fā)當天的日工資，但是扣雙倍工資違法。按現(xiàn)行做法，曠工當天用人單位可以不支付工資，除了給用人單位造成了經濟損失外，不得額外扣工資的。經濟損失的賠償，可從勞動者本人的工資中扣除。但每月扣除的部分不得超過勞動者當月工資的20%。若扣除后的剩余工資部分低于當?shù)卦伦畹凸べY標準，則按最低工資標準支付。
法律分析
克扣工資勞動者可以打電話投訴，是人力資源和社會保障局的電話。也可以到勞動局監(jiān)察大隊投訴。由于公司未能按時發(fā)放勞動報酬，勞動者可以申請解除勞動合同和勞動關系，并要求經濟補償。勞動者可以向當?shù)貏趧颖O(jiān)察行政部門進行舉報，由勞動監(jiān)察大隊責令用人單位支付工資，勞動監(jiān)察大隊協(xié)調不成的，勞動者可以申請勞動仲裁。對勞動仲裁結論拒不執(zhí)行的，可以申請法院強制執(zhí)行。根據有關規(guī)定：用人單位有下列情形之一的，由勞動行政部門責令限期支付勞動報酬、加班費或者經濟補償；勞動報酬低于當?shù)刈畹凸べY標準的，應當支付其差額部分；逾期不支付的，責令用人單位按應付金額百分之五十以上百分之一百以下的標準向勞動者加付賠償金：（一）未按照勞動合同的約定或者國家規(guī)定及時足額支付勞動者勞動報酬的；（二）低于當?shù)刈畹凸べY標準支付勞動者工資的；（三）安排加班不支付加班費的；（四）解除或者終止勞動合同，未依照本法規(guī)定向勞動者支付經濟補償?shù)摹?br>法律依據
《中華人民共和國勞動合同法》 第八十五條 用人單位有下列情形之一的，由勞動行政部門責令限期支付勞動報酬、加班費或者經濟補償；勞動報酬低于當?shù)刈畹凸べY標準的，應當支付其差額部分；逾期不支付的，責令用人單位按應付金額百分之五十以上百分之一百以下的標準向勞動者加付賠償金：（一）未按照勞動合同的約定或者國家規(guī)定及時足額支付勞動者勞動報酬的；（二）低于當?shù)刈畹凸べY標準支付勞動者工資的；（三）安排加班不支付加班費的；（四）解除或者終止勞動合同，未依照本法規(guī)定向勞動者支付經濟補償?shù)摹?br>《工資支付暫行規(guī)定》 第十六條 因勞動者本人原因給用人單位造成經濟損失的，用人單位可按照勞動合同的約定要求其賠償經濟損失。經濟損失的賠償，可從勞動者本人的工資中扣除。但每月扣除的部分不得超過勞動者當月工資的20%。若扣除后的剩余工資部分低于當?shù)卦伦畹凸べY標準，則按最低工資標準支付。

法律分析：
勞動者曠工造成用人單位經濟損失，雙方勞動合同有約定的，扣除工資合法。但但每月扣除的部分不得超過勞動者當月工資的20%。其他情形下用人單位不得克扣或者無故拖欠勞動者的工資。一般對于勞動者的礦工行為，可以通過行政處罰等方式進行處罰，對員工進行處罰，或者以影響績效的方式來減少績效工資，也可以扣除員工的獎金。對于勞動者的曠工行為可以用以下方式進行處理：一是行政處分，直至解除勞動合同。對于有曠工行為的職工，用人單位根據曠工的天數(shù)可以規(guī)定不同處分層級，比如警告、嚴重警告，直至解除勞動合同;二是賠償損失。如果因為勞動者曠工使用人單位遭受經濟損失的，用人單位可以向其主張損失賠償。比如值班人員不到崗導致單位被盜;三是扣減績效考核分數(shù)。比如單位可以將績效考核分數(shù)與績效工資掛鉤，并規(guī)定曠工一天，扣減績效考核分數(shù)5分。勞動者曠工導致績效考核分數(shù)降低，績效工資自然降低。四是扣減獎金。在法律上，獎金支付屬于企業(yè)自主權范疇，用人單位在制定獎金發(fā)放政策時，完全可以規(guī)定：曠工一天，免除當月全部獎金。

法律依據：
《中華人民共和國勞動合同法》 第三十九條 勞動者有下列情形之一的，用人單位可以解除勞動合同：
（一）在試用期間被證明不符合錄用條件的；
（二）嚴重違反用人單位的規(guī)章制度的；
（三）嚴重失職，營私舞弊，給用人單位造成重大損害的；
（四）勞動者同時與其他用人單位建立勞動關系，對完成本單位的工作任務造成嚴重影響，或者經用人單位提出，拒不改正的；
（五）因本法第二十六條 第一款第一項規(guī)定的情形致使勞動合同無效的；
（六）被依法追究刑事責任的。

衍生問題：
曠工公司解除勞動合同是合法的嗎？
私自曠工嚴重違法用人單位制度的，公司解除合同是合法的。如果用人單位沒有把曠工的規(guī)定，以合法程序制定在企業(yè)內部勞動規(guī)章中加以規(guī)定的話，用人單位就不能以曠工名義單方面解除勞動合同。