在八項規定前，機關事業單位還沒有實行收支兩條線之前，差額撥款事業單位不見得比全額撥款事業單位差。有的差額事業單位因為有經營職責，在沒有實行收支兩條線前，單位的自營收入不用上交，允許自由支配，效益好的員工福利待遇不是一般的好。反倒是全額撥款的因為沒有經營收入，只能巴望著財政撥款，條條款款限制在那里，不如差額撥款事業單位那么滋潤自在。
現在政策收緊，環境不一樣了，差額撥款事業單位哪怕有經營收入，按要求必須全部上繳，然后按照單位人員工資、運營實際由財政按比例核定下撥資金，單位對自營收入沒有裁量權，更不容許私設小金庫，差額撥款事業單位由于財政撥款有限，在福利待遇上反倒不如全額撥款性質的。不過，這種差距總體不大，差額撥款雖然財政核定供養經費不如全額撥款事業單位，但在其上繳的收入中一般都會按單位實際補齊不足部分，因此員工拿到手的收入實際上并不會比全額撥款的低多少。
總的來說，綜合收入、編制性質及調動便利性等方面，無論什么時候全額撥款單位總比差額撥款單位占優勢，這點從差額撥款事業編制轉全額屬于逆向流動，必須要過編委會就可以看出來。
全額供款的事業編和差額供款的事業編的差別主要在以下方面：
全額供款事業編：
全額供款的事業單位主要有圖書館、文化館、各級公辦學校、黨校、檔案局、文化中心、農業局下屬的森防管理事業單位、動物疫病控制中心、城建局下城市維護管理的如園林處、公園、綠化站、城肥所、環衛處、疾控中心、防治站等。
全額供款事業編，這個群體在機關中的工作和公務員沒有差別。由于近些年來公務員的編制比較緊張、人口較多、負擔較重，成立事業單位在一定程度上就緩解了公務員的工作量，這類招考人數是比較多的，也就順利成為考生 繼公務員之后最好的考編選擇。全額供款事業編財政由相關部門或是政府部門直接供款，其性質就和公務員相差不了多少了。
差額供款事業編：
差額供款的事業單位包括醫院等有收入的又承擔政府 社會 職能的單位。
差額供款事業編，它的主要意思是國家財政及相關部門供款一部分，招聘單位負責一部分財政。很多人對差額供款事業單位不是特別看好，覺得待遇肯定會比全額供款事業單位差，其實不然。 有的差額供款事業單位的福利待遇反而更好。自收自支管理的事業單位 現在很少了，主要是一些原來國有企業的行業主管局，現在企業大部分改制了，他們的職能淡化了，但是他們的人還屬于事業編制。
結論：全額供款和差額供款的事業單位，誰好誰壞，其實沒有絕對的標準，適合自己的，自己也喜歡的就是最好的。
事業單位財政給養方式包括全額財政，差額財政，自收自支三種方式。一般情況下全額財政是最受事業青睞的一種財政給養方式，但是肯定是全額財政的事業單位好嗎？也不其然，聽我細細道來。
全額財政事業單位一般都是參公管理事業單位，公益類一類事業單位，基層混編混崗事業人員。這類單位承擔行政決策、行政執行、行政監督等行政管理工作，或者從事關系國家安全、公共安全、公共教育、公共文化、公共衛生、經濟 社會 秩序和公民基本 社會 權利的公益服務。全額事業單位不能或不宜由市場配置資源，這類事業單位一般財政全額撥款，人員工資穩定，福利待遇有保障。
差額財政的事業單位一般為公益二類事業單位，面向全 社會 提供涉及人民群眾普遍需求和經濟 社會 發展需要的公益服務，可部分實現由市場配置資源的事業單位。以縣級以上醫院，電視臺為典型代表。這類事業單位雖然財政只負擔基本工資，績效工資需要單位自籌，但這部分單位基本屬于壟斷或者人民剛性需求，收入比起全額事業單位，甚至公務員有過之而無不及。
所以說也不一定全額財政的事業單位就比差額事業單位好，我們還是要理性看待。
這還用考慮嗎，當然是全額事業單位好了，差額事業單位沒準哪一天就發不了工資了。
事業單位按照經費來源劃分，分為全額事業單位、差額事業單位和自收自支事業單位。雖然三者都屬于事業單位，人員身份都是事業人員，編制都占用事業編制，但是三者之間的區別還是很大的。
全額事業單位， 不論單位日常開支還是人員工資發放，全部由同級財政負擔，也就是說，即便你天天不努力工作，也不用愁發不了工資，最基本的工資待遇肯定是有保障的。并且，在職務提拔方面，可以提拔到管理崗位任職，再有機會還能調任到公務員崗位，轉為公務員身份。
差額事業單位， 單位開支和人員工資發放，同級財政只承擔一部分，剩余部分還需要由單位自行承擔。差額事業單位和自收自支事業單位一樣，都曾經是有經營職能的，除了財政補貼外，本單位還有額外收入。比如物價局、供銷社，在多少年之前屬于好單位，不但工資可以保障，甚至還會比其他全額事業單位工資高，本單位有多余資金可以使用。但是現在隨著機構改革和職能的劃轉，這些差額事業單位的收入越來越少，有的已經沒有經營性收入了，只能靠財政補貼度日，一旦財政不再補貼，差額事業單位人員估計連發放工資都費勁。
自收自支事業單位， 和差額事業單位類似，但比差額單位更困難，因為財政是一點資金也不補貼的，完全由本單位自行負擔，并且，現在很多單位已經負擔不起人員工資了，甚至連養老保險都交不起了。下一步，不論差額事業單位還是自收自支事業單位都會逐步轉為企業，現有人員會被分流消化。
總之，全額事業單位是比較有保障的，差額事業單位就怕將來發不了工資，孰好孰壞，我想這最明白不過了。
我國事業單位構成復雜，包括有學校、醫院、科研院所、新聞出版等諸多方面的單位，在職人數大約有3000多萬人。這次國務院法制辦公布了《事業單位人事管理條例（征求意見稿）》，擬對事業單位實行統一工資制度，并正在征求意見。此前，國家還有事業單位進行分類改革的意見，相關工作實際上早已開始。即一部分將轉向企業，一部分回到機關序列。改革后仍為事業單位的，執行統一工資制度。
仍為事業單位的，其工資和經費來源，估計會有三種情況：
一是仍由財政全額撥款的；二是由財政差額撥款的（即財政撥款一部分，單位創收一部分）；三是基本上由單位創收。其所以有這種情況，是有一部分單位沒有創收來源，比如有的社科院、承擔一些基礎研究的研究單位等，而有的單位既有撥款，也有創收來源，如醫院、電視臺等，甚至創收來源部分完全可支付開支，鑒于其所占資源的特殊性，仍需納入統一管理。
在這些事業單位內部，用工情況主要有兩類，一類是按老編制進入的，這部分人的工資，占財政撥款，一部分實行聘用制，聘用制大約從本世紀初開始的，從那時起，新進人員實行了聘用制，工資收入等一般由創收部分解決，同時交納 社會 養老醫療保險。這就是事業單位內部所說的新人新辦法，老人老辦法。另外還有一部分合同工。所以在相當一部分事業單位內部，一部分人吃財政飯，一部分人吃的創收飯。但在工資支付時，不一定將兩塊區分出現，是混用的，但工資總額由這兩部分組成。
事情還不僅如此，由于相當一部分事業單位效益好，拿出來參與分配的就多，而且還會以這樣那樣的名目，發放這樣獎金那樣錢。因此一些事業單位內部的分配比較亂，事業單位之間職工的收入也不平衡。老人老辦法的部分，退休金仍由單位發，新人新辦法部分，則參加 社會 養老統籌。
還有問題，事業單位職工的工資由崗位工資、薪級工資、績效工資和津貼補貼組成，現在一般事業單位都實行了這個辦法。而公務員的工資由基本工資、職務工資、級別工資、地方津貼補貼組成，有些崗位還有特殊崗位津貼。我的印象中，事業單位的績效工資，不進入退休金基數計算，即使是老人老辦法部分，如果單位不能另給點補貼，退休金就不如公務員多，這也帶來了這部分人員的不滿意。這次公布的征求意見稿中，只說到退休退職人員，享受相應待遇， 國家建立健全事業單位工作人員 社會 保險制度，保障其在年老等情況下，享受 社會 保險待遇。沒有進一步的說法。
說了上面這些，要回答此問題就比較容易了。擬實行的事業單位工資制度意味著：
一、財政負擔會減輕，如前段時間，相當一部分出版社與原所屬的部委脫鉤，企業化了，其工資經費來源不再有財政撥款。這次會有相當一部分單位不再有財政撥款，要靠自己創收。
二、納入機關工資序列的事業單位，職工工資收入將被進一步規范，暗的將由暗轉明。有創收的或創收很高的事業單位，可能進一步實行收支兩條線，便于上級部門監管。
這只是依據我所知道的一些情況，看了一下新的事業單位進行分類改革征求意見稿，所作的一點分析，不知道還有沒有其他的一些配套措施。僅從征求意見稿看，著眼點在規范工資發放、競聘上崗、如何考核等。
許多千差萬別的情況可能將仍然存在。其一、一個創收很好的單位和沒有創收的單位，職工收入上的差別仍可能存在。事業單位有不少專業人員，如果這個單位能創收，作了突出貢獻的專業人員，在獎金上會有所體現，如果把錢都收走了，一點不讓發，有本事的專業人員可能就會呈規模性的流出，單位就無法支撐了。其二、還有老人老辦法的那部分人員，現在有不少，退休金部分，不如公務員多，如果交 社會 養老統籌，能增加還好說，如不能增加，甚至減少，也會帶來新的麻煩和問題。問題可能還不止這些。
工資制度改革，其實近幾十年來，已進行過多次。每一次，都是從一個新的平衡點出發，試圖達到一個比較合理的結果，每一次又都會產生新的不平衡和問題。而且更重要的是，還應該有利于提高工作水平，如教學質量、醫療服務水平，促進多出科研成果等。這一次，會怎么樣，畢竟還在征求意見階段，不好多加評說。不過，這樣的改革，見得多了，在現行體制的種種制約下，哪怕出發點再好，對其希望產生的積極作用，我從來就不敢有高的評價。
差供這次改革后，全部轉為事業性質，企業管理
從工資待遇方面考慮差供事業單位好，從晉升方面和工作環境方面考慮全供事業單位好。 下面我具體說一下。
一、 工資待遇方面。
1. 差供事業單位。 這類事業單位開展的有經營活動，能取得經營性收入，說的直白一點就是能賺錢，最直接的例子就是 公立醫院、社區衛生服務站、大學高校，還有機構改革前很多地市住建局下屬的質監站、城投公司下屬的什么工程建設中心之類的單位， 這些單位都是有經濟來源的。 這類單位人員的工資分為兩部分，60%由財政發放，剩余40%由單位發放（這個比例各地市、各行業都不同），醫院醫生、護士的工資有多高我想都不用我多說了吧，大家心里都有數； 搞工程的朋友跟質監站都應該打過交道，質監站可不是一般的有錢；我認識幾個朋友在湖北省某些地級市的城投公司工作，他們下屬的差供事業單位公共工程建設中心非常有錢，每年光收房租發的工資都比財政給他們發的工資高，年底還有獎金，這次機構改革這個單位要劃為企業，他們員工非常高興呀，爭著搶著變為企業員工，編制都不要了，因為以前有政府管著還不敢發太多工資，現在變成企業了，想發多少工資就發多少工資，工資能翻一倍還多。
2. 全供事業單位。 這類單位不能自己賺錢，所有開銷都是由財政撥付，人員工資也是全部由財政發放， 每月都是死工資，干好干壞都是這么多工資，不會給你少發一分錢，但是也不會給你多發一分錢，就是漲工資也是隔3,5年漲幾百塊錢，遠遠趕不上房價上漲的速度 ?；竞芏嗑治聦俚亩墮C構都是全供事業單位，比如環保局下屬的環境監測中心站、環保宣傳信息中心；市場監督管理局下屬的纖維質量檢測中心、食品評審中心；城管局下屬的環衛處、市政管理處等單位。
二、晉升方面
1.全供事業單位。這類單位相對來說人比較少，只是相對較少，領導崗位一定的情況下，如果人員較少，晉升的機會就比較大。
2.差供事業單位。這類單位人員相對來說比較多，公里醫院有多少醫生護士呀、大學有多少老師后勤人員呀，不是一般的多，所以相對晉升比較困難一些。
實際上，在晉升方面，兩種單位也無法明確的作比較，因為想要晉升，都需要工作出色、領導賞識、人脈關系，三者缺一不可。
三、工作環境方面
1.全供事業單位。 對于全供事業單位來說，這次機構改革影響不大，很多人員只是更換一個工作崗位，不會取消編制，還是正式在編人員，工資還是財政發放，只要你工作中不違法亂紀，是不會被開除的，就算你工作任務完成不了，領導最多說你工作能力不行，領導也無權開除你。 所以，在這類單位，如果你不想著晉升，每天干好自己的本職工作就行，不用拉人際關系、不用討好領導，你工作沒多大壓力，相對來說比較清閑。
2.差供事業單位。 公立醫院的醫生、護士雖然工資較高，但是他們也非常忙呀，尤其是護士要上夜班熬夜，不是一般的辛苦，很多20多歲的小姑娘干幾年護士以后皮膚嚴重衰老，而且最近幾年醫患關系有點緊張，護士如果照顧病人的時候哪點做的不到位被投訴了，那你估計還要受處分；像城投公司下屬的公共工程建設中心工作壓力也不小，工程建設前期一般都沒多少資金，但是你還不能耽誤工期，耽誤工期問責你，工程環保措施沒做好也問責你，工程出現質量問題更問責你。 所以，相對來說，差供事業單位工作壓力較大一些。
目前來說還是全額撥款事業單位比較好。因為就目前的市場經濟情況，大部分差額撥款或者自收自支的事業單位將會企業化改革。而全額撥款事業單位目前情況下比較穩定，旱澇保收。就我目前在上海的情況，每個月11000多左右，到手也有也有9000多，加上年底獎金和績效接近兩萬。一年到手13萬左右。當然上海的情況不能代表全國，但整體來說，全額撥款事業單位薪資，福利待遇較好。
全額事業單位最好
看情況，每個單位都不一樣。全額撥款事業單位優點是穩定，但是是穩定在低水平。比如我們單位，省屬事業單位，到手三千三，堅持不下去。差額也有差額的好處，如果自己單位績效好，當然自己的工資也高。所以看類別并不能代表全部，關鍵要看具體單位。
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